This site requires Javascript in order to view all its content. Please enable Javascript in order to access all the functionality of this web site. Here are the instructions how to enable JavaScript in your web browser.

Ускоренное секвенирование генома

Оцените высокопроизводительное и точное секвенирование ДНК и РНК с помощью анализа с ускорением на базе графического процессора.

Скачать

NVIDIA Clara^™ Parabricks® — это единственный набор инструментов для вычислительной геномики с ускорением на базе графического процессора, который обеспечивает быстрый и точный анализ для центров секвенирования, клинических групп, исследователей геномики и разработчиков приборов для секвенирования нового поколения.

Смотреть документ: «Технические спецификации Parabricks» (PDF, 304 КБ)

Ускоряйте работу приложений с помощью лучших в своем классе инструментов.

Используйте ускоренные инструменты для качественного анализа зародышевых линий, анализа соматических мутаций и анализа РНК с высокой скоростью.

Производительность до 80 раз выше

Оцените ускорение до 80 раз по сравнению с решениями, использующими только ЦП, и снижение вычислительных затрат до 50 процентов.

Повышение точности секвенирования.

Привнесите возможности глубокого обучения в геномный анализ с помощью Clara Parabricks и графических процессоров.

Воспользуйтесь гибкими рабочими процессами.

Создавайте индивидуальные рабочие процессы, настраивая инструменты на языке описания рабочих процессов (WDL) и NextFlow.

Ускорьте геномный анализ от начала до конца

Использование стандартных инструментов

Clara Parabricks предоставляет версии инструментов, которые ежедневно используются вычислительными биологами и биоинформатиками, с ускорением на базе графического процессора, обеспечивая тем самым значительное сокращение времени выполнения, масштабируемость рабочих процессов и снижение затрат на вычисления.

Этот набор инструментов включает полную совместимость с языками и менеджерами рабочих процессов (WDL, NextFlow, Cromwell), что дает возможность без затруднений объединять задачи, выполняемые на GPU и процессорах. Кроме того, поддерживается простое развертывание в облаке (AWS, GCP, Terra и DNAnexus).

Испытайте непревзойденную производительность

Clara Parabricks ускоряет весь процесс обработки данных: от формата FastQ до VCF, используя аппаратные конфигурации на базе графических процессоров NVIDIA A100 с тензорными ядрами. Исследователи в области геномики смогут ускорить каждый этап своего анализа: от выравнивания до сортировки и идентификации вариантов. В отличие от систем, использующих только процессоры, при увеличении числа графических процессоров наблюдается почти линейное масштабирование по скорости вычислений, что обеспечивает ускорение более чем в 80 раз.

Анализ всего генома человека с 30-кратным охватом менее чем за 30 минут

Результаты были получены специалистами NVIDIA на системе NVIDIA DGX™ A100 с 320 ГБ памяти. Анализ осуществлялся на основе референсного образца HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) с секвенированием до 30-кратного охвата. Анализатор вариантов — GATKv4.1.0 HaplotypeCaller.

Начало работы с NVIDIA Clara Parabricks

Оптимальный вариант для ваших задач.

Исследования

Решение NVIDIA Clara Parabricks доступно в виде набора контейнеров и предварительно обученных моделей из NVIDIA NGC. Скачайте NVIDIA Clara Parabricks и ознакомьтесь с документацией и рабочими процессами. Это поможет вам приступить к работе.

Enterprise

Используйте NVIDIA Clara Parabricks с ПО NVIDIA AI Enterprise, чтобы получить полный доступ к корпоративной поддержке, которая обеспечивает гарантированное время реагирования, приоритетные уведомления по безопасности и доступ к специалистам NVIDIA по ИИ. Чтобы узнать подробнее, свяжитесь с отделом продаж.

Подробнее

Развертывание в локальных системах, в облаке и на периферийных устройствах

Локальная система

Система Clara Parabricks, работающая на базе NVIDIA DGX™ A100, анализирует до 25 000 полных геномов в год (30-кратный охват) с помощью передовых методов Genomic Analysis Toolkit (GATK) с линейным масштабированием производительности за пределами одного DGX A100.

Подробнее о DGX A100

Читать технический документ Parabricks DGX

Развертывание в облаке

Время — деньги. Когда мы говорим об облачных технологиях, это утверждение верно на 100 процентов. Выбирайте подходящие инстансы GPU, способные анализировать геномы за считаные минуты. Для простоты развертывания несколько поставщиков облачных сервисов размещают Clara Parabricks в виде образа, которым можно начать пользоваться немедленно.

Перейти на страницу AWS

Изучить облачную платформу Google Cloud Platform (GCP)

Ознакомиться с Terra

Перенесите ИИ на периферию

Мы работаем с производителями приборов для геномики над созданием программно определяемых ДНК-секвенаторов с поддержкой ИИ, аппаратов для пространственной транскриптомики и других устройств, повышающих точность и обеспечивающих анализ в реальном времени на периферийных устройствах.

