Computación acelerada para el análisis genómico
Soluciones rápidas, precisas y escalables para flujos de trabajo de bioinformática
NVIDIA Parabricks
Acelere el análisis de genómica
NVIDIA® Parabricks® es un conjunto de software escalable de genómica para análisis secundario que proporciona versiones aceleradas por GPU de herramientas de código abierto de confianza.
Al ser compatible con los principales instrumentos de secuenciación, los investigadores, los bioinformáticos y los científicos de datos pueden utilizar Parabricks en diversos flujos de trabajo bioinformáticos.
Parabricks aumenta la velocidad con tiempos de ejecución más rápidos y reduce los costes, a la vez que mejora la precisión y garantiza la transparencia. Como resultado, los investigadores pueden descubrir perspectivas y hallazgos biológicos más rápido.
Blueprints de NVIDIA AI
Implemente fácilmente soluciones de genómica y célula única
Los blueprints de NVIDIA AI son ligeros y fácilmente implementables para análisis de genómica y célula única.
Los blueprints de AI están diseñados para bioinformáticos y proveedores de plataformas de genómica y permiten a los usuarios implementar y probar fácilmente NVIDIA Parabricks y NVIDIA RAPIDS™ (incluida la tecnología RAPIDS de célula única desarrollada por scverse) sin necesidad de GPU ni provisiones en la nube.
Al evaluar y ampliar fácilmente el acceso a las bibliotecas de genómica acelerada, los investigadores pueden avanzar en la comprensión de la genómica al ponerse en marcha más rápido.
Microservicios NVIDIA NIM
Optimice la alineación y la llamada de variantes
Los microservicios NVIDIA NIM™ son microservicios preparados para producción, optimizados y componibles con FQ2BAM para la alineación y DeepVariant para la llamada universal de variantes.
Los científicos y desarrolladores de datos pueden obtener acceso a los últimos avances en IA generativa con API estándar del sector que facilitan la creación y la implementación de aplicaciones nativas de la nube.
Reduzca los largos análisis. Para la alineación, se realiza una alineación estándar del sector lista para la producción en minutos en lugar de horas. Optimice además el rendimiento de las llamadas de variantes desde diferentes plataformas de secuenciación.
Tecnologías adicionales
Empezar
Actualizaciones de plataforma
Reciba notificaciones de nuevas versiones, correcciones de errores, actualizaciones de seguridad críticas y mucho más sobre genómica.
Contactar
¿Tiene alguna pregunta? Nuestros expertos en atención sanitaria están aquí para ayudarle.
Preguntas frecuentes
NVIDIA Parabricks es una suite de software acelerado por GPU para análisis genómico secundario. Parabricks es compatible con todos los principales instrumentos de secuenciación y admite diversos flujos de trabajo bioinformáticos.
Parabricks aumenta la velocidad, reduce el coste y aumenta la precisión del análisis genómico secundario.
- Aumentar la velocidad: disfrute de un análisis 135 veces más rápido de la secuenciación del genoma completo (WGS) en comparación con las soluciones solo para CPU.
- Reducir los costes: reduzca el coste informático hasta un 50 % para WGS en comparación con las soluciones solo para CPU.
- Mejorar la precisión: implemente un deep learning de alta precisión para todos los secuenciadores principales.
- Garantizar la transparencia: reproduzca resultados a partir de herramientas de confianza y de código abierto.
Parabricks está disponible como contenedor público en NVIDIA NGC™ para su uso en instalaciones locales o en cualquier plataforma o proveedor de servicios en la nube.
Para clientes que necesiten asistencia para Parabricks en flujos de trabajo clínicos, proyectos de secuenciación de gran tamaño, plataformas de alto rendimiento u otros flujos de trabajo que requieran asistencia inmediata, NVIDIA ofrece NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks se puede ejecutar en proveedores de nube pública, plataformas y partners, así como en instalaciones locales.
- Proveedores de nube pública: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud y Alibaba Cloud
- Plataformas y partners: DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio y Lifebit
- Instalaciones locales: sistemas NVIDIA DGX™, servidores certificados por NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos, Supermicro
Parabricks iguala la precisión de las herramientas de código abierto, por lo que puede sustituirlas por Parabricks y obtener los mismos resultados. Sin embargo, Parabricks también acelera estas herramientas, por lo que podrá ejecutar análisis aún más rápido. En la siguiente tabla puede consultar las pruebas comparativas de velocidad más recientes.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
Pruebas comparativas más recientes de las GPU NVIDIA más populares en las categorías de soporte más reciente, mayor velocidad y menor coste por muestra.
Tiempo de rendimiento indicado en minutos.
Parabricks está disponible como imagen de Docker y puede ejecutarse en instalaciones locales o en cualquier entorno en la nube que tenga disponibles las GPU NVIDIA. Parabricks produce resultados equivalentes a los de las herramientas comunes de código abierto, por lo que se puede utilizar como sustituto directo para acelerar partes clave de flujos de trabajo existentes. También es totalmente configurable, lo que permite a los usuarios elegir qué ajustes de pasos y parámetros ejecutar, y es compatible con los principales gestores de flujos de trabajo, como NextFlow y Cromwell.
Póngase en contacto con nosotros para hacernos llegar sus preguntas y consulte el foro de desarrolladores para conocer los debates más recientes sobre Parabricks.