Lattice Microbes acelerado por GPU

Empieza hoy mismo con esta Guía para aplicaciones preparadas para GPU.

Lattice Microbes

Lattice Microbes es un paquete de software para el muestreo de trayectorias de manera eficiente de las ecuaciones maestras químicas y de reacción-difusión (CME/RDME) en infraestructuras de computación de alto rendimiento (HPC) usando tanto el método exacto como el aproximado.

pyLM es un entorno de resolución de problemas escrito en Python que aprovecha el alto rendimiento de Lattice Microbes, a la vez que facilita el uso de simulaciones estocásticas y permite un alto nivel de personalización de aplicaciones biológicas complejas.

Para obtener más información, visita el sitio web de Lattice Microbes.

Instalación

Puedes descargar e instalar Lattice Microbes en una reconstrucción completa, o bien puedes descargar y ejecutar el contenedor desde NVIDIA GPU Cloud.

Instalar aplicaciones en un entorno HPC puede ser complicado y los contenedores te permiten ejecutar la aplicación sin tener que instalarla en el sistema, de forma que resulta sencillo implementar la versión más reciente, a la vez que se optimiza el rendimiento.

Ejecutar Lattice Microbes mediante los contenedores es muy fácil y se puede configurar en unos minutos.

Ejecución de trabajos

Existen tres opciones para ejecutar el contenedor de Lattice Microbes cuando lo extraigas de NGC.

  1. Ejecutar Lattice Microbes de forma interactiva en el contenedor con los modelos preexistentes.
  2. Ejecutar scripts de pyLM de forma interactiva en el contenedor.
  3. Ejecutar los modelos de Lattice Microbes desde el comando nvidia-docker run.

1. Ejecutar Lattice Microbes de forma interactiva

Para ejecutar el contenedor de Lattice Microbes de forma interactiva, usa este comando:

nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash

Esto iniciará un intérprete de comandos del contenedor y asignará el directorio de trabajo actual a /workspace.

Para iniciar un modelo de simulación RDME guardado en “system.lm”, ejecuta este comando:

/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm

2. Ejecutar scripts pyLM de forma interactiva

Primero, inicia un contenedor interactivo, como se describe en la opción 1. A continuación, configura el entorno para pyLM:

export PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python

Después, podrás ejecutar python3 e importar pyLM:

# python3
Python 3.5.2 (default, Nov 23 2017, 16:37:01)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Escribe “help”, “copyright”, “credits” o “license” para obtener más información.
>>> import pyLM

Ahora, puedes ejecutar cualquier script de pyLM que esté en el directorio /workspace.

3. Ejecutar Lattice Microbes mediante Docker Run

Para ejecutar el contenedor Lattice Microbes en un modelo “system.lm” en el directorio de trabajo actual, usa este comando:

nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm

Esto asignará el directorio de trabajo actual a /workspace en el contenedor y ejecutará una simulación RDME.

Configuraciones recomendadas del sistema

El contenedor Lattice Microbes está optimizado y su fiabilidad se ha puesto a prueba para ejecutarse en sistemas equipados con NVIDIA® Pascal™ y NVIDIA Volta con NVIDIA CUDA® 9 o superior. Todos los contenedores de aplicaciones HPC disponibles en NVIDIA GPU Cloud se pueden ejecutar en los sistemas a continuación:

  • Estación de trabajo: equipada con NVIDIA Titan V y CPU x86
  • Sistemas NVIDIA® DGX™
  • Clúster HPC con GPU Pascal/Volta, CUDA 9, CPU x86
  • Nube (AWS, Google Cloud Platform y muchos más)

Accede a los contenedores de aplicaciones aceleradas por GPU con NVIDIA GPU Cloud.