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Analisi accelerata del sequenziamento del genoma

Scopri il sequenziamento di DNA e RNA ad alta produttività e ad alta precisione con l'analisi accelerata da GPU.

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NVIDIA Clara^™ Parabricks®, l'unico toolkit di genomica computazionale accelerato da GPU, che offre analisi rapide e accurate per centri di sequenziamento, team clinici, ricercatori di genomica e sviluppatori di strumenti di sequenziamento di nuova generazione.

Vedi il documento: Scheda prodotto Parabricks (PDF 304 kB)

Accelera le applicazioni con strumenti all'avanguardia.

Usa strumenti accelerati per l'analisi germinale, somatica e RNA gold-standard.

Prestazioni fino a 80 volte più veloci

Accelera fino a 80 volte le prestazioni rispetto alle soluzioni basate solo su CPU, riducendo i costi di calcolo fino al 50%.

Migliora la precisione nell'analisi del sequenziamento.

Porta la potenza del deep learning nell'analisi genomica con Clara Parabricks e le GPU.

Sfrutta i flussi di lavoro flessibili.

Crea flussi di lavoro personalizzati configurando gli strumenti in Workflow Description Language (WDL) e NextFlow.

Accelera l'intero ciclo di analisi genomica

Usa strumenti gold-standard

Clara Parabricks fornisce versioni accelerate da GPU degli strumenti utilizzati ogni giorno da biologi computazionali e bioinformatici, consentendo runtime significativamente più veloci, scalabilità del flusso di lavoro e costi di calcolo più bassi.

Il toolkit include la piena compatibilità con i linguaggi e i gestori dei flussi di lavoro (WDL, NextFlow, Cromwell) per collegare facilmente le attività basate su GPU e CPU, nonché il supporto per una distribuzione cloud semplice (AWS, GCP, Terra e DNAnexus).

Da FASTQ a Binary Alignment Map (BAM) a VCF

Scopri prestazioni senza pari

Da FastQ a VCF (Variant Call Format), Clara Parabricks accelera i runtime in una serie di configurazioni hardware con GPU NVIDIA A100 Tensor Core. I ricercatori genomici possono sperimentare l'accelerazione in ogni fase dei flussi di lavoro di analisi, dall'allineamento all'ordinamento fino alle chiamate di varianti. Quando si utilizzano più GPU, si osserva una scalabilità quasi lineare nei tempi di elaborazione rispetto ai sistemi basati solo su CPU, consentendo un'accelerazione di oltre 80 volte.

Analizzare un intero genoma umano con una copertura 30 volte superiore in meno di 30 minuti

I runtime NVIDIA sono stati ottenuti su un sistema NVIDIA DGX™ A100 da 320 GB. Tutte le analisi sono state eseguite su HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) in sequenza fino a una copertura di 30 volte, con chiamate variante effettuate con GATKv4.1.0 HaplotypeCaller.

Inizia subito con NVIDIA Clara Parabricks.

Trova il percorso giusto per te.

Ricerca

NVIDIA Clara Parabricks è disponibile come set di container e modelli pre-addestrati da NVIDIA NGC. Scarica NVIDIA Clara Parabricks e consulta la documentazione e i flussi di lavoro per iniziare.

Enterprise

Usa NVIDIA Clara Parabricks con il software NVIDIA AI Enterprise per ottenere l'accesso completo al supporto aziendale che offre tempi di risposta garantiti, avvisi di sicurezza in anteprima e l’accesso agli esperti di NVIDIA AI. Per saperne di più, contatta il reparto commerciale.

Scopri di più

Distribuisci in locale, nel cloud e sui sistemi periferici

Crea in locale.

Eseguito su un nodo NVIDIA DGX™ A100, Clara Parabricks analizza fino a 25.000 genomi interi all'anno (30 volte la copertura) con le best practice del Genomic Analysis Toolkit (GATK) con scalabilità della produttività lineare oltre la singola DGX A100.

