Computação Acelerada para Análise Genômica
Soluções Rápidas, Precisas e Escaláveis para Workflows de Bioinformática
NVIDIA Parabricks
Acelere a Análise de Genômica
O NVIDIA® Parabricks® é um pacote de software de genômica escalável para análise secundária que fornece versões aceleradas por GPU de ferramentas confiáveis e de código aberto.
Compatível com os principais instrumentos de sequenciamento, pesquisadores, bioinformatas e cientistas de dados podem usar o Parabricks em diversos workflows de bioinformática.
O Parabricks aumenta a velocidade com tempos de execução mais rápidos e reduz custos, melhorando a precisão e garantindo a transparência. Como resultado, os pesquisadores podem ter insights e fazer descobertas biológicas mais rapidamente.
NVIDIA AI Blueprints
Implante Facilmente a Genômica e Soluções de Célula Única
Os NVIDIA AI Blueprints são blueprints leves e facilmente implantáveis para genômica e análise de célula única.
Criado para bioinformatas e provedores de plataformas de genômica, os AI Blueprints permitem que os usuários implantem e testem facilmente o NVIDIA Parabricks e o NVIDIA RAPIDS™, incluindo o RAPIDS de célula única desenvolvido pela scverse, sem a necessidade de GPUs ou provisionamentos de nuvem.
Ao avaliar e expandir facilmente a acessibilidade de bibliotecas de genômica acelerada, os cientistas e pesquisadores podem aprofundar a compreensão genômica começando e executando mais rapidamente.
Microsserviços NVIDIA NIM
Otimize o Alinhamento e a Chamada de Variante
Os microsserviços do NVIDIA NIM™ são microsserviços prontos para produção, otimizados e componíveis com o FQ2BAM para alinhamento e o DeepVariant para a chamada de variante universal.
Os cientistas de dados e desenvolvedores podem obter acesso aos avanços mais recentes em IA generativa com APIs padrão do setor que facilitam a criação e a implantação de aplicações nativas em nuvem.
Reduza análises demoradas. Para o alinhamento, o alinhamento pronto para produção e padrão do setor ocorre em minutos em vez de horas. Além disso, otimize o desempenho da chamada de variante de diferentes plataformas de sequenciamento.
Tecnologias Adicionais
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Perguntas Frequentes
O NVIDIA Parabricks é um conjunto de software acelerado por GPU para análise genômica secundária. O Parabricks é compatível com todos os principais instrumentos de sequenciamento e suporta diversos workflows de bioinformática.
O Parabricks aumenta a velocidade, reduz os custos e aprimora a precisão para análise genômica secundária.
- Aumente a velocidade: experimente uma análise 135 vezes mais rápida do sequenciamento de todo o genoma (WGS) em comparação com as soluções que usam apenas CPU.
- Reduza os custos: reduza os custos de computação em até 50% para o WGS em comparação com as soluções apenas com CPU.
- Aprimore a precisão: implante o deep learning de alta precisão para todos os principais sequenciadores.
- Garanta a transparência: reproduza os resultados a partir de ferramentas confiáveis e de código aberto.
O Parabricks está disponível como um contêiner público no NVIDIA NGC™ para uso no local ou em qualquer plataforma ou provedor de serviços em cloud.
Para clientes que precisam de suporte para o Parabricks em workflows clínicos, grandes projetos de sequenciamento, plataformas de alto rendimento ou outros workflows que exigem assistência imediata, a NVIDIA oferece o NVIDIA AI Enterprise.
O Parabricks pode ser executado em provedores de nuvem pública, plataformas e parceiros e também no próprio local.
- Provedores de nuvem pública: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu IA Cloud e Alibaba Cloud
- Plataformas e parceiros: DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio e Lifebit
- No local: sistemas NVIDIA DGX™, Servidores Certificados pela NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos e Supermicro
O Parabricks combina com a precisão das ferramentas de código aberto, permitindo que você substitua ferramentas de código aberto e obtenha os mesmos resultados com o Parabricks. No entanto, o Parabricks também acelera essas ferramentas para que você possa executar análises ainda mais rapidamente. Os benchmarks de velocidade mais recentes podem ser encontrados na tabela abaixo.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
Os benchmarks mais recentes das GPUs NVIDIA mais populares oferecem o suporte mais recente, a maior velocidade e o menor custo por amostra.
Tempo de desempenho listado em minutos.
O Parabricks está disponível como uma imagem do docker e pode ser executado no local ou em qualquer ambiente de cloud em que as GPUs NVIDIA estejam disponíveis. O Parabricks produz resultados equivalentes aos das ferramentas comuns de código aberto, por isso pode ser usado como um substituto direto para acelerar as principais partes dos workflows existentes. Também é totalmente configurável, permitindo que os usuários escolham quais etapas e configurações de parâmetros executar, e é compatível com os principais gerenciadores de workflow, como NextFlow e Cromwell.
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