Ускоренное секвенирование генома

Оцените высокопроизводительное и точное секвенирование ДНК и РНК с помощью анализа с ускорением на базе графического процессора.

Ускоренный и более точный геномный анализ с помощью NVIDIA Clara Parabricks®, единственного набора инструментов для вычислительной геномики с ускорением на базе графического процессора, который обеспечивает быстрый и точный анализ для центров секвенирования, клинических групп, исследователей геномики и разработчиков приборов для секвенирования следующего поколения. 

Основные приложения

Ускоряйте работу приложений с помощью лучших в своем классе инструментов.

Используйте ускоренные инструменты для качественного анализа зародышевых линий, анализа соматических мутаций и анализа РНК с высокой скоростью.

До 80 раз быстрее

Производительность до 80 раз выше

Оцените ускорение до 80 раз по сравнению с решениями, использующими только ЦП, и снижение вычислительных затрат до 50 процентов.

Повышенная точность

Повышение точности секвенирования.

Привнесите возможности глубокого обучения в геномный анализ с помощью Clara Parabricks и графических процессоров.

Гибкие рабочие процессы

Воспользуйтесь гибкими рабочими процессами.

Создавайте индивидуальные рабочие процессы, настраивая инструменты на языке описания рабочих процессов (WDL) и NextFlow.

Ускорьте геномный анализ от начала до конца.

Используйте стандартные инструменты.

Clara Parabricks предоставляет версии инструментов, которые ежедневно используются вычислительными биологами и биоинформатиками, с ускорением на базе графического процессора, обеспечивая тем самым значительное сокращение времени выполнения, масштабируемость рабочих процессов и снижение затрат на вычисления.

Сюда входит полная совместимость с языками и менеджерами рабочих процессов (WDL, NextFlow, Cromwell), дающая возможность без затруднений объединять задачи, выполняемые на GPU и CPU, а также поддержка простого развертывания в облаке (AWS, GCP, Terra и DNAnexus).

От FASTQ до BAM и VCF

Испытайте непревзойденную производительность.

Clara Parabricks ускоряет весь процесс обработки данных: от формата FastQ до VCF, используя аппаратные конфигурации на базе графических процессоров NVIDIA A100 с тензорными ядрами. Исследователи в области геномики смогут ускорить каждый этап своего анализа: от выравнивания до сортировки и идентификации вариантов. В отличие от систем, использующих только CPU, при увеличении числа графических процессоров наблюдается почти линейное масштабирование по скорости вычислений, что обеспечивает ускорение более чем в 80 раз.

Анализ всего генома человека с 30-кратным охватом менее чем за 30 минут

Развертывание возможно в локальных системах, в облаке и на периферийных устройствах.

NVIDIA DGX A100

Локальная система.

Система Clara Parabricks, работающая на базе  NVIDIA DGX™ A100,  анализирует до 25 000 полных геномов в год (30-кратный охват) с помощью передовых методов Genomic Analysis Toolkit (GATK) с линейным масштабированием производительности за пределами одного DGX A100.

Развертывание в облаке.

Время — деньги. Когда мы говорим об облачных технологиях, это утверждение верно на 100 процентов. Выбирайте подходящие инстансы GPU, способные анализировать геномы за считаные минуты. Для простоты развертывания несколько поставщиков облачных сервисов размещают Clara Parabricks в виде образа, которым можно начать пользоваться немедленно.

Развертывание в облаке.
Перенесите ИИ на периферию.

Перенесите ИИ на периферийные устройства.

Мы работаем с производителями приборов для геномики над созданием программно определяемых ДНК-секвенаторов с поддержкой ИИ, аппаратов для пространственной транскриптомики и других устройств, повышающих точность и обеспечивающих анализ в реальном времени на периферийных устройствах.

Быстрое внедрение ИИ с NVIDIA LaunchPad.

Получите мгновенный доступ к корпоративным решениям NVIDIA в рамках бесплатного практического занятия по Clara Parabricks для ускоренного геномного анализа.

Влияние на реальный мир.

  • Анализ в масштабе
  • В секвенсорах и устройствах
  • Для передовых исследований
DeepVariant с Clara Parabricks

Институт Broad Institute

NVIDIA совместно с Broad работает над внедрением Parabricks с ускорением на GPU в платформу Terra, а также над оптимизацией рабочих процессов с ускорением на базе ИИ и больших языковых моделей с целью совершенствования исследовательской работы.

Национальный биобанк Таиланда ускоряет открытия в геномике

Национальный биобанк Таиланда (NBT)

Применение NVIDIA DGX A100 и Clara Parabricks позволило национальному биобанку Таиланда сократить время обработки данных секвенирования всего генома на 4 месяца и время обработки для отдельных пользователей с 30 до 1-2 часов.

Исследовательский институт трансляционной геномики (TGen)

Центр генома человека (HGC)

Центр HGC в Токийском университете объявил о запуске новой платформы геномики для ускорения геномного анализа в 40 раз по сравнению со средой на базе ЦП, которого удалось добиться за счет использования программного обеспечения для геномики NVIDIA Clara Parabricks. 

Исследовательский институт трансляционной геномики (TGen)

Regeneron Genetics Center

Компания Regeneron использует DeepVariant с Clara Parabricks для создания масштабируемых высококачественных данных, которые могут быть воспроизведены другими специалистами в области геномики.

Ultima Genomics сотрудничает с NVIDIA

Ultima

Компания Ultima Genomics совместно с NVIDIA предлагает секвенирование генома за 100 долларов США с искусственным интеллектом и ускоренными вычислениями.

Singular Genomics сотрудничает с NVIDIA

Singular

Singular Genomics совместно с NVIDIA работает над обеспечением самой высокой на рынке скорости секвенирования и анализа следующего поколения.

Устройство MinIT на базе NVIDIA AGX

Oxford Nanopore

Oxford Nanopore обновляет свою вычислительную башню PromethION, переводя ее с технологии NVIDIA V100 на A100. Это увеличение вычислительной мощности позволит компании поддерживать высокую точность базового анализа, а также значительно расширить возможности сверхточных алгоритмов.

Включение в книгу рекордов Гиннесса за самое быстрое секвенирование ДНК
Изображение предоставлено Стивом Фишем, Стэнфордский университет.

Мировой рекорд Гиннеса

Группа исследователей установила новый рекорд секвенирования ДНК — пять часов и две минуты, что позволит лечащим врачам брать кровь у пациента в критическом состоянии и диагностировать генетические расстройства в тот же день.

Сверхбыстрое секвенирование генома Nanopore в реанимации

Стэнфордский университет, Google и Oxford Nanopore

Специалистам Стэнфордского университета удалось значительно сократить время выполнения секвенирования за счет интеграции DeepVariant с ускорением на GPU с NVIDIA Clara Parabricks.

Платформа вычислений с ускорением на GPU для геномного варианта патогена

Университет Purdue University

Исследователи Purdue завершили исследование, в котором оценивалась производительность и точность вычислительной среды с ускорением на GPU для выявления геномных вариантов патогенов.

Начало работы с Clara Parabricks.

Используйте NVIDIA Clara Parabricks бесплатно уже сегодня.

Скачать
Документация
Рабочие процессы