BioNeMo facilita el proceso de comenzar a usar modelos preentrenados, descargadores automáticos y preprocesadores para bases de datos UniRef50 y ZINC. Se pueden combinar varios modelos, incrustaciones y salidas para combinar datos multimodales gracias al aprendizaje estructurado no supervisado. El preentrenamiento no supervisado también elimina la necesidad de disponer de datos etiquetados, lo que impulsa la generación de incrustaciones aprendidas para predecir la estructura de las proteínas, la función, la ubicación celular, la solubilidad del agua, las regiones de límite de la membrana, conservadas y variables, y mucho más.