Análisis acelerado de secuenciación del genoma completo

Experimenta la secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento y alta precisión con NVIDIA Clara Parabricks.

Potencia un análisis genómico más rápido y preciso con NVIDIA Clara™ Parabricks®. Un marco de aplicación de genómica computacional acelerada en la GPU ofrece un análisis preciso y acelerado de datos de secuenciación de próxima generación (NGS) para investigadores, equipos de médicos, así como centros médicos y de secuenciación para proyectos de secuenciación de cáncer, estudios de población, secuenciación ARN y muchas otras aplicaciones.

Ver documento: Hoja del producto de Parabricks (PDF 304 kB)
Alto rendimiento

Alto rendimiento

Procesa hasta 60 genomas completos por día en un solo servidor.

Mejor precisión

Mejor precisión

No hay necesidad de sacrificar la precisión para reducir el tiempo de respuesta. Hay disponible un conjunto de llamadores somáticos y de línea germinal.

Canalizaciones flexibles

Canalizaciones flexibles

Crea canalizaciones personalizadas y aceleradas configurando más de 50 herramientas para cualquier necesidad específica de canalización o aplicación.

De 30 a 60 veces más rápido

De 30 a 60 veces más rápido

Reduce los costes informáticos hasta en un 50 por ciento ejecutándolas de 30 a 60 veces más rápido que las soluciones solo de CPU.

Aplicaciones aceleradas para la genómica

Desde FASTQ hasta el Mapa de alineación binaria (BAM) y el Formato de llamada variante (VCF), Clara Parabricks acelera el análisis genómico para flujos de trabajo somáticos, de línea germinal y variantes estructurales. También mejora las velocidades del secuenciador y la precisión de las llamadas de base de lectura de consenso con un conjunto de más de 50 herramientas.

Secuenciación del cáncer

Acelera los flujos de trabajo de secuenciación del cáncer hasta 40 veces con cinco llamadores somáticos, soporte para paneles génicos y una mayor precisión al usar códigos de barras moleculares o índices moleculares únicos.

Secuenciación del genoma completo

Acelera el análisis del genoma completo hasta 60 veces con una variedad de herramientas para simplificar los flujos de trabajo de extremo a extremo, incluidos los polimorfismos de nucleótido único (SNP), las inserciones y eliminaciones (indel) y la llamada de variantes estructurales.

Secuenciación del exoma

Analiza exomas en menos de cinco minutos con una llamada de variantes de alta precisión y un conjunto completo de llamadores somáticos y de línea germinal.

Secuenciación de ARN

Accede a un conjunto de herramientas para acelerar la secuenciación de ARN, desde la alineación con detección de fusión hasta la cuantificación de la expresión génica.

De FASTQ al Mapa de alineación binaria (BAM) y VCF

Rendimiento y precisión sin igual

Acelerar análisis de variantes de línea germinal

De FASTQ a VCF, Clara Parabricks acelera los tiempos de ejecución en una serie de configuraciones de hardware con GPU NVIDIA A100 Tensor Core. Los investigadores del genoma pueden experimentar la aceleración en cada paso de sus flujos de trabajo de análisis, desde la alineación hasta la clasificación y la llamada de variantes. Cuando se utilizan más GPU, se observa un escalado casi lineal en los tiempos de cálculo en comparación con los sistemas basados solamente en CPU, lo que permite una aceleración más de 80 veces superior.

Analizar todo un genoma humano con una cobertura 30 veces superior en menos de 30 minutos

Los tiempos de ejecución de NVIDIA se lograron con un sistema NVIDIA DGX™ A100 de 320 GB. Todos los análisis se realizaron en HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) secuenciado a una cobertura 30 veces superior y las llamadas de variantes se realizaron usando HaplotypeCaller GATK v4.1.0.

Maximizar la precisión de las llamadas de la línea germinal

Con Clara Parabricks, se pueden ejecutar simultáneamente varios llamadores de línea germinal para mejorar la precisión y, así, minimizar llamadas falsas positivas o falsas negativas. Como se muestra en este gráfico de barras, al ejecutar tanto DeepVariant como HaplotypeCaller, DeepVariant fue capaz de detectar aproximadamente 5000 variantes que HaplotypeCaller pasó por alto.

Maximizar la precisión de las llamadas de la línea germinal

La referencia más utilizada para la detección de la línea germinal es HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST), secuenciada a una cobertura 30 veces superior. Los datos se ejecutaron en GPU g4dn.12x grandes en AWS.

Acelerar el análisis de la mutación somática

Clara Parabricks acelera el tiempo de ejecución de cuatro llamadores somáticos, lo que resulta en una velocidad hasta 66 veces superior en comparación con una CPU. Con Mutect2 y Muse, el análisis completo del genoma humano se puede reducir de más de 30 horas a menos de una hora. Un total de cinco llamadores somáticos forman parte de la suite de software Parabricks.

