Análisis de la secuenciación del genoma de extremo a extremo
Del ADN al ARN, NVIDIA Clara™ Parabricks ofrece una potente aceleración para el análisis primario, secundario y terciario de datos genómicos. Lo logra con un software completo, diseñado para laboratorios de alto rendimiento, en instalaciones locales o en la nube, y una pila tecnológica que ofrece a los desarrolladores la posibilidad de crear potentes herramientas informáticas para la genómica.
Basado en el kit de herramientas de análisis del genoma (GATK) de Broad Institute, NVIDIA Clara Parabricks Pipelines es un conjunto de software acelerado por GPU listo para funcionar para:
Variante de la línea germinal del ADN que trata de la genómica de poblaciones Variante somática del ADN que trata de la genómica del cáncer y la carga mutacional del tumor (TMB) Proyectos de secuenciación del ARN desde el transcriptoma completo hasta el análisis de una sola celda DeepVariant de Google que habilita el tratamiento de variantes utilizando una red neuronal profunda
Optimizado para velocidad, precisión y escalabilidad Clara Parabricks Pipelines puede ejecutar las prácticas recomendadas GATK4.1 y es totalmente configurable, lo que permite a los usuarios elegir
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Al ejecutarse en las GPU NVIDIA A100, Clara Parabricks Pipelines ofrece un rendimiento sin precedentes, lo que hace que los tiempos de análisis se redondeen a 23 minutos en el caso de la variante de la línea germinal del ADN. Con la aceleración por GPU, los usuarios también pueden beneficiarse de los costes de computación en la nube reducidos en hasta un 50 % en comparación con las soluciones solo para CPU.
Análisis secundario de extremo a extremo de la línea germinal
Los datos se generaron utilizando datos disponibles públicamente para NA 12878, que desaprobaba los datos a una cobertura 30 veces mayor. Durante los 23 minutos de duración, se utilizó DGX A100 con memoria 320G. Los números nativos de GATK4.1 se generaron utilizando 32 vCPU [Intel Xeon® Platinum de 3,1 GHz 8175M] con 128 Gb de RAM.
Clara Parabricks Pipelines se puede configurar en 10 minutos. Utiliza este vídeo de instrucciones paso a paso y empieza a realizar análisis de alto rendimiento para proyectos de secuenciación de ADN y ARN.
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Clara Parabricks Pipelines ofrece resultados más rápido que las soluciones no aceleradas por GPU. Comprueba cómo TGEN utiliza los resultados obtenidos el mismo día para investigar la secuencia completa del genoma de células sanas y enfermas, y así determinar la terapia más efectiva, personalizada para cada paciente.
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Ya se ejecute en la nube o en el entorno local, Clara Parabricks Pipelines puede ayudar a los investigadores a comprender mejor pandemias virales como la COVID-19, incluida la evolución viral, la respuesta humana o la susceptibilidad humana. Descubre cómo.
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Los servicios de soporte de Parabricks Pipelines te proporcionan una forma fácil y fiable de mejorar la productividad y reducir el tiempo de inactividad del sistema para tus sistemas de análisis de producción. Los servicios de soporte de NVIDIA para Parabricks incluyen:
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El conjunto de herramientas Clara Parabricks de NVIDIA, que incluye bibliotecas perimetrales, aplicaciones de referencia y aplicaciones de código abierto aceleradas por GPU, se ha creado para que los desarrolladores puedan crear flujos de trabajo asistidos por IA para el análisis del genoma. El conjunto de herramientas permite optimizar el mapeado, la alineación y el pulido de montajes de genoma de novo, y mejorar la resolución de la epigenómica de una sola célula.
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Con la última versión de NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 3.0, los usuarios pueden beneficiarse de un aumento de rendimiento del 30 %, acceder a una nueva canalización de análisis de ARN e iniciar el paquete de software en la nube desde la plataforma DNAnexus.
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El superordenador Artemis, que cuenta con tecnología NVIDIA DGX™ y NVIDIA Clara Parabricks, se está utilizando para comprender mejor el genoma de los ciudadanos de Abu Dabi y mejorar el sistema sanitario del país.
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