Análisis de la secuenciación del genoma de extremo a extremo
Del ADN al ARN, NVIDIA Clara™ Parabricks ofrece una potente aceleración para el análisis primario, secundario y terciario de datos genómicos. Lo logra con un software completo, diseñado para laboratorios de alto rendimiento, en instalaciones locales o en la nube, y una pila tecnológica que ofrece a los desarrolladores la posibilidad de crear potentes herramientas informáticas para la genómica.
Clara Parabricks Pipelines, basado en el Genome Analysis Toolkit (GATK) del Broad Institute, es un paquete de software listo para funcionar y acelerado por GPU para la determinación de variantes de línea germinal del ADN para genética de poblaciones, la determinación de variantes somáticas del ADN para genética del cáncer, y proyectos de secuenciación de ARN, desde transcriptomas completos hasta el análisis de una sola célula.
Clara Parabricks Pipelines está optimizado para ofrecer la mayor velocidad, precisión y escalabilidad, y puede ejecutar las prácticas recomendadas GATK 4.1. Es totalmente configurable, lo que permite a los usuarios elegir los pasos, la configuración de parámetros y las versiones de la canalización que se ejecutan.
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Sobre GPU NVIDIA A100 Tensor Core, Clara Parabricks Pipelines ofrece un rendimiento sin precedentes que reduce a 20 minutos el tiempo para determinar una variante de línea germinal del ADN. Con la aceleración de GPU, los usuarios también se benefician de un menor coste de computación en la nube, con una reducción de hasta el 50 % en comparación con las soluciones que utilizan únicamente la CPU.
Rendimiento de GPU frente a solo CPU
Rendimiento de análisis secundario de extremo a extremo de la línea germinal
Clara Parabricks Pipelines se puede configurar en 10 minutos. Utiliza este vídeo de instrucciones paso a paso y empieza a realizar análisis de alto rendimiento para proyectos de secuenciación de ADN y ARN.
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Clara Parabricks Pipelines ofrece resultados más rápido que las soluciones no aceleradas por GPU. Comprueba cómo TGEN utiliza los resultados obtenidos el mismo día para investigar la secuencia completa del genoma de células sanas y enfermas, y así determinar la terapia más efectiva, personalizada para cada paciente.
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Ya se ejecute en la nube o en el entorno local, Clara Parabricks Pipelines puede ayudar a los investigadores a comprender mejor pandemias virales como la COVID-19, incluida la evolución viral, la respuesta humana o la susceptibilidad humana. Descubre cómo.
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El conjunto de herramientas Clara Parabricks de NVIDIA, que incluye bibliotecas perimetrales, aplicaciones de referencia y aplicaciones de código abierto aceleradas por GPU, se ha creado para que los desarrolladores puedan crear flujos de trabajo asistidos por IA para el análisis del genoma. El conjunto de herramientas permite optimizar el mapeado, la alineación y el pulido de montajes de genoma de novo, y mejorar la resolución de la epigenómica de una sola célula.
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Con la última versión de NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 3.0, los usuarios pueden beneficiarse de un aumento de rendimiento del 30 %, acceder a una nueva canalización de análisis de ARN e iniciar el paquete de software en la nube desde la plataforma DNAnexus.
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El superordenador Artemis, que cuenta con tecnología NVIDIA DGX™ y NVIDIA Clara Parabricks, se está utilizando para comprender mejor el genoma de los ciudadanos de Abu Dabi y mejorar el sistema sanitario del país.
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