Análisis Acelerado de Secuenciación del Genoma Completo

Experimenta la secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento y alta precisión con NVIDIA Clara Parabricks.

Prueba Gratuita por 90 Días

Potencia el análisis genómico más rápido y preciso con NVIDIA Clara™ Parabricks®. El framework de aplicaciones de genómica computacional acelerado por GPU ofrece análisis precisos y acelerados de datos de secuenciación de próxima generación (NGS) para los proyectos de secuenciación de cáncer, estudios de población, RNA-Seq y muchas más aplicaciones a cargo de investigadores, equipos clínicos, centros médicos y centros de secuenciación.

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Alto Rendimiento

Alto Rendimiento

Procesa hasta 60 genomas completos por día en un solo servidor.

Mejor Precisión

Mejor Precisión

No hay necesidad de sacrificar la precisión para reducir el tiempo de respuesta. Un conjunto de líneas germinales y detectores somáticos está disponible.

Pipelines Flexibles

Pipelines Flexibles

Crea pipelines personalizados y acelerados configurando más de 50 herramientas para cualquier necesidad específica de proceso o aplicación.

30–60 Veces Más Rápido

30–60 Veces Más Rápido

Reduce los costos de computación hasta en un 50 por ciento con una ejecución entre 30 a 60 veces más rápida que las soluciones solo de CPU.

Aplicaciones Aceleradas para la Genómica

Desde FASTQ hasta Binary Alignment Map (BAM) y Variant Call Format (VCF), Clara Parabricks acelera el análisis genómico para workflows somáticos, de líneas germinales y variantes estructurales. También mejora la velocidad del secuenciador y la precisión de las llamadas base de lectura consensuada con un conjunto de más de 50 herramientas.

Secuenciación de Cáncer

Acelera los workflows de secuenciación de cáncer hasta 40 veces con cinco detectores somáticos, compatibilidad con paneles genéticos y precisión mejorada cuando usa códigos de barras moleculares o índices moleculares únicos.

Secuenciación del Genoma Entero

Acelera todo el análisis del genoma hasta 60 veces con una gran variedad de herramientas para workflows integrales optimizados, lo que incluye polimorfismos de nucleótido único (SNP), inserciones y eliminaciones (indeles) y llamadas de variantes estructurales.

Secuenciación de Exomas

Analiza los exomas en menos de cinco minutos con variantes de alta precisión y un conjunto completo de detectores somáticos y de líneas germinales.

Secuenciación de ARN

Accede a un conjunto de herramientas para acelerar la secuenciación de ARN, desde la alineación con el conector hasta la detección de fusión y la cuantificación de expresiones genéticas.

FASTQ a Binary Alignment Map (BAM) a VCF

Rendimiento y Precisión Incomparables

Acelera el Análisis de Variantes de Líneas Germinales

Desde FastQ hasta VCF, Clara Parabricks acelera los tiempos de ejecución en una serie de configuraciones de hardware con las GPU NVIDIA A100 Tensor Core. Los investigadores genómicos pueden experimentar la aceleración en cada paso de sus workflows de análisis, desde la alineación hasta el ordenamiento y la detección de variantes. Cuando se usan más GPU, se observa una escala casi lineal en los tiempos de computación, en comparación con los sistemas solo de CPU, lo que permite una aceleración de más de 80 veces.

Analiza Todo un Genoma Humano con una Cobertura 30 Veces Mayor en Menos de 30 Minutos

Los tiempos de ejecución de NVIDIA se lograron con un sistema NVIDIA DGX™ A100 de 320 GB. Todos los análisis se ejecutaron en HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) secuenciado con una cobertura 30 veces mayor, con detecciones de variantes hechas con GATKv4.1.0 HaplotypeCaller.

Maximiza la Precisión en la Detección de Líneas Germinales

Con Clara Parabricks, se pueden ejecutar varios detectores de líneas germinales simultáneamente para mejorar la precisión, lo que minimiza las detecciones falsas positivas o falsas negativas. Como se muestra en esta trama del conjunto, al ejecutar DeepVariant y HaplotypeCaller, DeepVariant pudo informar unas 5000 variantes perdidas por HaplotypeCaller.

Maximiza la Precisión en la Detección de Líneas Germinales

Referencia más usada para la detección de líneas germinales HG002 Genoma in A Bottle (GIAB NIST) secuenciada a una cobertura 30 veces mayor. Los datos se ejecutaron con instancias de GPU g4dn.12x large en AWS.

Acelera el Análisis de Mutaciones Somáticas

Clara Parabricks acelera los tiempos de ejecución para cuatro detectores somáticos, lo que reduce el tiempo de análisis hasta 66 veces en comparación con la CPU. Con Mutect2 y Muse, el análisis completo del genoma humano se puede reducir de más de 30 horas a menos de una hora. Un total de cinco detectores somáticos forman parte del conjunto de software Parabricks.

