Clara para genómica
El poder de una velocidad y precisión sin precedentes en la genómica de precisión con el conjunto de software NVIDIA Clara™ para genómica.
Soluciones rápidas, precisas y escalables para flujos de trabajo de bioinformática
NVIDIA Parabricks
Acelere el análisis de genómica
NVIDIA® Parabricks® es un conjunto de software escalable de genómica para análisis secundario que proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas de código abierto de confianza.
Al ser compatible con los principales instrumentos de secuenciación, investigadores, bioinformáticos y científicos de datos pueden utilizar Parabricks en diversos flujos de trabajo de bioinformática.
Parabricks aumenta la velocidad con tiempos de ejecución más rápidos y reduce los costes, a la vez que mejora la precisión y garantiza la transparencia. Como resultado, los investigadores pueden obtener información y realizar descubrimientos biológicos de forma más rápida.
Blueprints de NVIDIA AI
Implemente fácilmente soluciones de línea germinal y célula única
Los Blueprints de NVIDIA AI son ligeros y fácilmente implementables para análisis de línea germinal y célula única.
Los Blueprints de AI están diseñados para bioinformáticos y proveedores de plataformas de genómica y permiten a los usuarios implementar y probar fácilmente NVIDIA Parabricks y NVIDIA RAPIDS™ (incluida la tecnología RAPIDS de célula única desarrollada por scverse) sin necesidad de GPU ni provisiones en la nube.
Al evaluar y ampliar fácilmente el acceso a las bibliotecas de genómica acelerada, los investigadores pueden avanzar en la comprensión de la genómica al ponerse en marcha más rápido.
Microservicios NVIDIA NIM
Optimice la alineación y la llamada de variantes
Los microservicios NVIDIA NIM™ son microservicios preparados para producción, optimizados y componibles con FQ2BAM para la alineación y DeepVariant para la llamada universal de variantes.
Los científicos y desarrolladores de datos pueden obtener acceso a los últimos avances en IA generativa con API estándar del sector que facilitan la creación y la implementación de aplicaciones nativas de la nube.
Reduzca los largos análisis. Para la alineación, se realiza una alineación estándar del sector lista para la producción en minutos en lugar de horas. Optimice además el rendimiento de las llamadas de variantes desde diferentes plataformas de secuenciación.
Tecnologías adicionales
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Actualizaciones de productos
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Preguntas frecuentes
NVIDIA Parabricks es una suite de software acelerado por GPU para análisis genómico secundario. Parabricks es compatible con todos los principales instrumentos de secuenciación y admite diversos flujos de trabajo bioinformáticos.
Parabricks aumenta la velocidad, reduce el coste y aumenta la precisión del análisis genómico secundario.
- Mejore la precisión: implemente un deep learning de alta precisión para todos los secuenciadores principales.
- Aumente la velocidad: disfrute de un análisis 108 veces más rápido de la secuenciación del genoma completo (WGS) en comparación con las soluciones solo para CPU.
- Reduzca el coste: reduzca el coste informático hasta un 50 por ciento para WGS en comparación con las soluciones solo para CPU.
Sí, Parabricks iguala los resultados de las herramientas de código abierto, por lo que puede abandonar el resto de herramientas de código abierto y obtener exactamente los mismos resultados con Parabricks. Los análisis de referencia más recientes, de la versión 4.3.1, se pueden encontrar en la tabla siguiente.
Tiempo de rendimiento en minutos.
30 veces el genoma completo secuenciado para FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant y Haplotype Caller con datos de Illumina.
50 veces el genoma completo normal del tumor secuenciado para Mutect2 con datos de Illumina.
Parabricks está disponible como contenedor público en NVIDIA NGC™ para su uso en las instalaciones o en cualquier plataforma o proveedor de servicios en la nube.
Para los clientes que necesitan asistencia para Parabricks en flujos de trabajo clínicos, proyectos de secuenciación de gran tamaño, plataformas de alto rendimiento u otros flujos de trabajo que requieren asistencia inmediata, NVIDIA ofrece NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks se puede ejecutar en proveedores de nube pública, plataformas y partners, así como en las instalaciones.
- Proveedores de nube pública: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud, Alibaba Cloud
- Plataformas y socios: DNAnexus, AWS, AWS, Terra, Velsera, FormBio, Lifebit
- En las instalaciones: sistemas NVIDIA DGX, servidores certificados por NVIDIA, tecnologías Dell, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos, Supermicro
Requisitos de hardware
- Cualquier GPU NVIDIA que sea compatible con la arquitectura CUDA 70, 75, 80, 86, 89 o 90 y tenga al menos 16 gigabytes (GB) de RAM de GPU. NVIDIA Parabricks se ha probado en las siguientes GPU NVIDIA con núcleo Tensor:
- V100
- T4
- A10, A30, A40, A100, A6000
- L4, L40
- H100, Superchip H200
- Grace Hopper™
- La herramienta fq2bam requiere por defecto al menos 24 GB de memoria de la GPU; la opción de baja memoria reducirá esto a 16 GB de memoria de la GPU al coste de un procesamiento más lento. Todas las demás herramientas requieren por lo menos 16 GB de memoria de la GPU por GPU.
- Requisitos del sistema:
- un sistema de dos GPU debe tener por lo menos 100 GB de RAM de CPU y al menos 24 subprocesos de CPU.
- Un sistema de cuatro GPU debe tener por lo menos 196 GB de RAM de CPU y al menos 32 subprocesos de CPU.
- Un sistema de ocho GPU debe tener por lo menos 392 GB de RAM de CPU y al menos 48 subprocesos de CPU.
Requisitos de software
- Un controlador NVIDIA con la versión 525.60.13 o superior
- Cualquier sistema operativo Linux que admita nvidia-docker2, versión de Docker 20.10 (o superior)
- Mayor velocidad: GPU NVIDIA H100 con núcleo Tensor
- Coste más bajo por muestra: GPU NVIDIA L4 con núcleo Tensor
- Nuevo soporte: Superchip NVIDIA Grace Hopper
Parabricks es compatible con la mayoría de las GPU NVIDIA para empresas, incluidas las GPU A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 y V100 con núcleo Tensor.
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