Свяжитесь с командой по геномике в NVIDIA, чтобы узнать больше

Быстрое внедрение ИИ с NVIDIA LaunchPad

Получите мгновенный доступ к корпоративным решениям NVIDIA в рамках бесплатного практического занятия по Clara Parabricks для ускоренного геномного анализа.

Начать

Влияние на реальный мир

Анализ в масштабе
В секвенсорах и устройствах
Для передовых исследований

NVIDIA сотрудничает с исследователями из Broad Institute

Институт Broad Institute

NVIDIA совместно с Broad работает над внедрением Parabricks с ускорением на GPU в платформу Terra, а также над оптимизацией рабочих процессов с ускорением на базе ИИ и больших языковых моделей с целью совершенствования исследовательской работы.

Читать объявление

Национальный биобанк Таиланда ускоряет открытия в геномике

Национальный биобанк Таиланда (NBT)

Применение NVIDIA DGX A100 и Clara Parabricks позволило национальному биобанку Таиланда сократить время обработки данных секвенирования всего генома на 4 месяца и время обработки для отдельных пользователей с 30 до 1-2 часов.

Читать статью

Исследовательский институт трансляционной геномики (TGen)

Центр генома человека (HGC)

Центр HGC в Токийском университете объявил о запуске новой платформы геномики для ускорения геномного анализа в 40 раз по сравнению со средой на базе ЦП, которого удалось добиться за счет использования программного обеспечения для геномики NVIDIA Clara Parabricks.

Читать блог

Демонстрация возможностей графических процессоров в области геномики

Regeneron Genetics Center

Компания Regeneron использует DeepVariant с Clara Parabricks для создания масштабируемых высококачественных данных, которые могут быть воспроизведены другими специалистами в области геномики.

Смотреть вебинар

Ultima

Компания Ultima Genomics совместно с NVIDIA предлагает секвенирование генома за 100 долларов США с искусственным интеллектом и ускоренными вычислениями.

Читать объявление

Singular

Singular Genomics совместно с NVIDIA работает над обеспечением самой высокой на рынке скорости секвенирования и анализа следующего поколения.

Читать объявление

Oxford Nanopore

Oxford Nanopore модернизирует свою вычислительную башню PromethION, заменяя графические процессоры NVIDIA V100 с тензорными ядрами на графические процессоры A100. Это увеличение вычислительной мощности позволит компании поддерживать высокую точность распознавания азотистых оснований, а также значительно расширить возможности сверхточных алгоритмов.

Читать объявление

Включение в книгу рекордов Гиннесса за самое быстрое секвенирование ДНК

Изображение предоставлено Стивом Фишем (Steve Fisch), Стэнфордский университет.

Мировой рекорд Гиннеса

Группа исследователей установила новый рекорд секвенирования ДНК — пять часов и две минуты, что позволит лечащим врачам брать кровь у пациента в критическом состоянии и диагностировать генетические расстройства в тот же день.

Читать блог

Сверхбыстрое секвенирование генома Nanopore в реанимации

Стэнфордский университет, Google и Oxford Nanopore

Специалистам Стэнфордского университета удалось значительно сократить время выполнения секвенирования за счет интеграции DeepVariant с ускорением на GPU с NVIDIA Clara Parabricks.

Читать статью

Платформа вычислений с ускорением на GPU для геномного варианта патогена

Университет Purdue University

Исследователи Purdue завершили исследование, в котором оценивалась производительность и точность вычислительной среды с ускорением на GPU для выявления геномных вариантов патогенов.

Читать статью

Связаться с командой по геномике

Section

Section

Имя

Фамилия

Рабочий адрес электронной почты

Название организации/университета

Отрасль

Занимаемая должность

Страна

Предпочитаемый язык

Выберите страну

Message

enterpriseOptIns hidden field

Я хочу получать новостную рассылку NVIDIA по корпоративным решениям. Я могу отказаться от подписки в любой момент.

Положение о конфиденциальности NVIDIA

Я соглашаюсь на сбор и обработку NVIDIA указанной выше информации в целях проведения исследований и организации мероприятий. Я прочитал(а) <a href="https://www.nvidia.com/ru-ru/about-nvidia/privacy-policy/?deeplink=visiting-our-website" target="_blank">Политика конфиденциальности NVIDIA</a> и соглашаюсь с ней.

Я соглашаюсь с тем, что указанная выше информация будет передана в компанию NVIDIA в Соединенных Штатах Америки и будет храниться в соответствии с <a href="https://www.nvidia.com/ru-ru/about-nvidia/privacy-policy/?deeplink=visiting-our-website" target="_blank">политикой конфиденциальности NVIDIA</a> для целей проведения исследований, организации мероприятий и осуществления внутреннего управления и работы систем NVIDIA. Для устранения связанных проблем вы можете отправить нам письмо на адрес <a href="mailto:privacy@nvidia.com">privacy@nvidia.com</a>.