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Alcance um nível sem precedentes de velocidade e exatidão em genômica de precisão com o conjunto de software NVIDIA Clara™ para genômica.
Reduza substancialmente o tempo de descoberta e identificação de tratamentos com workflows otimizados.
Reduza a análise demorada de dias para minutos para revolucionar a velocidade, a precisão e o rendimento dos workflows de genômica.
Otimize o alinhamento, o processamento e a chamada de variantes de genomas inteiros e exomas para workflows, tanto de linha germinal quanto somáticos.
O mercado de genômica compreende vários métodos que abrangem aplicações amplas em descoberta de medicamentos, medicina de precisão, estudos de saúde da população e diagnósticos clínicos. O cenário é diverso e inclui instituições de pesquisa, instalações de saúde, centros de diagnóstico de sequenciamento, programas nacionais, produtos farmacêuticos e tecbios, todos os quais desempenham um papel essencial nas descobertas em genômica. Uma análise mais rápida propicia diagnósticos mais rápidos, tratamentos personalizados e descoberta simplificada de medicamentos, economizando tempo e recursos, melhorando o atendimento ao paciente e permitindo decisões orientadas por dados em tempo real.
O sequenciamento de leitura curta gera sequências curtas de DNA e é valorizado por sua velocidade e acessibilidade. O NVIDIA® Parabricks® acelera as ferramentas de análise secundária de excelência, do alinhamento à chamada de variantes, permitindo uma análise rápida de dados de sequenciamento de leitura curta. Essas ferramentas podem ser usadas com dados da Element, Illumina, MGI, Singular e Thermo Fisher.
O sequenciamento de leitura longa é determinante na identificação de variantes estruturais e pode ser usado para montar genomas de várias amostras, o que pode impulsionar o estudo da diversidade genética em populações. O NVIDIA Parabricks acelera as ferramentas de análise secundária de excelência para identificação de bases, alinhamento e chamada de variantes, permitindo a análise rápida de dados de sequenciamento de leitura longa. Essas ferramentas podem ser usadas em dados de sequenciadores de leitura longa Oxford Nanopore e PacBio.
O NVIDIA RAPIDS™ acelera os workflows de célula única para processamento e visualização de dados, com um modelo de usabilidade semelhante ao das bibliotecas Python scverse. A cunnData fornece uma versão minimizada e leve do objeto AnnData para a GPU, permitindo a manipulação e o processamento rápidos de dados, que as bibliotecas RAPIDS cuGraph e cuML podem analisar a jusante.
O NVIDIA Parabricks inclui um workflow de célula única e espacial para acelerar gargalos e aumentar a precisão. A IA generativa é aplicada especificamente à análise espacial com o VISTA-2D, um modelo fundamental de imagem de células para segmentação de alta precisão. Como algoritmo de deep learning baseado em transformers, o VISTA-2D funciona em vários tipos de células e suporta vários conjuntos de dados, modalidades e GPUs.
Os microsserviços NVIDIA NIM™ oferecem uma solução abrangente e em camadas para inferência de IA, combinando a potência de contêineres pré-construídos, APIs padrão do setor, compatibilidade com modelos personalizados, código específico de domínio e mecanismos de inferência otimizados. Use microsserviços NIM sob demanda para criar seu próprio workflow para aplicações genômicas personalizadas.
Execute o DeepVariant do Google otimizado para GPU. Alterne modelos para alta precisão em todos os principais sequenciadores.
Gere saída de BAM a partir de um ou mais pares de arquivos FASTQ, executando as práticas recomendadas de BWA-MEM e GATK.
O NVIDIA Parabricks oferece versões aceleradas por GPU de ferramentas usadas diariamente por biólogos computacionais e especialistas em bioinformática, possibilitando tempos de execução significativamente mais rápidos, escalabilidade de workflows e custos de computação mais baixos. Está disponível como contêiner público no NVIDIA NGC™ para uso local ou em qualquer plataforma ou provedor de serviços no cloud.
Para clientes que precisam de suporte para Parabricks em workflows clínicos, grandes projetos de sequenciamento, plataformas de alto rendimento ou outros workflows que exigem assistência imediata, a NVIDIA oferece o NVIDIA AI Enterprise.
Compare os benefícios do Parabricks com o NVIDIA AI Enterprise
Quatro Líderes Estão Promovendo a Pesquisa e Prevenção de Doenças
Aumentando a Precisão e a Velocidade do Sequenciamento de Leitura Longa com a Pacific Biosciences.
Reduzindo a análise de célula única e espacial de horas para minutos com o Translational Genomics Research Institute.
Economia de Nove Anos de Processamento com o NVIDIA Parabricks
O NVIDIA Parabricks é um conjunto de software acelerado por GPU para análise genômica secundária. O Parabricks é compatível com todos os principais instrumentos de sequenciamento e suporta diversos workflows de bioinformática.
O Parabricks aumenta a velocidade, reduz os custos e aprimora a precisão para análise genômica secundária.
Sim, o Parabricks corresponde aos resultados de ferramentas de código aberto. Portanto, é possível desativar as ferramentas de código aberto e obter os mesmos resultados com ele. Os benchmarks mais recentes da versão 4.3.1 podem ser encontrados na tabela abaixo.
Tempo de desempenho em minutos. Sequenciamento de genoma inteiro 30 vezes para FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant e Haplotype Caller com dados Illumina. Sequenciamento de genoma inteiro tumor-normal 50x para Mutect2 com dados Illumina.
O Parabricks está disponível como contêiner público no NVIDIA NGC™ para uso local ou em qualquer plataforma ou provedor de serviços em cloud.
O Parabricks pode ser executado em provedores, plataformas e parceiros de nuvem pública e no local.
Requisitos de Hardware
Requisitos de software
O Parabricks é compatível com a maioria das GPUs empresariais da NVIDIA, incluindo A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 e V100 Tensor Core.
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