GAMESS ACCELERATO
DA GPU

Inizia subito con questa guida per applicazioni GPU-ready.

GAMESS

General Atomic and Molecular Electronic Structure Systems (GAMESS) è un'applicazione software per simulare la chimica quantistica molecolare, consentendo agli utenti di calcolare diverse proprietà e dinamiche molecolari.

GAMESS può eseguire vari calcoli generici di chimica computazionale, tra cui metodo Hartree-Fock, teoria funzionale della densità (DFT), legame di valenza generalizzato (GVB) e campo autonomo a più configurazioni (MCSCF). Le correzioni della correlazione dopo i calcoli SCF possono essere stimate tramite interazione della configurazione (CI), teoria della perturbazione di Møller-Plesset di secondo ordine (MP2) teoria dei cluster accoppiati (CC). L'effetto solvente può essere considerato utilizzando la meccanica quantistica e molecolare tramite potenziali frammenti effettivi discreti o modelli di continuum (come il modello di continuum polarizzabile [PCM]). Possono inoltre essere calcolate correzioni relativistiche, tra cui i termini scalari di Douglas-Kroll di terzo ordine.

Ulteriori informazioni su GAMESS sono disponibili qui.

Installazione

È disponibile una licenza per sede di GAMESS gratuitamente per utenti accademici e industriali. Ulteriori informazioni sono disponibili sulla pagina della licenza.

È possibile scaricare il codice sorgente e installare GAMESS su hardware puro o eseguire il container GAMESS da NVIDIA GPU Cloud.

L'installazione di applicazioni in ambienti HPC può rappresentare una sfida ardua. I container consentono di eseguire l'applicazione senza doverla installare sul sistema, semplificando la distribuzione della versione più recente dell'applicazione, ottimizzando le prestazioni.

L'esecuzione di GAMESS tramite container è estremamente semplice e la configurazione richiede pochi minuti.

ESECUZIONE DEI PROCESSI

Una volta selezionato il container GAMESS da NGC, sono disponibili due opzioni per eseguirlo.

  • Eseguire GAMESS in modalità scollegata dal comando "run" di nvidia-docker.
  • Avviare il container in modalità interattiva ed eseguire GAMESS interattivamente dal container stesso.

1. Esecuzione di GAMESS in modalità scollegata

Per eseguire le simulazioni con benchmarking RI-MP2 Valinomycin in modalità scollegata, utilizzare il comando seguente:

nvidia-docker run -v $(pwd):/results --rm nvcr.io/hpc/gamess:17.09-r2-libcchem -c "cd /workspace/examples && rungms cc-h2co.inp"

2. Esecuzione di GAMESS in modalità interattiva

nvidia-docker run -v $(pwd):/results --rm -it nvcr.io/hpc/gamess:17.09-r2-libcchem
cd /workspace/examples
rungms rimp2-valinomycin.spherical.energy.ccd_cct.inp

Qualsiasi simulazione produrrà il seguente risultato:

$ [Running input $JOB on $NCPUS node(s) with $NGPUS gpu(s)]
$ [Run completed]

Al termine, un file di registro verrà scritto e salvato in /results/ (container) e nell'attuale directory di lavoro $(pwd) (host) e conterrà tutti i dati della simulazione.

3. Esecuzione di una simulazione con deck di input personalizzato

È possibile specificare i deck di input personalizzati mappando /path/to/your_workspace sul computer host a /mnt/workspace nel container. Di seguito è riportato un esempio di mappatura in una sessione interattiva:

$ nvidia-docker run -v /path/to/your_workspace:/mnt/workspace -v /path/to/resultsdir:/results --rm -it nvcr.io/hpc/gamess:17.09-r2-libcchem

Il comando "run-script" presume la struttura di file seguente per i processi:

 

/path/to/your_workspace

/scratch/

/restart/

/your_input.inp 

Per eseguire un processo utilizzando i propri dati, è necessario accedere a /path/to/your_workspace prima di eseguire rungms:

$ cd /mnt/your_workspace

$ rungms your_input.inp

Benchmark

Questa sezione mostra le prestazioni tipiche di un container GAMESS su sistemi accelerati da GPU.

tesla-gpu-ready-apps-gamess-pascal-benchmark-chart-625-udt-r4
tesla-gpu-ready-apps-gamess-volta-benchmark-chart-625-udt-r4

CONFIGURAZIONI DI SISTEMA CONSIGLIATE

Il container GAMESS è ottimizzato e testato per l'affidabilità di esecuzione su NVIDIA® Pascal™ e sistemi NVIDIA Volta con NVIDIA CUDA 9 o versioni successive. GAMESS e tutti i container di applicazioni HPC disponibili su NVIDIA GPU Cloud possono essere eseguiti sui seguenti sistemi:

  • Workstation: basata su CPU NVIDIA Titan V e x86
  • NVIDIA DGX Station™
  • NVIDIA DGX-1™
  • Cluster HPC con GPU Pascal/Volta, CUDA 9, CPU x86
  • Cloud: Amazon Web Services

ACCEDI AI CONTAINER DI APPLICAZIONI ACCELERATI DA GPU CON NGC.