Lattice Microbes accelerato da GPU

Inizia subito con questa guida per applicazioni GPU-ready.

Lattice Microbes

Lattice Microbes è un pacchetto software per il campionamento efficiente di traiettorie da equazioni master chimiche e a diffusione di reazione (CME/RDME) su infrastrutture HPC utilizzando sia metodi esatti sia metodi approssimativi.

pyLM è un ambiente di problem-solving scritto in Python che sfrutta le prestazioni elevate di Lattice Microbes fornendo al contempo semplicità d'uso per simulazioni stocastiche comuni e personalizzazione elevata per applicazioni biologiche complesse.

Visita il sito di Lattice Microbes per saperne di più.

Installazione

È possibile scaricare e installare Lattice Microbes su hardware puro o eseguire il container Lattice Microbes da NVIDIA GPU Cloud.

L'installazione di applicazioni in ambienti HPC può rappresentare una sfida ardua. I container consentono di eseguire l'applicazione senza doverla installare sul sistema, semplificando la distribuzione della versione più recente dell'applicazione, ottimizzando le prestazioni.

L'esecuzione di Lattice Microbes tramite container è estremamente semplice e la configurazione richiede pochi minuti.

Esecuzione dei processi

Una volta selezionato il container Lattice Microbes da NGC, sono disponibili tre opzioni per eseguirlo.

  1. Esecuzione interattiva di Lattice Microbes nel container con modelli preesistenti.
  2. Esecuzione interattiva di script pyLM nel container.
  3. Esecuzione di modelli Lattice Microbes dal comando "run" di nvidia-docker.

1. Esecuzione interattiva di Lattice Microbes

Per eseguire il container Lattice Microbes in modalità interattiva, utilizzare il seguente comando:

nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash

Il comando avvia una shell del container e mappa la directory di lavoro corrente a /workspace.

Per avviare un modello di simulazione RDME salvato in "system.lm", eseguire il comando seguente:

/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm

2. Esecuzione interattiva di script pyLM

Avviare prima un container interattivo come descritto al punto 1. Quindi, configurare l'ambiente per pyLM:

export PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python

È quindi possibile eseguire python3 e importare pyLM:

# python3
Python 3.5.2 (default, Nov 23 2017, 16:37:01)
[GCC 5.4.0 20160609] su linux
Digitare "help", "copyright", "credits" o "license" per maggiori informazioni.
>>> import pyLM

È ora possibile eseguire qualsiasi pyLM presente nella directory /workspace.

3. Esecuzione di Lattice Microbes via Docker Run

Per eseguire Lattice Microbes su un modello "system.lm" nella directory di lavoro corrente, utilizzare il comando seguente:

nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm

Il comando mappa la directory di lavoro corrente a /workspace nel container ed esegue una simulazione RDME.

Configurazioni del sistema consigliate

Il container Lattice Microbes è ottimizzato e testato per l'affidabilità di esecuzione su NVIDIA® Pascal™ e sistemi NVIDIA Volta con NVIDIA CUDA® 9 o versioni successive. Tutti i container di applicazioni HPC disponibili su NVIDIA GPU Cloud possono essere eseguiti sui seguenti sistemi:

  • Workstation: basata su CPU NVIDIA Titan V e x86
  • Sistemi NVIDIA® DGX™
  • Cluster HPC con GPU Pascal/Volta, CUDA 9, CPU x86
  • Cloud (AWS, Google Cloud Platform e altri)

Accedi ai container di applicazioni accelerate da GPU con NVIDIA GPU Cloud.