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Potencie velocidades y aciertos sin precedentes en la genómica de precisión con el paquete de software NVIDIA Clara™ para genómica.
Reduzca sustancialmente el tiempo de descubrimiento e identificación de tratamientos con workflows optimizados.
Haga que los análisis demorados pasen de días a minutos, con el fin de revolucionar la velocidad, la exactitud y el rendimiento de los workflows de genómica.
Optimice la alineación, el procesamiento y la llamada de variantes de genomas y exomas completos en workflows tanto de línea germinal como somáticos.
El mercado de la genómica abarca varios métodos con una amplia gama de aplicaciones en el descubrimiento de fármacos, estudios de salud poblacional y diagnósticos clínicos. El panorama es diverso e incluye instituciones de investigación, instalaciones de salud, centros de diagnóstico de secuenciación, programas nacionales, productos farmacéuticos y biotecnología, todos los cuales juegan un papel esencial en los descubrimientos genómicos. Un análisis acelerado conduce a diagnósticos más rápidos, tratamientos personalizados y descubrimientos simplificados de fármacos, lo que ahorra tiempo y recursos a la vez que mejora la atención al paciente y da lugar a decisiones en tiempo real basadas en datos.
La secuenciación de lectura corta genera secuencias de ADN cortas y es valorada por su velocidad y asequibilidad. NVIDIA® Parabricks® acelera las herramientas de análisis secundario de clase mundial, desde la alineación hasta la llamada de variantes, lo que permite análisis rápidos de los datos de secuenciación de lectura corta. Estas herramientas se pueden usar con datos de Element, Illumina, MGI, Singular y Thermo Fisher.
La secuenciación de lectura larga es fundamental para identificar variantes estructurales y se puede usar para ensamblar genomas a partir de múltiples muestras, lo que puede impulsar el estudio de la diversidad genética en poblaciones. NVIDIA Parabricks acelera las herramientas de análisis secundario de clase mundial para llamadas de bases, alineación y llamada de variantes, lo que permite análisis rápidos de datos de secuenciación de lectura larga. Estas herramientas se pueden usar en datos obtenidos de los secuenciadores de lectura larga Oxford Nanopore y PacBio.
NVIDIA RAPIDS™ acelera los workflows de célula única para el procesamiento y la visualización de datos gracias a un modelo de usabilidad similar al de las bibliotecas scverse de Python. cunnData proporciona una versión minimizada y ligera del objeto AnnData para la GPU, lo que permite manipular y procesar rápidamente datos que las bibliotecas RAPIDS cuGraph y cuML pueden analizar posteriormente.
NVIDIA Parabricks incluye un workflow espacial y de célula única para acelerar los cuellos de botella y aumentar la exactitud. La IA generativa se aplica específicamente al análisis espacial con VISTA-2D, un modelo base de imágenes celulares para segmentación de alta exactitud. Como algoritmo de deep learning basado en transformers, VISTA-2D opera en muchos tipos de células y admite múltiples conjuntos de datos, modalidades y GPU.
Los microservicios de NVIDIA NIM™ ofrecen una solución integral y en capas para la inferencia de IA. Combinan el poder de los contenedores preconstruidos, API estándares de la industria, compatibilidad con modelos personalizados, código específico de dominio y motores de inferencia optimizados. Utilice microservicios NIM a su medida para que cree su propio workflow de aplicaciones genómicas personalizadas.
Ejecute DeepVariant, de Google, optimizado para GPU. Cambie de modelos para obtener una alta exactitud en todos los secuenciadores principales.
Genere salidas de BAM a partir de uno o más pares de archivos FASTQ mediante la ejecución de las prácticas recomendadas de BWA-MEM y GATK.
NVIDIA Parabricks proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas utilizadas todos los días por biólogos computacionales y bioinformáticos, lo que permite tiempos de ejecución significativamente menores, escalabilidad de workflows y menores costos de computación. Está disponible como un contenedor público en NVIDIA NGC™ para su uso en las instalaciones o en cualquier plataforma o proveedor de servicios de nube.
NVIDIA les ofrece NVIDIA AI Enterprise a los clientes que necesitan compatibilidad con Parabricks en workflows clínicos, proyectos de secuenciación de gran tamaño, plataformas de alto rendimiento u otros workflows que requieran asistencia inmediata.
Compare los beneficios de Parabricks con NVIDIA AI Enterprise
Cuatro Líderes Impulsan la Investigación y Prevención de Enfermedades
Propulsión de la Exactitud y la Velocidad de la Secuenciación de Lectura Larga con Pacific Biosciences
Reducción del Análisis Espacial y de Célula Única de Horas a Minutos con el Translational Genomics Research Institute
Ahorro de Nueve Años en Tiempo de Procesamiento con NVIDIA Parabricks
NVIDIA Parabricks es un paquete de software acelerado por GPU para análisis genómico secundario. Parabricks es compatible con todos los instrumentos de secuenciación líderes y admite diversos workflows de bioinformática.
Parabricks aumenta la velocidad, reduce los costos e incrementa la exactitud de los análisis genómicos secundarios.
Sí. Parabricks iguala los resultados de las herramientas de código abierto, por lo que usted puede migrar de ellas a Parabricks y obtener exactamente los mismos resultados. En la siguiente tabla podrá encontrar los estándares de referencia más recientes de la versión 4.3.1.
Tiempo de ejecución en minutos: Secuenciación de 30 veces más genomas completos con FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant y Haplotype Caller con datos de Illumina. Secuenciación de 50 veces más genomas completos de tumores normales con Mutect2 con datos de Illumina.
Parabricks está disponible como un contenedor público en NVIDIA NGC™ para su uso en las instalaciones o en cualquier plataforma o proveedor de servicios de nube.
Parabricks se puede ejecutar en proveedores de nube pública, plataformas y socios, así como en las instalaciones.
Requisitos de hardware
Requisitos de software
Parabricks es compatible con la mayoría de las GPU empresariales de NVIDIA, incluidas las GPU Tensor Core A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 y V100.
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