Velocità e precisione senza precedenti nella genomica di precisione con la suite software NVIDIA Clara™ for Genomics.
Riduzione significativa dei tempi di ricerca e identificazione dei trattamenti con flussi di lavoro ottimizzati.
Riduzione dei tempi di analisi da giorni a minuti per migliorare velocità, accuratezza e produttività dei flussi di lavoro genomici.
Ottimizzazione dell'allineamento, dell'elaborazione e delle chiamate delle varianti di interi genomi ed esomi per flussi di lavoro germinali e somatici.
Il mercato della genomica abbraccia vari metodi che coinvolgono un'ampia gamma di applicazioni nella ricerca farmacologica, nella medicina di precisione, negli studi sulla salute della popolazione e nella diagnostica clinica. Il panorama è eterogeneo e include istituti di ricerca, strutture sanitarie, centri di diagnostica del sequenziamento, programmi nazionali, prodotti farmaceutici e di biotecnologia, che ricoprono tutti un ruolo essenziale nelle scoperte genomiche. Un'analisi più rapida porta a diagnosi più rapide, trattamenti personalizzati e ricerca farmacologica semplificata, il che consente di risparmiare tempo e risorse, migliorando la cura dei pazienti e favorendo decisioni basate sui dati in tempo reale.
Il sequenziamento a lettura breve genera brevi sequenze di DNA ed è apprezzato per la sua velocità e convenienza. NVIDIA® Parabricks® accelera gli strumenti di analisi secondarie gold-standard, dall'allineamento alla chiamata delle varianti, consentendo l'analisi rapida di dati di sequenziamento a lettura breve. Questi strumenti possono essere utilizzati con i dati dei sequenziatori Element, Illumina, MGI, Singular, Thermo Fisher e Ultima.
Il sequenziamento a lettura lunga è fondamentale per identificare varianti strutturali e può essere utilizzato per assemblare genomi da più campioni, che possono guidare lo studio della diversità genetica nelle popolazioni. NVIDIA Parabricks accelera gli strumenti di analisi secondarie gold-standard per basecalling, allineamento e chiamata delle varianti, consentendo l'analisi rapida di dati di sequenziamento a lettura lunga. Questi strumenti possono essere utilizzati sui dati dei sequenziatori Oxford Nanopore e PacBio a lettura lunga.
NVIDIA RAPIDS™ accelera i flussi di lavoro a cella singola per l'elaborazione e la visualizzazione dei dati, con un modello di usabilità simile alle librerie Scverse Python. cunnData fornisce una versione ridotta a icona e leggera dell'oggetto AnnData per la GPU, consentendo la manipolazione ed elaborazione rapida dei dati, che le librerie RAPIDS cuGraph e cuML possono quindi analizzare a valle.
NVIDIA Parabricks fornisce versioni accelerate da GPU degli strumenti utilizzati ogni giorno da biologi computazionali e bioinformatici, consentendo runtime significativamente più veloci, scalabilità del flusso di lavoro e costi di calcolo più bassi.
RAPIDS è una suite di librerie open source in grado di accelerare i flussi di lavoro di scienza dei dati end-to-end grazie alla potenza dell'accelerazione con GPU. RAPIDS consente di eseguire analisi dei dati interattive su set di dati di grandi dimensioni utilizzando le API Python.
NVIDIA Parabricks è disponibile come set di container e modelli pre-addestrati, sul catalogo NVIDIA NGC™ e DGX™ Cloud. L'acquisto di NVIDIA AI Enterprise include l'accesso completo al supporto aziendale che offre tempi di risposta garantiti, avvisi di sicurezza in anteprima e l'accesso agli esperti di Parabricks.
NVIDIA collabora con Broad per portare Parabricks accelerato da GPU nella piattaforma Terra, oltre a ottimizzare i flussi di lavoro accelerati da IA e grandi modelli linguistici per avanzare nella ricerca.
La NBT è stata in grado di ridurre i tempi di elaborazione dei dati di sequenziamento dell'intero genoma di 4 mesi e i relativi tempi di lavoro per singolo utente da oltre 30 ore a solo 1–2 ore con NVIDIA DGX A100 e NVIDIA Parabricks.
L'HGC dell'Università di Tokyo ha annunciato una nuova piattaforma genomica per accelerare l'analisi genomica di 40 volte rispetto a un ambiente basato su CPU, utilizzando il software genomico NVIDIA Parabricks Pipelines.
Regeneron utilizza DeepVariant con NVIDIA Parabricks per generare dati scalabili e di alta qualità che possono essere riprodotti in tutta la comunità genomica.
Ultima Genomics collabora con NVIDIA per fornire un sequenziamento del genoma sostenibile con IA e computing accelerato.
Singular Genomics collabora con NVIDIA per offrire velocità di analisi e sequenziamento leader di mercato di nuova generazione.
Oxford Nanopore sta potenziando la propria torre di calcolo PromethION, passando dalle GPU NVIDIA V100 Tensor Core alle GPU A100 Tensor Core. Questo aumento di potenza consentirà di soddisfare le crescenti esigenze di altissima precisione e di espandere notevolmente la capacità di algoritmi super accurati.
Immagine di: Steve Fisch, gentilmente concessa dalla Stanford University.
Un team di ricercatori ha ottenuto un nuovo record di sequenziamento del DNA, cinque ore e due minuti, che consentirà ai medici di prelevare sangue da un paziente critico e raggiungere una diagnosi di malattia genetica lo stesso giorno.
La Stanford ha dimostrato un'enorme riduzione del runtime integrando l'implementazione accelerata da GPU di DeepVariant disponibile con NVIDIA Parabricks.
I ricercatori di Purdue hanno completato uno studio che valuta le prestazioni e l'accuratezza di un framework di calcolo accelerato da GPU per l'identificazione delle varianti genomiche patogene.
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