Computación Acelerada para Análisis Genómico
Soluciones Rápidas, Exactas y Escalables para Workflows de Bioinformática
NVIDIA Parabricks
Acelere el Análisis Genómico
NVIDIA® Parabricks® es una suite de software de genómica escalable para análisis secundario que proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas confiables y de código abierto.
Gracias a su compatibilidad con instrumentos de secuenciación líderes, los investigadores, bioinformáticos y científicos de datos pueden usar Parabricks en diversos workflows de bioinformática.
Parabricks aumenta la velocidad con tiempos de ejecución menores y reduce los costos, a la vez que mejora la exactitud y garantiza la transparencia. Como resultado, los investigadores pueden descubrir ideas y descubrimientos biológicos más rápido.
NVIDIA AI Blueprints
Implemente Fácilmente Genómica y Soluciones Monocelulares
Los NVIDIA AI Blueprints son blueprints livianos y fácilmente implementables para genómica y análisis de una sola célula.
AI Blueprints, creados para bioinformáticos y proveedores de plataformas de genómica, les permiten a los usuarios implementar y probar fácilmente NVIDIA Parabricks y NVIDIA RAPIDS™, incluidos los RAPIDS monocelulares desarrollados por scverse, sin requerir GPU ni aprovisionamiento en la nube.
Al evaluar y expandir fácilmente la accesibilidad de las bibliotecas de genómica acelerada, los científicos y los investigadores pueden promover la comprensión genómica al ponerse en marcha más rápido.
Microservicios NVIDIA NIM
Optimice la Alineación y la Llamada de Variantes
Los microservicios NVIDIA NIM™ son microservicios listos para la producción, optimizados y componibles con FQ2BAM para la alineación junto con DeepVariant para la llamada de variantes universales.
Los científicos de datos y los desarrolladores pueden obtener acceso a los últimos avances en IA generativa con API estándares de la industria que facilitan la creación e implementación de aplicaciones nativas de la nube.
Reduzca los análisis demorados. La alineación estándar de la industria, lista para la producción, se lleva a cabo en minutos en lugar de horas. Además, puede optimizar el desempeño de las llamadas de variantes desde diferentes plataformas de secuenciación.
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Preguntas Frecuentes
NVIDIA Parabricks es una suite de software acelerada por GPU para el análisis genómico secundario. Parabricks es compatible con todos los instrumentos de secuenciación líderes y admite diversos workflows de bioinformática.
Parabricks aumenta la velocidad, reduce los costos y aumenta la exactitud del análisis genómico secundario.
- Aumente la velocidad: Experimente un análisis 135 veces más rápido en secuenciación de genomas completos (WGS) en comparación con las soluciones de solo CPU.
- Reduzca los costos: Reduzca los costos de computación en hasta un 50% para WGS, en comparación con las soluciones de solo CPU.
- Mejore la exactitud: Implemente deep learning de alta exactitud en todos los secuenciadores principales.
- Garantice la transparencia: Reproduzca resultados a partir de herramientas confiables y de código abierto.
Parabricks está disponible como contenedor público en NVIDIA NGC™, para su uso en instalaciones locales o en cualquier plataforma o proveedor de servicios en la nube.
NVIDIA ofrece NVIDIA AI Enterprise para los clientes que necesitan compatibilidad con Parabricks en workflows clínicos, grandes proyectos de secuenciación, plataformas de alto rendimiento u otros workflows que requieran asistencia inmediata.
Parabricks se puede ejecutar en proveedores, plataformas y socios de nube pública, así como en instalaciones locales.
- Proveedores de nube pública: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Plataforma Naver Cloud, Baidu AI Cloud y Alibaba Cloud
- Plataformas y socios: DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio y Lifebit
- En las instalaciones locales: sistemas NVIDIA DGX™, Servidores Certificados por NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos y Supermicro
Parabricks iguala la exactitud de las herramientas de código abierto, por lo que usted puede cambiar entre herramientas y obtener los mismos resultados con Parabricks. Sin embargo, Parabricks también acelera estas herramientas para que pueda ejecutar el análisis aún más rápido. Las últimas evaluaciones de velocidad se pueden encontrar en la siguiente tabla.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
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Tiempo de desempeño indicado en minutos.
Parabricks está disponible como una imagen de docker y se puede ejecutar en las instalaciones locales o en cualquier entorno de nube donde las GPU NVIDIA estén disponibles. Parabricks produce resultados equivalentes a las herramientas comunes de código abierto, por lo que se puede usar como un reemplazo directo para acelerar partes clave de workflows existentes. También es completamente configurable, lo que les permite a los usuarios elegir qué pasos y configuración de parámetros ejecutar, y es compatible con los administradores de workflow líderes, como NextFlow y Cromwell.
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