NVIDIA Clara Parabricks

Analisi avanzata delle sequenze di genoma

Dall'DNA all'RNA, NVIDIA Clara Parabricks offre una potente accelerazione per analisi di dati genomici di tipo primario, secondario e terziario, grazie a un software pronto all'uso progettato per laboratori ad alta produttività e utilizzabile in sede o su cloud. Lo stack tecnologico su cui si basata garantisce agli sviluppatori la possibilità di creare potenti strumenti di calcolo per la genomica.

Accelerare l'analisi del genoma

  • Per laboratori ad alta produttività
  • Per sviluppatori
Clara Parabricks Pipelines

Clara Parabricks Pipelines

Basato sul toolkit per l'analisi del genoma del Broad Institute (GATK), NVIDIA Clara Parabricks Pipelines è una suite software pronta all'uso accelerata da GPU per:

le mutazioni germinali del DNA nello studio genomico della popolazione
le mutazioni somatiche del DNA nello studio genomico dei tumori
progetti di sequenziamento di RNA dall'intero trascrittoma all'analisi della singola cella
DeepVariant di Google che consente la chiamata delle varianti utilizzando una rete neurale profonda

Ottimizzata per velocità, precisione e scalabilità, la suite Clara Parabricks Pipelines supporta le best practice di GATK4.1 ed è completamente configurabile, consentendo agli utenti di scegliere

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Produttività e prestazioni senza precedenti per l'analisi di tipo secondario

Eseguita su GPU NVIDIA A100 Tensor Core, la suite Clara Parabricks Pipelines offre prestazioni senza precedenti riducendo i tempi di analisi delle mutazioni germinali del DNA di 23 minuti. Con l'accelerazione della GPU, gli utenti possono inoltre beneficiare della riduzione dei costi del cloud computing fino al 50% rispetto alle soluzioni con sola CPU.

CONFRONTO DI PRESTAZIONI

Prestazioni di analisi secondaria completa delle linee germinali

Perché usare Clara Parabricks Pipelines

Inizio semplificato

Inizio semplificato

Clara Parabricks Pipelines può essere configurato in 10 minuti. Usa questa video guida dettagliata per iniziare subito a eseguire analisi ad alta produttività per progetti di sequenziamento di DNA ed RNA.

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Diagnosi veloce. Risultati migliori con trattamenti migliori.

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Clara Parabricks Pipelines restituisce più rapidamente i risultati rispetto alle soluzioni non accelerate da GPU. Scopri come TGEN utilizza le analisi che generano risultati nello stesso giorno per studiare l'intera sequenza del genoma di cellule sane e cellule malate e stabilire la terapia più efficace e personalizzata per ciascun paziente.

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Dati genomici più affidabili

Eseguita nel cloud o in locale, Clara Parabricks Pipelines aiuta i ricercatori a comprendere meglio e più velocemente le pandemie virali come il COVID-19, dall'evoluzione del virus alla risposta dell'uomo, fino alla suscettibilità delle popolazioni. Guarda per scoprire come.

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Strutture che usano Clara Parabricks Pipelines

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Supporto per Clara Parabricks

I servizi di supporto Parabricks Pipelines forniscono un modo semplice e affidabile per migliorare la produttività e ridurre i tempi di inattività dei sistemi di analisi della produzione. I servizi di supporto NVIDIA per Parabricks includono:

  • Comunicazione diretta con esperti tecnici e di dominio NVIDIA
  • Guida all'installazione e all'utilizzo di Parabricks Pipelines
  • Risposta e risoluzione rapide dei problemi (i casi sono accettati per il supporto remoto 24 ore su 24, 7 giorni su 7)
  • Accesso a tutti gli aggiornamenti software, i rilasci di manutenzione, le correzioni di bug e le patch di sicurezza
  • Aiuto con le soluzioni transitorie per bug confermati

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Clara Parabricks Toolkit

Clara Parabricks Toolkit

Una raccolta di librerie accelerate da GPU, applicazioni di riferimento e applicazioni open-source, NVIDIA Clara Parabricks Toolkit è stato creato per gli sviluppatori e consente di creare flussi di lavoro assistiti da IA per l'analisi del genoma. Con il toolkit, è possibile ottimizzare mappature, allineamento e pulizia di nuove sequenze di genoma e migliorare la risoluzione dell'epigenomica delle singole cellule.

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Novità

Nuove funzionalità. Velocità accelerata.

Con l'ultima versione di NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 3.0, gli utenti possono beneficiare di un aumento delle prestazioni del 30%, accedere a nuovi flussi di analisi dell'RNA e avviare la suite software nel cloud sulla piattaforma DNAnexus.

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Il supercomputer Artemis nello studio genomico della popolazione e nella lotta al COVID-19

Basato su NVIDIA DGX e NVIDIA Clara Parabricks, il supercomputer Artemis viene utilizzato per studiare i genomi dei cittadini di Abu Dhabi e migliorare la sanità nell'intero paese.

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