Potencia una velocidad y una precisión sin precedentes en genómica de precisión con la suite de software NVIDIA Clara™ for Genomics.
Reduce sustancialmente el tiempo de descubrimiento e identificación de tratamientos con flujos de trabajo optimizados.
Transforma los análisis que consumen mucho tiempo de días a minutos para revolucionar la velocidad, la precisión y el rendimiento de los flujos de trabajo genómicos.
Optimiza la alineación, el procesamiento y la llamada de variantes de genomas y exomas completos para flujos de trabajo somáticos y de línea germinal.
El mercado de la genómica abarca varios métodos que abarcan una amplia gama de aplicaciones en el descubrimiento de fármacos, la medicina de precisión, los estudios de salud de la población y el diagnóstico clínico. El panorama es diverso e incluye instituciones de investigación, instalaciones sanitarias, centros de diagnóstico de secuenciación, programas nacionales, productos farmacéuticos y tecnobios, todos los cuales desempeñan un papel esencial en los descubrimientos genómicos. Un análisis más rápido conduce a un diagnóstico más rápido, tratamientos personalizados y un descubrimiento de fármacos optimizado, lo que ahorra tiempo y recursos al tiempo que mejora la atención al paciente y permite tomar decisiones basadas en datos en tiempo real.
La secuenciación de lectura corta genera secuencias de ADN cortas y se valora por su velocidad y asequibilidad. NVIDIA® Parabricks® acelera las herramientas de análisis secundario estándar de oro, desde la alineación hasta la llamada de variantes, lo que permite un análisis rápido de los datos de secuenciación de lectura corta. Estas herramientas se pueden utilizar con datos de los secuenciadores Element, Illumina, MGI, Singular, Thermo Fisher y Ultima.
La secuenciación de lectura larga es fundamental para identificar variantes estructurales y se puede utilizar para ensamblar genomas de múltiples muestras, lo que puede impulsar el estudio de la diversidad genética en poblaciones. NVIDIA Parabricks acelera las herramientas de análisis secundario estándar de oro para llamadas base, alineación y llamadas de variantes, lo que permite un análisis rápido de datos de secuenciación de lectura larga. Estas herramientas se pueden utilizar en datos de secuenciadores de lectura larga de Oxford Nanopore y PacBio.
NVIDIA RAPIDS™ acelera los flujos de trabajo de una sola celda para el procesamiento y la visualización de datos, con un modelo de usabilidad similar al de las bibliotecas Phyton scverse. cunnData proporciona una versión minimizada y ligera del objeto AnnData para la GPU, lo que permite una rápida manipulación y procesamiento de datos, que las bibliotecas cuGraph y cuML de RAPIDS pueden analizar después.
NVIDIA Parabricks proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas utilizadas todos los días por biólogos computacionales y bioinformáticos, lo que permite tiempos de ejecución significativamente más rápidos, escalabilidad del flujo de trabajo y menores costes informáticos.
RAPIDS es un conjunto de bibliotecas de código abierto que puede acelerar los flujos de trabajo de ciencia de datos de extremo a extremo gracias a la potencia de la aceleración por GPU. RAPIDS permite realizar análisis de datos interactivos en grandes conjuntos de datos mediante las API de Python.
NVIDIA Parabricks está disponible como un conjunto de contenedores y modelos entrenados previamente de NVIDIA NGC™ y DGX™ Cloud. La compra del software NVIDIA AI Enterprise viene con acceso completo al soporte empresarial, que incluye tiempos de respuesta garantizados, notificaciones de seguridad prioritaria y acceso a expertos en Parabricks.
NVIDIA está colaborando con Broad para llevar Parabricks acelerado por GPU a la plataforma Terra, además de optimizar los flujos de trabajo acelerados por IA y los modelos de lenguaje de gran tamaño para avanzar en el descubrimiento.
NBT ha reducido su procesamiento de datos de secuenciación del genoma completo en 4 meses y su tiempo de procesamiento de usuario individual, de más de 30 horas a tan solo 1-2 horas con NVIDIA DGX A100 y NVIDIA Parabricks.
HGC de la Universidad de Tokio anunció una nueva plataforma genómica para acelerar el análisis genómico por 40 en comparación con un entorno basado en CPU, que utiliza el software genómico de canalizaciones de NVIDIA Parabricks Pipelines.
Regeneron está utilizando DeepVariant con NVIDIA Parabricks para generar datos escalables y de alta calidad que se pueden reproducir en toda la comunidad genómica.
Ultima Genomics está colaborando con NVIDIA para ofrecer una secuenciación del genoma de 100 $ con IA y computación acelerada.
Singular Genomics colabora con NVIDIA para ofrecer velocidades de secuenciación y análisis líderes del mercado y de última generación.
Oxford Nanopore se está actualizando a su torre de cálculo PromethION, desde las GPU NVIDIA V100 Tensor Core a las GPU A100 Tensor Core. Este aumento de la potencia de procesamiento te permitirá mantenerte al día con las llamadas base de alta precisión y ampliar en gran medida la capacidad de algoritmos super precisos.
Imagen de: Steve Fisch, cortesía de la Universidad de Stanford.
Un equipo de investigadores ha logrado un nuevo registro de secuenciación del ADN (cinco horas y dos minutos), que permitirá a los médicos extraer sangre de un paciente de cuidados intensivos y alcanzar un diagnóstico de trastornos genéticos el mismo día.
Stanford ha demostrado enormes reducciones en el tiempo de ejecución al integrar la implementación acelerada por GPU de DeepVariant disponible con NVIDIA Parabricks.
Los investigadores de Purdue han completado un estudio que evalúa el rendimiento y la precisión de un marco de computación acelerado por GPU para la identificación de variantes genómicas de patógenos.
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