Calcul accéléré pour l'analyse génomique
Solutions rapides, précises et évolutives pour les workflows de bioinformatique
NVIDIA Parabricks
Accélérez l'analyse génomique
NVIDIA® Parabricks® est une suite logicielle de génomique évolutive pour l'analyse secondaire qui fournit des versions accélérées par GPU d'outils open-source fiables.
Compatible avec les principaux instruments de séquençage, les chercheurs, les bioinformaticiens et les data scientists peuvent utiliser Parabricks dans divers workflows de bioinformatique.
Parabricks augmente la vitesse avec des temps d'exécution plus courts et réduit les coûts, tout en améliorant la précision et en garantissant la transparence. Les chercheurs peuvent ainsi découvrir et comprendre plus rapidement les mécanismes biologiques.
Modèles d'IA de NVIDIA
Déployez facilement des solutions génomiques et à cellule unique
Les AI Blueprints de NVIDIA sont des modèles légers et facilement déployables pour l'analyse génomique et de cellules individuelles.
Conçus pour les bioinformaticiens et les fournisseurs de plateformes de génomique, les AI Blueprints permettent aux utilisateurs de déployer et de tester facilement NVIDIA Parabricks et NVIDIA RAPIDS™, y compris RAPIDS monocellulaire développé par scverse, sans nécessiter de GPU ni de provisions Cloud.
En évaluant et en élargissant facilement l'accessibilité des bibliothèques de génomique accélérée, les scientifiques et les chercheurs peuvent approfondir leur compréhension de la génomique en étant opérationnels plus rapidement.
Microservices NVIDIA NIM
Optimisez l'alignement et l'appel de variantes
Les microservices NVIDIA NIM™ sont prêts pour la production, optimisés et composables avec FQ2BAM pour l'alignement et DeepVariant pour l'appel universel de variantes.
Les data scientists et les développeurs peuvent accéder aux dernières avancées de l'IA générative avec des API aux normes de l'industrie qui facilitent la création et le déploiement d'applications cloud-natives.
Réduisez les analyses chronophages. L'alignement standard de l'industrie prêt pour la production s'effectue en quelques minutes au lieu de plusieurs heures. Optimisez en outre les performances de l'appel de variantes à partir de différentes plateformes de séquençage.
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FAQ
NVIDIA Parabricks est une suite logicielle accélérée par GPU conçue pour l'analyse génomique. Parabricks est compatible avec tous les principaux instruments de séquençage et prend en charge divers workflows de bioinformatique.
Parabricks accélère le traitement, réduit les coûts et améliore la précision de l'analyse génomique.
- Accélérer le traitement : profitez d'une analyse du séquençage du génome entier (WGS) 135 fois plus rapide que les solutions basées uniquement sur CPU.
- Réduire les coûts : réduisez les coûts de calcul WGS à hauteur de 50 % par rapport aux solutions basées uniquement sur CPU.
- Améliorer la précision : déployez des charges de travail de Deep Learning de haute précision sur tous les principaux séquenceurs.
- Garantir la transparence : reproduire les résultats à partir d'outils open-source fiables.
Parabricks est disponible en tant que conteneur public sur NVIDIA NGC™ pour une utilisation sur site ou avec tous les fournisseurs/plateformes de services Cloud.
Les clients ayant besoin d'une assistance pour Parabricks dans les workflows cliniques, les grands projets de séquençage, les plateformes à haut débit ou d'autres workflows nécessitant une assistance immédiate peuvent bénéficier de NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks peut être exécuté sur des fournisseurs, des plateformes et des partenaires de cloud public, ainsi que sur site.
- Fournisseurs de cloud public : AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, plateforme cloud Naver, Baidu AI Cloud et Alibaba Cloud
- Plateformes et partenaires : DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio et Lifebit
- Sur site : systèmes NVIDIA DGX™, serveurs certifiés NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos et Supermicro
Parabricks offre la même précision que les outils open source. Vous pouvez donc remplacer ces derniers par Parabricks et obtenir les mêmes résultats. Cependant, Parabricks accélère également ces outils, vous pouvez donc exécuter des analyses encore plus rapidement. Les derniers benchmarks de vitesse sont disponibles dans le tableau ci-dessous.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
Les derniers benchmarks sur les GPU NVIDIA les plus populaires pour une prise en charge récente, une vitesse maximale et un coût par échantillon le plus faible.
Durée de performance indiquée en minutes.
Parabricks est disponible sous forme d'image docker et peut s'exécuter sur site ou dans n'importe quel environnement Cloud où les GPU NVIDIA sont disponibles. Parabricks produit des résultats équivalents à ceux des outils open source classiques, ce qui permet de l'utiliser comme solution de remplacement directe pour accélérer les étapes clés des workflows existants. Cette solution est entièrement configurable, permettant aux utilisateurs de sélectionner les étapes et les paramètres à exécuter, et est compatible avec les principaux gestionnaires de flux de travail, tels que NextFlow et Cromwell.
Veuillez nous contacter pour nous faire part de vos questions et consulter le forum des développeurs pour suivre les dernières discussions sur Parabricks.