La précision, la qualité et la couverture des génomes constituent la pierre angulaire de la technologie de séquençage à lecture longue de PacBio. Cela se manifeste à travers son séquençage à lecture longue haute fidélité (HiFi), un outil puissant utilisé pour étudier de grandes caractéristiques génomiques ou transcriptomiques au niveau d'une seule molécule d'ADN ou d'ARN. Le processus d'appel des bases est un aspect essentiel de la génération de données à lecture longue. Ce processus est crucial pour déterminer les séquences de nucléotides de longues molécules d'ADN complexes. Cependant, ceci nécessite des ressources informatiques considérables, étant donné la nécessité de générer une séquence de consensus pour chaque molécule, et d'exécuter ensuite ce processus pour des millions de molécules.
Le séquenceur à lecture longue Sequel IIe de PacBio a été conçu avec des calculs basés sur le CPU. Bien que fonctionnel, il a atteint un seuil de performance qui a limité son utilisation optimale et, par conséquent, son utilité pour les clients commerciaux. Pour remédier à cette limitation, PacBio a introduit le système Revio équipé de GPU NVIDIA A100. Cette avancée a permis une augmentation significative de la puissance de calcul avec le même nombre d'appareils. Grâce à cette transition vers les GPU NVIDIA, conjuguée à la technologie NVIDIA® CUDA® pour l'optimisation du code, PacBio a pu accélérer l'appel de base, ce qui a permis d'augmenter le débit et l'efficacité du processus de séquençage.
Ces technologies ont également permis d'accélérer considérablement le séquençage par consensus circulaire (CCS) sur le système Revio. Le séquençage répété de molécules d'ADN circularisées pour générer des lectures à haute précision nécessitait une puissance de traitement et un temps considérables, ce qui limitait globalement le débit et l'efficacité du séquenceur. Grâce à Revio et aux GPU de NVIDIA, PacBio a pu réduire la durée du processus de CCS en passant de plus de 15 heures à 2,5 heures, ce qui se traduit par un gain de temps, une meilleure productivité et une viabilité commerciale accrue du séquençage de Revio pour les clients.