Acelerar la secuenciación del cáncer hasta 66 veces

Los tiempos de ejecución para medir el rendimiento se consiguieron, en el caso de la medición para la CPU básica, utilizando 32vcpu con un nodo de 128 GB, mientras que las instancias de Parabricks utilizaron 8 GPU NVIDIA V100 Tensor Core con un nodo de 488 GB. La cantidad de datos utilizada fue 50 veces mayor que la del estudio SEQC-II, mientras que las métricas de LoFreq utilizaron un conjunto de datos 30 veces mayor.

Mejorar la visibilidad y la precisión de las llamadas somáticas

Clara Parabricks te permite aprovechar las fortalezas de varios llamadores a la vez para mejorar la precisión y extraer más información de tus datos. Se puede utilizar un conjunto de cinco llamadores somáticos (MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 y Somatic Sniper) para la detección completa de mutaciones. Ejecútalos individualmente o juntos para descubrir más variantes a velocidades más rápidas con resultados fiables.

Mejorar la visibilidad y la precisión de las llamadas somáticas

Datos de las regiones de alta confianza del estudio Sequencing Quality Control Phase (SEQC-II) que muestran las variantes somáticas de cinco llamadores diferentes. Los datos se ejecutaron en GPU g4dn.12x grandes en AWS.

Secuenciación de próxima generación en las instalaciones locales o en la nube

La ejecución de NVIDIA Clara Parabricks requiere un mínimo de dos GPU. Las licencias locales son suscripciones anuales por GPU, que incluyen acceso completo a todas las canalizaciones de la suite de software NVIDIA Clara Parabricks.

NVIDIA DGX A100

Soluciones de análisis genómico en las instalaciones locales

Al ejecutarse en NVIDIA DGX™ A100, Clara Parabricks analiza hasta 25◙000 genomas completos por año (una cobertura 30 veces superior) con Genomic Analysis Toolkit (GATK) de Broad Institute. El rendimiento escala linealmente más allá de un solo DGX A100.

Más información sobre DGX A100

Análisis genómico en la nube

En la nube, el tiempo es dinero. Elige entre una gama de instancias de GPU capaces de analizar genomas en cuestión de minutos. Para facilitar la implementación en AWS, Clara Parabricks está disponible en una imagen de máquina de Amazon (AMI) para su uso inmediato.

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AWS Marketplace: canalizaciones de NVIDIA Clara Parabricks

Cómo Clara Parabicks tiene impacto en el mundo real

DeepVariant con Clara Parabricks

Centro de genética Regeneron

Aprende cómo Regeneron está utilizando DeepVariant con Clara Parabricks para generar datos escalables y de alta calidad que se pueden reproducir en toda la comunidad genómica.

Ver seminario web
NVIDIA DGX A100 y Clara Parabricks

National Biobank of Thailand (NBT)

NBT ha reducido su procesamiento de datos de secuenciación del genoma completo en 4 meses y su tiempo de procesamiento de usuario individual, de más de 30 horas a tan solo 1-2 horas con NVIDIA DGX A100 y Clara Parabricks.

Leer el artículo
GPU NVIDIA V100 Tensor Core

Translational Genomics Research Institute (TGen)

Con las GPU NVIDIA Clara Parabricks y NVIDIA V100 Tensor Core, TGen aceleró el análisis de secuenciación genómica por 6 para ayudar a determinar tratamientos personalizados para niños con trastornos neurológicos raros.

Leer el caso de éxito
NVIDIA Clara Parabricks

Universidad Washington en Saint Louis (WUSTL)

La integración de pasos basados en GPU con NVIDIA Clara Parabricks permitió a Tychele Turner de WUSTL reducir drásticamente el tiempo de ejecución para las llamadas variantes de novo.

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Recursos

  • Soporte para empresas
  • Documentación

Los servicios de soporte de canalizaciones de Parabricks te proporcionan una manera sencilla y fiable de mejorar la productividad y reducir el tiempo de inactividad de tus sistemas de producción. Los servicios de soporte de NVIDIA para Parabricks incluyen:

  • Comunicación directa con los expertos técnicos y de dominio de NVIDIA
  • Ayuda con la instalación y el uso de las canalizaciones de Parabricks
  • Respuesta rápida y resolución oportuna de problemas (se aceptan casos para soporte remoto 24/7)
  • Acceso a todas las actualizaciones de software, versiones de mantenimiento, correcciones de errores y parches de seguridad
  • Ayuda con soluciones temporales para errores confirmados

Empieza hoy mismo

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Contacto parabricks-eval-support@nvidia.com

Indicaciones generales

Clara Parabricks se puede configurar en solo 10 minutos con una prueba gratuita de 90 días. Mira un breve vídeo para obtener un tutorial paso a paso u obtén más información sobre el conjunto de software y las herramientas disponibles en la documentación técnica de Parabricks.

Comienza una prueba gratuita de 90 días de NVIDIA Clara Parabricks hoy mismo o ponte en contacto con nuestro equipo de ventas para obtener un presupuesto.

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