Lattice Microbes avec accélération GPU

Exploitez le plein potentiel de Lattice Microbes avec notre guide de démarrage pour application GPU.

Lattice Microbes

Lattice Microbes est un pack logiciel pour un échantillonnage de trajectoire à haute efficacité des équations maîtresses de chimie et de réaction-diffusion (CME/RDME) avec les infrastructures de calcul haute performance (HPC) basées sur des méthodes exactes et des méthodes d’approximation.

pyLM est un environnement de résolution des problèmes programmé via Python, qui exploite les performances élevées de Lattice Microbes tout en fournissant une grande simplicité d’utilisation pour le traitement des simulations stochastiques communes et des fonctionnalités de personnalisation avancées pour l'exécution d'applications biologiques complexes.

Rendez-vous sur le site Internet de Lattice Microbes pour obtenir plus d’informations.

Installation

Vous pouvez télécharger puis installer Lattice Microbes en local sur un serveur Bare Metal ou exécuter un conteneur dématérialisé via NVIDIA GPU Cloud.

Installer des applications dans un environnement de calcul haute performance (HPC) peut s’avérer complexe. La technologie des conteneurs logiciels vous permet d’exécuter votre application sans l’installer en local sur votre système, ce qui vous permet de déployer la dernière version de l’application tout en optimisant les performances.

L’exécution d’un conteneur Lattice Microbes est par ailleurs très simple : sa configuration nécessite quelques minutes seulement.

Exécution

Une fois que vous avez accédé au conteneur NGC, trois options s’offrent à vous.

  1. Exécuter Lattice Microbes de manière interactive au sein du conteneur avec des modèles préexistants.
  2. Exécuter des scripts pyLM de manière interactive au sein du conteneur.
  3. Exécuter des modèles Lattice Microbes via la commande "nvidia-docker run".

1. Exécuter Lattice Microbes de manière interactive

Pour exécuter le conteneur Lattice Microbes de manière interactive, veuillez saisir la commande ci-après :

nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash

Cela activera un shell pour le conteneur et permettra de monter votre répertoire actuel sur "/workspace".

Pour lancer un modèle de simulation RDME sauvegardé dans "system.lm", exécutez la commande suivante :

/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm

2. Exécuter des scripts pyLM de manière interactive

Commencez par activer un conteneur interactif comme décrit à l'option 1. Configurez ensuite l’environnement pour pyLM :

export PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python

Vous pouvez ensuite exécuter python3 et importer pyLM :

# python3
Python 3.5.2 (default, Nov 23 2017, 16:37:01)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Saisissez "help", "copyright", "credits" ou "license" pour plus d’informations.
>>> import pyLM

Vous pouvez désormais exécuter n’importe quel script pyLM situé dans le répertoire "/workspace".

3. Exécuter Lattice Microbes via Docker Run

Pour exécuter Lattice Microbes via un modèle "system.lm" du répertoire de travail actuel, veuillez utiliser la commande suivante :

nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm

Cela permettra de monter votre répertoire de travail actuel sur "/workspace" au sein du conteneur puis d'exécuter une simulation RDME.

Configuration système recommandée

Le conteneur Lattice Microbes a été optimisé et testé pour offrir un maximum de fiabilité sur les systèmes à architecture NVIDIA® Pascal™ ou NVIDIA Volta avec CUDA® 9 ou plus. Tous les conteneurs d’application HPC disponibles via NVIDIA GPU Cloud peuvent être exécutés sur les systèmes suivants :

  • Stations de travail avec NVIDIA Titan V et CPU x86
  • Systèmes NVIDIA® DGX™
  • Clusters HPC avec GPU Pascal ou Volta, CUDA 9 ou plus et CPU x86
  • Solutions dans le Cloud (AWS, Google Cloud Platform et d’autres)

Accédez à des conteneurs d’application accélérés par GPU avec NVIDIA GPU Cloud.