Lattice Microbes с ускорением на GPU

Ознакомьтесь с Руководством для быстрого запуска и начните работу.

Lattice Microbes

Lattice Microbes – программный пакет для эффективной выборки траекторий из уравнений химических реакций и реакционной диффузии (CME/RDME) в HPC инфраструктуре с использованием точных методов и методов аппроксимации.

pyLM – программная среда на языке Python, которая объединяет высокую производительность Lattice Microbes и простоту использования традиционных методов стохастического моделирования наряду с широкими возможностями настройками для приложений в области биологии.

Более подробная информация доступна на веб-сайте Lattice Microbes.

Установка

Вы можете скачать и установить Lattice Microbes на аппаратной платформе или запустить контейнер из NVIDIA GPU Cloud.

Установка приложений в среде высокопроизводительных вычислений (HPC) может представлять собой трудную задачу. Контейнеры позволяют запускать приложение без его установки в системе. Это упрощает развертывание самой последней версии приложения и обеспечивает оптимизацию производительности.

Процесс запуска Lattice Microbes из контейнера очень прост и займет всего несколько минут.

Запуск задач

После извлечения контейнера из NGC вы можете запустить его тремя способами.

  1. Запустите Lattice Microbes в интерактивном режиме внутри контейнера с предварительно заданными моделями.
  2. Запустите скрипты pyLM в интерактивном режиме внутри контейнера.
  3. Запустите модели Lattice Microbes через команду запуска nvidia-docker.

1. Запуск Lattice Microbes в интерактивном режиме

Чтобы запустить контейнер с приложением Lattice Microbes в интерактивном режиме, используйте следующую команду:

nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash

Эта команда запустит оболочку контейнера и отобразит текущий рабочий каталог в /workspace.

Чтобы запустить модель моделирования RDME, сохраненную в “system.lm,” выполните следующую команду:

/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm

2. Запуск скриптов pyLM в интерактивном режиме

Сначала запустите контейнер, как описано в варианте 1. Затем настройте среду для pyLM:

export PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python

Затем вы можете запустить python3 и импортировать pyLM:

# python3
Python 3.5.2 (default, Nov 23 2017, 16:37:01)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyLM

Теперь вы можете запускать любые скрипты pyLM, которые находятся в каталоге /workspace.

3. Запуск Lattice Microbes через Docker Run

Чтобы запустить Lattice Microbes на модели “system.lm” в текущем рабочем каталоге, выполните следующую команду:

nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm

Эта команда отобразит текущий рабочий каталог в /workspace и запустит моделирование RDME.

Рекомендованные системные конфигурации

Контейнер приложения Lattice Microbes оптимизирован и протестирован для обеспечения надежной производительности на системах, оснащенных GPU NVIDIA® Pascal™ и NVIDIA Volta с NVIDIA CUDA® 9 или более новой версии. Все контейнеры HPC-приложений, доступные в репозитарии NVIDIA GPU Cloud, могут быть запущены на следующих системах:

  • Рабочая станция: оснащенная GPU NVIDIA Titan V и CPU x86
  • Системы NVIDIA® DGX™
  • HPC кластер, оснащенный GPU поколения Pascal/Volta, CUDA 9, CPU x86
  • Облачная платформа (AWS, Google Cloud Platform и другие)

Получите доступ к контейнерам GPU-ускоренных приложений с NVIDIA GPU Cloud.