Calcolo accelerato per l'analisi genomica
Soluzioni veloci, accurate e scalabili per flussi di lavoro bioinformatici
NVIDIA Parabricks
Accelera l'analisi genomica
NVIDIA® Parabricks® è una suite software di genomica scalabile per l'analisi secondaria che fornisce versioni accelerate da GPU di strumenti open source affidabili.
I ricercatori, i bioinformatici e i data scientist possono utilizzare Parabricks, compatibile con i principali strumenti di sequenziamento, in diversi flussi di lavoro bioinformatici.
Parabricks aumenta la velocità grazie a tempi di esecuzione più rapidi e riduce i costi, migliorando l'accuratezza e garantendo la trasparenza. Di conseguenza, i ricercatori possono ricavare informazioni ed effettuare scoperte biologiche più rapidamente.
Blueprint NVIDIA AI
Distribuisci facilmente soluzioni per genomica e a cellula singola
NVIDIA AI Blueprints sono blueprint leggeri e facilmente distribuibili per l'analisi genomica e a cellula singola.
Creati per i bioinformatici e i fornitori di piattaforme genomiche, AI Blueprints consentono agli utenti di distribuire e testare facilmente NVIDIA Parabricks e NVIDIA RAPIDS™, incluso RAPIDS per l'analisi a cellula singola sviluppato da scverse, senza richiedere l'utilizzo di GPU o del cloud.
Grazie alla facilità di valutazione e all'ampliamento dell'accessibilità delle librerie di genomica accelerata, scienziati e ricercatori possono approfondire la comprensione della genomica velocizzando maggiormente le operazioni.
Microservizi NIM di NVIDIA
Ottimizza l'allineamento e la chiamata delle varianti
I microservizi NVIDIA NIM™ sono pronti per la produzione, ottimizzati e componibili con FQ2BAM per l'allineamento e con DeepVariant per la chiamata universale delle varianti.
I data scientist e gli sviluppatori possono accedere ai più recenti progressi dell'IA generativa con le API standard di settore che semplificano la creazione e la distribuzione di applicazioni native cloud.
Riduci le analisi che richiedono tempo. Per quanto riguarda l'allineamento, quello conforme agli standard di settore e pronto per la produzione avviene in pochi minuti anziché in ore. Inoltre, è possibile ottimizzare le prestazioni della chiamata delle varianti da diverse piattaforme di sequenziamento.
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FAQ
NVIDIA Parabricks è una suite software accelerata da GPU per l'analisi genomica secondaria. Parabricks è compatibile con tutti i principali strumenti di sequenziamento e supporta diversi flussi di lavoro di bioinformatica.
Parabricks consente di aumentare la velocità, ridurre i costi e incrementare l'accuratezza dell'analisi genomica secondaria.
- Aumentare la velocità: scopri l'analisi del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) 135 volte più veloce rispetto alle soluzioni basate solo su CPU.
- Ridurre i costi: riduci i costi di calcolo fino al 50% per il WGS rispetto alle soluzioni basate solo su CPU.
- Migliorare l'accuratezza: distribuisci il deep learning ad alta precisione per tutti i principali sequenziatori.
- Garantire la trasparenza: riproduci i risultati mediante strumenti open source affidabili.
Parabricks è disponibile come container pubblico su NVIDIA NGC™ per l'uso in locale o su qualsiasi piattaforma o provider di servizi cloud.
Per i clienti che hanno bisogno di supporto per Parabricks nei flussi di lavoro clinici, nei progetti di sequenziamento di grandi dimensioni, nelle piattaforme ad alto throughput o in altri flussi di lavoro che richiedono assistenza immediata, NVIDIA offre NVIDIA AI Enterprise.
È possibile eseguire Parabricks presso fornitori di cloud pubblico, piattaforme e partner e in locale.
- Fornitori di cloud pubblico: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud e Alibaba Cloud
- Piattaforme e partner: DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio e Lifebit
- In locale: sistemi NVIDIA DGX™, server certificati NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos e Supermicro
Parabricks offre la stessa accuratezza degli strumenti open source, di cui potrai fare a meno e ottenere gli stessi risultati con Parabricks. Ma Parabricks accelera anche questi strumenti in modo da poter eseguire le analisi ancora più velocemente. La seguente tabella riporta gli ultimi benchmark della velocità.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
Gli ultimi benchmark sulle principali GPU NVIDIA per il supporto più recente, la velocità più elevata e il costo per campione più basso.
I tempi di esecuzione sono riportati in minuti.
Parabricks è disponibile come immagine docker e può essere eseguita in locale o in qualsiasi ambiente cloud in cui sono disponibili le GPU NVIDIA. Dal momento che Parabricks offre risultati analoghi ai comuni strumenti open source, può essere utilizzata come sostituto immediato per accelerare le parti chiave dei flussi di lavoro esistenti. È inoltre completamente configurabile, consentendo agli utenti di scegliere quali passaggi e impostazioni dei parametri eseguire ed è compatibile con i principali gestori dei flussi di lavoro come NextFlow e Cromwell.
Contattaci con le tue domande e consulta il forum per sviluppatori per le ultime discussioni su Parabricks.