Análise Acelerada de Sequenciamento de Genomas

Experimente o sequenciamento de DNA e RNA de alto rendimento e alta precisão com o NVIDIA Clara Parabricks.

Teste Gratuito de 90 Dias

Faça análises de genomas mais rápidas e mais precisas com o NVIDIA Clara™ Parabricks®. Esse framework de aplicações de genômica computacional acelerado por GPU oferece análise precisa e acelerada de dados de sequenciamento de próxima geração (NGS - Next-Generation Sequencing) para pesquisadores, equipes clínicas, centros médicos e de sequenciamento para projetos de sequenciamento de câncer, estudos populacionais, RNA-Seq e muitas outras aplicações.

Veja o Documento: Especificações do Produto Parabricks (PDF de 304kB)
Alto Rendimento

Alto Rendimento

Processe até 60 genomas completos por dia em um único servidor.

Mais Precisão

Mais Precisão

Não é preciso sacrificar a precisão para reduzir o tempo de resposta. Está disponível um conjunto de mecanismos de identificação de células germinais e somáticas.

Pipelines Flexíveis

Pipelines Flexíveis

Crie pipelines personalizados e acelerados configurando mais de 50 ferramentas para qualquer necessidade específica de pipeline ou aplicação.

30 a 60 Vezes Mais Rápido

30 a 60 Vezes Mais Rápido

Reduza os custos de computação em até 50% com uma execução de 30 a 60 vezes mais rápida que soluções exclusivas de CPU.

Aplicações Aceleradas para Genômica

Do FASTQ ao Binary Alignment Map (BAM) ao Variant Call Format (VCF), o Clara Parabricks acelera a análise genômica para workflows de variantes somáticas, germinais e estruturais. Ele também aumenta a velocidade de sequenciamento e a precisão de leitura e consenso da chamada de bases com um conjunto de mais de 50 ferramentas.

Sequenciamento de Câncer

Acelere os workflows de sequenciamento de câncer em até 40 vezes com cinco mecanismos de identificação de células somáticas, suporte a painéis genéticos e precisão aprimorada ao usar códigos de barra moleculares ou índices moleculares únicos.

Sequenciamento de Genoma Completo

Acelere a análise completa de genomas em até 60 vezes com uma ammpla variedade de ferramentas para workflows simplificados de ponta a ponta, incluindo polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs - Single Nucleotide Polymorphisms), inserções e deleções (indels) e mecanismos de identificação de variantes estruturais.

Sequenciamento de Exoma

Analise exomas em menos de cinco minutos com mecanismos de identificação de variantes de alta precisão e um conjunto completo de mecanismos de identificação de células germinais e somáticas.

Sequenciamento de RNA

Acesse um pacote de ferramentas para acelerar o sequenciamento de RNA, do alinhamento splice-aware à detecção de fusão e quantificação da expressão genética.

FASTQ to Binary Alignment Map (BAM) to VCF

Desempenho e Precisão Incomparáveis

Acelere a Análise de Variantes de Células Germinais

Do FastQ ao VCF, o Clara Parabricks acelera o tempo de execução em uma série de configurações de hardware com GPUs NVIDIA A100 Tensor Core. Os pesquisadores de genômica podem obter aceleração em todas as etapas de seus workflows de análise, do alinhamento à classificação e à identificação de variantes. Quando se usam mais GPUs, observa-se um dimensionamento quase linear nos tempos de computação, ao contrário dos sistemas apenas com CPU, permitindo uma aceleração de 80 vezes.

Analise um Genoma Humano Inteiro com Cobertura 30 Vezes Maior em Menos de 30 Minutos

Os tempos de execução da NVIDIA foram alcançados em um sistema equipado com uma NVIDIA DGX™ A100 de 320GB. Todas as análises foram realizadas no HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) sequenciado para cobertura 30 vezes maior, com a identificação de variantes realizada com GATKv4.1.0 HaplotypeCaller.

Maximize a Precisão na Identificação de Células Germinais

Com o Clara Parabricks, vários identificadores de células germinais podem ser executados simultaneamente para maior precisão e menor ocorrência de identificações falso-positivas e/ou falso-negativas. Como é possível ver no gráfico abaixo, com o DeepVariant e o HaplotypeCaller executados simultaneamente, o DeepVariant foi capaz de identificar aproximadamente 5.000 variantes não identificadas pelo HaplotypeCaller.

Maximize a Precisão na Identificação de Células Germinais

A referência mais usada para detecção de células germinais, HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST), foi sequenciada para cobertura 30 vezes maior. Os dados foram executados em GPUs g4dn.12xlarge na AWS.

Acelere a Análise de Mutação Somática

O Clara Parabricks acelera o tempo de execução de identificadores somáticos, acelerando a análise em até 66 vezes quando comparada à feita por CPU. Com Mutect2 e Muse, a análise completa do genoma humano passa a levar menos de uma hora em vez de 30 horas. Um total de cinco identificadores somáticos fazem parte do pacote de software Parabricks.

Acelere o Sequenciamento de Câncer em até 66 Vezes

Os tempos de execução foram alcançados para a linha de base da CPU usando 32 vCPUs com um nó de 128GB, enquanto as instâncias do Parabricks usaram 8 GPUs NVIDIA V100 Tensor Core com um nó de 488GB. Os dados usados foram 50 vezes os do SEQC-II, e a métrica para LoFreq usou um conjunto de dados 30 vezes maior.

