"En passant de l'omique monocellulaire à l'omique spatiale, l'un des plus grands effets immédiats observé est la génération d'une immense quantité de données", explique le professeur Banovich. Pour situer l'importance de l'accroissement du volume des données fournies par l'analyse spatiale, l'équipe du professeur Banvoich a effectué un séquençage d'ARN unicellulaire du poumon pendant environ sept ans et a recueilli des échantillons de plus de 200 personnes. En conséquence, elle a généré des données à partir d'environ 2,5 millions de cellules au total. À titre de comparaison, l'ensemble de l'atlas des cellules pulmonaires humaines représente 4 millions de cellules.
TGen utilise des plateformes spatiales commerciales de pointe, parmi lesquelles Vizgen de MERSCOPE et l'analyseur 10x Genomics Xenium Analyzer. Grâce à ces instruments spatiaux, TGen capture 30 000 à 50 000 cellules par échantillon, et un seul séquençage peut générer des données à partir de plus de 2 millions de cellules. "En deux séquençages sur la plateforme Xenium, nous générons des données sur plus de cellules que l'ensemble du projet d'atlas des cellules pulmonaires humaines (Human Lung Cell Atlas Project), qui a mobilisé 40 chercheurs dans 10 pays", explique M. Banovich. "Il s'agit de quantités de données vraiment énormes."
"Nous avons construit l'analyseur Xenium pour aider les chercheurs de pointe comme ceux de TGen à passer rapidement de l'instrument à la connaissance grâce à nos puissantes capacités d'analyse embarquées, rendues possibles par les GPU NVIDIA. L'association de Xenium et de NVIDIA RAPIDS pous permet d'accélérer encore plus nos workflow et d'effectuer des analyses plus précises afin que les chercheurs puissent passer plus rapidement du séquençage aux résultats et des données à la découverte. Les travaux de TGen repoussent les limites de la science et bouleversent notre compréhension de la santé et des maladies. Le monde ne peut pas se permettre d'attendre ces découvertes", précise Adrian Benjamin, responsable mondial du marketing spatial chez 10x Genomics.