Acelera la Secuenciación del Cáncer hasta 66 Veces

Se lograron tiempos de ejecución de rendimiento para la línea base de CPU con 32vcpu con un nodo de 128 GB, mientras que las instancias de Parabricks usaron 8 GPU NVIDIA V100 Tensor Core con un nodo de 488 GB. Los datos que se usaron fueron 50 veces SEQC-II, mientras que las métricas para LoFreq usaron un conjunto de datos 30 veces más grande.

Mejora la Precisión y la Visibilidad de las Detecciones Somáticas

Clara Parabricks te permite aprovechar las fortalezas de varios detectores al mismo tiempo para mejorar la precisión y obtener más información de tus datos. Se puede usar un conjunto de cinco detectores somáticos (MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 y Somatic Sniper) para la detección integral de mutaciones. Ejecutarlos de forma individual o en combinación para descubrir más variantes a velocidades más rápidas con resultados confiables.

Mejora la Precisión y la Visibilidad de las Detecciones Somáticas

Datos de las regiones de alta confianza de la Fase de Control de Calidad de Secuencia (SEQC-II) que muestran las variantes somáticas para cinco detectores diferentes. Los datos se ejecutaron con instancias de GPU g4dn.12x large en AWS.

Secuenciación de Próxima Generación en las Instalaciones o en el Cloud

La ejecución de NVIDIA Clara Parabricks requiere un mínimo de dos GPU. Las licencias locales son suscripciones anuales por GPU, que incluyen acceso completo a todos los pipelines de la suite de software NVIDIA Clara Parabricks.

NVIDIA DGX A100

Soluciones de Análisis Genómico en las Instalaciones

Clara Parabricks se ejecuta en una NVIDIA DGX™ A100 y analiza hasta 25,000 genomas completos por año (cobertura de 30 veces) con Genomic Analysis Toolkit (GATK) de Broad Institute. El rendimiento se escala linealmente más allá de una sola DGX A100.

Más información sobre DGX A100

Análisis Genómico en el Cloud

En el cloud, el tiempo es dinero. Elige entre una gama de instancias de GPU capaces de analizar genomas en cuestión de minutos. Para facilitar la implementación en AWS, Clara Parabricks está disponible en una Imagen de Máquina de Amazon (AMI) para su uso inmediato.

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AWS Marketplace : Pipelines de NVIDIA Clara Parabricks

Cómo Clara Parabricks Tiene un Impacto en el Mundo Real

DeepVariant con Clara Parabricks

Centro de Genética Regeneron

Descubre cómo Regeneron está utilizando DeepVariant con Clara Parabricks para generar datos escalables y de alta calidad que se pueden reproducir en toda la comunidad genómica.

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NVIDIA DGX A100 y Clara Parabricks

Biobanco Nacional de Tailandia (NBT)

NBT redujo su procesamiento de datos de secuenciación del genoma completo en cuatro meses y su tiempo de procesamiento de usuario individual de más de 30 horas a solo 1-2 horas con NVIDIA DGX A100 y Clara Parabricks.

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GPU NVIDIA V100 con Tensor Core

Instituto de Investigación en Genómica Traslacional (TGen)

Con NVIDIA Clara Parabricks y las GPU NVIDIA V100 Tensor Core, TGen aceleró el análisis de secuenciación genómica en 6 veces para ayudar a determinar tratamientos personalizados para niños con trastornos neurológicos raros.

Leer la historia de éxito
NVIDIA Clara Parabricks

Universidad de Washington en Saint Louis (WUSTL)

La integración de pasos basados en GPU con NVIDIA Clara Parabricks permitió a Tychele Turner de WUSTL reducir enormemente el tiempo de ejecución para las llamadas de variantes de novo.

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Recursos

  • Soporte para Empresas
  • Documentación

Los Servicios de Soporte de Pipelines de Parabricks te brinda asistencia de forma sencilla y confiable para mejorar la productividad y reducir el tiempo de inactividad de tus sistemas de análisis de producción. Los Servicios de Soporte de NVIDIA para Parabricks incluyen:

  • Comunicación directa con técnicos y expertos de NVIDIA
  • Ayuda con la instalación y el uso de Pipelines de Parabricks
  • Respuesta rápida y resolución oportuna de problemas (los casos se aceptan para el soporte remoto las 24 horas al día, 7 días a la semana)
  • Acceso a todas las actualizaciones de software, versiones de mantenimiento, correcciones de errores y parches de seguridad
  • Ayuda con soluciones temporales para errores confirmados

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Contacto: parabricks-eval-support@nvidia.com

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Clara Parabricks se puede configurar en solo 10 minutos con una prueba gratuita de 90 días. Mira un breve video para obtener un tutorial paso a paso u obtén más información sobre el conjunto de software y las herramientas disponibles en la documentación técnica de Parabricks.

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