Scopri di più su DGX A100

Leggi il white paper su Parabricks DGX

Distribuisci nel cloud

Nel cloud, il tempo è denaro. Scegli tra una gamma di istanze GPU in grado di analizzare i genomi in pochi minuti. Per una distribuzione semplificata, diversi fornitori cloud ospitano Clara Parabricks come immagine pronta all'uso.

Esplora AWS Marketplace

Esplora Google Cloud Platform (GCP)

Esplora Terra

Porta l'IA sui sistemi periferici

Collaboriamo con i produttori di strumenti genomici per consentire la creazione di sequenziatori di DNA software-defined e basati su IA, per la trascrizione spaziale e altri dispositivi analoghi, migliorando l'accuratezza e abilitando l'analisi in tempo reale sui sistemi periferici.

Contatta il team NVIDIA Genomics per saperne di più

Accelera il tuo percorso verso l'IA con NVIDIA LaunchPad

Ottieni l'accesso immediato alle soluzioni aziendali NVIDIA con un laboratorio pratico su Clara Parabricks per l'analisi genomica accelerata.

Inizia

Un impatto reale

Analisi scalabile
in sequenziatori e dispositivi
per una ricerca all'avanguardia

NVIDIA collabora con i ricercatori del Broad Institute

The Broad Institute

NVIDIA collabora con Broad per portare Parabricks accelerato da GPU nella piattaforma Terra, oltre a ottimizzare i flussi di lavoro accelerati da IA e grandi modelli linguistici per avanzare nella ricerca.

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La National Biobank of Thailand accelera la ricerca genomica

National Biobank of Thailand (NBT)

La NBT è stata in grado di ridurre i tempi di elaborazione dei dati di sequenziamento dell'intero genoma di 4 mesi e i relativi tempi di lavoro per singolo utente da oltre 30 ore a solo 1–2 ore con NVIDIA DGX A100 e Clara Parabricks.

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Translational Genomics Research Institute (TGen)

The Human Genome Center (HGC)

L'HGC dell'Università di Tokyo ha annunciato una nuova piattaforma genomica per accelerare l'analisi genomica di 40 volte rispetto a un ambiente basato su CPU, utilizzando il software genomico NVIDIA Clara Parabricks Pipelines.

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Dimostrare la potenza delle GPU nello spazio genomico

Centro di genetica Regeneron

Regeneron utilizza DeepVariant con Clara Parabricks per generare dati scalabili e di alta qualità che possono essere riprodotti in tutta la comunità genomica.

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Ultima

Ultima Genomics collabora con NVIDIA per fornire un sequenziamento del genoma sostenibile con IA e computing accelerato.

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Singular

Singular Genomics collabora con NVIDIA per offrire velocità di analisi e sequenziamento leader di mercato di nuova generazione.

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Oxford Nanopore

Oxford Nanopore sta potenziando la propria torre di calcolo PromethION, passando dalle GPU NVIDIA V100 Tensor Core alle GPU A100. Questo aumento di potenza consentirà di soddisfare le crescenti esigenze di altissima precisione e di espandere notevolmente la capacità di algoritmi super accurati.

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Immagine di: Steve Fisch, gentilmente concessa dalla Stanford University.

Guinness World Record

Un team di ricercatori ha ottenuto un nuovo record di sequenziamento del DNA, cinque ore e due minuti, che consentirà ai medici di prelevare sangue da un paziente critico e raggiungere una diagnosi di malattia genetica lo stesso giorno.

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Sequenziamento del genoma con nanopori ultrarapido nei trattamenti critici

Stanford University, Google e Oxford Nanopore

La Stanford ha dimostrato un'enorme riduzione del runtime integrando l'implementazione accelerata da GPU di DeepVariant disponibile con NVIDIA Clara Parabricks.

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Framework di calcolo accelerato da GPU per la variante genomica patogena

Purdue University

I ricercatori di Purdue hanno completato uno studio che valuta le prestazioni e l'accuratezza di un framework di calcolo accelerato da GPU per l'identificazione delle varianti genomiche patogene.

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Contatta il team di genomica

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