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Análisis acelerado de secuenciación del genoma

Experimenta la secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento y alta precisión con análisis acelerados por GPU.

Descargar

NVIDIA Clara^™ Parabricks® es el único kit de herramientas de genómica computacional acelerado por GPU, que ofrece un análisis rápido y preciso para centros de secuenciación, equipos clínicos, investigadores de genómica y desarrolladores de instrumentos de secuenciación de última generación.

Ver documento: hoja del producto de Parabricks (PDF 304 kB)

Acelera las aplicaciones con las mejores herramientas de su clase.

Utiliza herramientas aceleradas para el análisis de la línea germinal, somático y ARN estándar de referencia a gran velocidad.

Consigue un rendimiento hasta 80 veces más rápido.

Experimenta aceleraciones hasta 80 veces más rápido que las soluciones solo de CPU, lo que reduce los costes informáticos hasta en un 50 %.

Mejora la precisión en el análisis de secuenciación.

Lleva la potencia del deep learning a tu análisis genómico con Clara Parabricks y las GPU.

Aprovecha los flujos de trabajo flexibles.

Crea flujos de trabajo personalizados configurando herramientas en Lenguaje de descripción de flujo de trabajo (WDL) y NextFlow.

Acelera el análisis genómico de extremo a extremo.

Utiliza herramientas estándar de referencia.

Clara Parabricks proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas utilizadas todos los días por biólogos computacionales y bioinformáticos, lo que permite tiempos de ejecución significativamente más rápidos, escalabilidad del flujo de trabajo y menores costes informáticos.

Esto incluye la compatibilidad total con los lenguajes de flujo de trabajo y los responsables (WDL, NextFlow, Cromwell) para entrelazar fácilmente tareas con tecnología GPU y CPU, así como compatibilidad para una implementación sencilla en la nube (AWS, GCP, Terra y DNAnexus).

De FASTQ al Mapa de alineación binaria (BAM) y VCF

Experimenta un rendimiento sin igual.

De FASTQ a Formato de llamada variante (VCF), Clara Parabricks acelera los tiempos de ejecución en una serie de configuraciones de hardware con GPU NVIDIA A100 Tensor Core. Los investigadores del genoma pueden experimentar la aceleración en cada paso de sus flujos de trabajo de análisis, desde la alineación hasta la clasificación y la llamada de variantes. Cuando se utilizan más GPU, se observa un escalado casi lineal en los tiempos de cálculo en comparación con los sistemas basados solamente en CPU, lo que permite una aceleración más de 80 veces superior.

Analizar todo un genoma humano con una cobertura 30 veces superior en menos de 30 minutos

Los tiempos de ejecución de NVIDIA se lograron con un sistema NVIDIA DGX™ A100 de 320 GB. Todos los análisis se realizaron en HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) secuenciado a una cobertura 30 veces superior y las llamadas de variantes se realizaron usando HaplotypeCaller GATK v4.1.0.

Empieza a trabajar con NVIDIA Clara Parabricks.

Encuentra la ruta adecuada para ti

Investigación

NVIDIA Clara Parabricks está disponible como un conjunto de contenedores y modelos preentrenados de NVIDIA NGC. Descarga NVIDIA Clara Parabricks y consulta la documentación y los flujos de trabajo para ayudarte a empezar.

Enterprise

Utiliza NVIDIA Clara Parabricks con el software NVIDIA AI Enterprise para obtener acceso completo al soporte empresarial que proporciona tiempos de respuesta garantizados, notificaciones de seguridad prioritaria y expertos en IA de NVIDIA. Para obtener más información, ponte en contacto con el departamento de ventas.

Más información

Implementa en las instalaciones, en la nube y en el perímetro.

Crea en las instalaciones.

Al ejecutarse en un NVIDIA DGX™ A100, Clara Parabricks analiza hasta 25 000 genomas completos al año (una cobertura 30 veces mayor) con las prácticas recomendadas de Genomic Analysis Toolkit (GATK), con un escalado de rendimiento lineal más allá de un solo DGX A100.

Más información sobre DGX A100

Leer el informe técnico de Parabricks DGX

Implementa en la nube.