Melhore a Visibilidade e a Precisão da Identificação Somática

O Clara Parabricks permite utilizar os pontos fortes de vários identificadores simultaneamente para melhorar a precisão e extrair mais insights dos dados. Um conjunto de cinco identificadores somáticos (MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 e Somatic Sniper) pode ser usado para a detecção abrangente de mutações. Execute os identificadores individualmente ou em combinação para descobrir mais variantes em velocidades mais altas com resultados confiáveis.

Melhore a Visibilidade e a Precisão da Identificação Somática

Regiões de alta confiança da Fase de Controle de Qualidade de Sequenciamento (SEQC-II - Sequencing Quality Control Phase) que mostram as variantes somáticas para cinco identificadores diferentes. Os dados foram executados em GPUs g4dn.12xlarge na AWS.

Sequenciamento de Próxima Geração on Premises ou no Cloud

Para executar o NVIDIA Clara Parabricks, são necessárias pelo menos duas GPUs. As licenças on premise são assinaturas anuais por GPU que oferecem acesso completo a todos os pipelines do pacote de software NVIDIA Clara Parabricks.

NVIDIA DGX A100

Soluções de Análise Genômica On Premises

Executado em uma NVIDIA DGX™ A100, o Clara Parabricks analisa até 25 mil genomas completos ao ano (cobertura de 30 vezes) com o Genomic Analysis Toolkit (GATK) do Broad Institute. A partir de uma DGX A100, o rendimento é dimensionado linearmente.

Saiba mais sobre a DGX A100

Análise Genômica no Cloud

No cloud, tempo é dinheiro. Escolha uma de várias instâncias de GPU capazes de analisar genomas em questão de minutos. Para facilitar a implantação, a AWS tem o Clara Parabricks disponível em uma imagem de máquina da Amazon (AMI - Amazon Machine Image) para uso imediato.

Conheça o AWS Marketplace
AWS Marketplace: Pipelines NVIDIA Clara Parabricks

Como o Clara Parabicks Está Causando Impacto Verdadeiro

DeepVariant com o Clara Parabricks

Regeneron Genetics Center

Veja como a Regeneron está usando o DeepVariant com o Clara Parabricks para gerar dados dimensionáveis de alta qualidade que podem ser reproduzidos pela comunidade de genômica.

Assista ao Webinar
NVIDIA DGX A100 e Clara Parabricks

National Biobank of Thailand (NBT)

Com a NVIDIA DGX A100 e o Clara Parabricks, o NBT reduziu em 4 meses o tempo de processamento de dados de sequenciamento de genomas completos, e o tempo de processamento por usuário individual passou de mais de 30 horas para apenas 1 ou 2 horas.

Leia o Artigo
GPUs NVIDIA V100 Tensor Core

Translational Genomics Research Institute (TGen)

Com o NVIDIA Clara Parabricks e as GPUs NVIDIA V100 Tensor Core, o TGen acelerou a análise de sequenciamento genômico em 6 vezes para ajudar a criar tratamentos personalizados para crianças com condições neurológicas raras.

Leia o Caso de Sucesso
NVIDIA Clara Parabricks

Washington University in Saint Louis (WUSTL)

A integração de etapas baseadas em GPU com o NVIDIA Clara Parabricks permitiu que Tychele Turner, da WUSTL, reduzisse significativamente o tempo de execução de chamadas de variantes de novo.

Assista ao Webinar

Recursos

  • Suporte Empresarial
  • Documentação

Os Serviços de Suporte de Pipelines Parabricks são uma forma fácil e confiável de aumentar a produtividade e reduzir o tempo de inatividade de sistemas de análise de produção. Os Serviços de Suporte da NVIDIA para Parabricks incluem:

  • Comunicação direta com especialistas e técnicos da NVIDIA
  • Auxílio com instalação e uso de Pipelines Parabricks
  • Resposta rápida e resolução ágil de problemas (os casos são aceitos para suporte remoto 24 horas por dia)
  • Acesso a todos os upgrades de software, versões de manutenção, correções de bugs e patches de segurança
  • Auxílio com soluções temporárias para bugs confirmados

Comece Hoje Mesmo

Já tem um contrato de suporte ativo?

Faça login no portal de suporte >

Ainda está com dúvidas?

Entre em contato pelo endereço parabricks-eval-support@nvidia.com

Introdução

Com o teste gratuito de 90 dias, o Clara Parabricks pode ser configurado para uso em apenas 10 minutos. Assista a um vídeo curto para conferir o passo a passo ou saiba mais sobre o pacote de softwares e ferramentas disponíveis na documentação técnica do Parabricks.

Faça um teste gratuito de 90 dias do NVIDIA Clara Parabricks hoje mesmo ou entre em contato com a equipe de vendas para solicitar um orçamento.

Iniciar Teste
Receba um Orçamento

Confira as Notícias Mais Atuais Sobre Genômica

  1. Section
Inscreva-se para receber novidades, anúncios e mais da NVIDIA na área empresarial.
Plataformas
Produtos
Desenvolvedores