En la nube, el tiempo es dinero. Elige entre una gama de instancias de GPU capaces de analizar genomas en cuestión de minutos. Para facilitar la implementación, varios proveedores de nube alojan Clara Parabricks como una imagen lista para usar para su uso inmediato.

Explorar AWS Marketplace

Explorar Google Cloud Platform (GCP)

Explorar Terra

Lleva la IA al perímetro.

Colaboramos con los fabricantes de instrumentos de genómica para permitir la creación de secuenciadores de ADN definidos por software y habilitados por IA, transcriptómica espacial y otros dispositivos de disciplinas acabadas en “-ómica”, lo que mejora la precisión y permite el análisis en tiempo real en el perímetro.

Ponte en contacto con el equipo de genómica de NVIDIA para obtener más información

Acelerar tu transición a la IA con NVIDIA LaunchPad

Obtén acceso inmediato a las soluciones empresariales de NVIDIA con un laboratorio práctico gratuito sobre Clara Parabricks para el análisis genómico acelerado.

Empezar

Genera un impacto en el mundo real.

Análisis a escala
En secuenciadores y dispositivos
Para la investigación de vanguardia

El Broad Institute

NVIDIA está colaborando con Broad para llevar Parabricks acelerado por GPU a la plataforma Terra, además de optimizar los flujos de trabajo acelerados por IA y los modelos de lenguaje de gran tamaño para avanzar en el descubrimiento.

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El National Biobank of Thailand acelera los descubrimientos genómicos

National Biobank of Thailand (NBT)

NBT ha reducido su procesamiento de datos de secuenciación del genoma completo en 4 meses y su tiempo de procesamiento de usuario individual, de más de 30 horas a tan solo 1-2 horas con NVIDIA DGX A100 y Clara Parabricks.

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Translational Genomics Research Institute (TGen)

The Human Genome Center (HGC)

HGC de la Universidad de Tokio anunció una nueva plataforma genómica para acelerar el análisis genómico por 40 en comparación con un entorno basado en CPU, que utiliza el software genómico de canalizaciones de NVIDIA Clara Parabricks Pipelines.

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Demostración de la potencia de las GPU en el espacio genómico

Centro de genética Regeneron

Regeneron está utilizando DeepVariant con Clara Parabricks para generar datos escalables y de alta calidad que se pueden reproducir en toda la comunidad genómica.

Ver seminario web

Ultima

Ultima Genomics está colaborando con NVIDIA para ofrecer una secuenciación del genoma de 100 $ con IA y computación acelerada.

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Singular

Singular Genomics colabora con NVIDIA para ofrecer velocidades de secuenciación y análisis líderes del mercado y de última generación.

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Dispositivo MinIT, con tecnología de NVIDIA AGX

Oxford Nanopore

Oxford Nanopore se está actualizando a su torre de cálculo PromethION, desde las GPU NVIDIA V100 Tensor Core a las GPU A100. Este aumento de la potencia de procesamiento te permitirá mantenerte al día con las llamadas base de alta precisión y ampliar en gran medida la capacidad de algoritmos super precisos.

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Récord mundial Guinness otorgado por la secuenciación de ADN más rápida

Imagen de: Steve Fisch, cortesía de la Universidad de Stanford.

Récord mundial de Guinness

Un equipo de investigadores ha logrado un nuevo registro de secuenciación del ADN (cinco horas y dos minutos), que permitirá a los médicos extraer sangre de un paciente de cuidados intensivos y alcanzar un diagnóstico de trastornos genéticos el mismo día.

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Secuenciación del genoma de nanoporos ultrarápida en cuidados intensivos

Universidad de Stanford, Google y Oxford Nanopore

Stanford ha demostrado enormes reducciones en el tiempo de ejecución al integrar la implementación acelerada por GPU de DeepVariant disponible con NVIDIA Clara Parabricks.

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Marco de computación acelerado por GPU para una variante genómica de patógenos

Universidad de Purdue

Los investigadores de Purdue han completado un estudio que evalúa el rendimiento y la precisión de un marco de computación acelerado por GPU para la identificación de variantes genómicas de patógenos.

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