NVIDIA Clara Parabricks

Analyse de bout en bout du séquençage génomique

NVIDIA Clara Parabricks fournit de puissantes capacités d’accélération pour les analyses primaires, secondaires et tertiaires des données génomiques, de l’ADN à l’ARN. Cet environnement logiciel clé en main, qui a été conçu pour les laboratoires à haut rendement sur site ou dans le Cloud, s’appuie sur une pile de solutions technologiques que les développeurs peuvent utiliser pour créer des outils de calcul novateurs dédiés à la génomique.

Accélération de l’analyse du génome humain

  • Pour les laboratoires à haut rendement
  • Pour les développeurs
NVIDIA Clara Parabricks Pipelines

NVIDIA Clara Parabricks Pipelines

Basée sur le GATK (kit d’outils pour l’analyse génomique) du Broad Institute de Cambridge, NVIDIA Clara Parabricks Pipelines est une suite logicielle prête à l’utilisation et entièrement accélérée par GPU pour :

L’analyse des appels de variante d’ADN à lignée germinale pour la génomique des populations ;
L’analyse des appels de variante d’ADN somatique pour la génomique du cancer et la charge tumorale mutationnelle (TMB) ;
Les projets de séquençage ARN pour l’analyse unicellulaire relative au transcriptome total ;
L’application DeepVariant de Google pour l’analyse des appels de variante avec un réseau de neurones profonds.

Spécialement optimisée pour la vitesse, la précision et l’évolutivité, la suite logicielle Clara Parabricks Pipelines permet de mettre en œuvre les meilleures pratiques d’utilisation avec la version 4.1 de GATK. Elle est entièrement configurable, ce qui permet aux utilisateurs de choisir

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Performances et rendement sans précédent pour les processus d’analyse secondaire

Exécutée sur des GPU NVIDIA A100 Tensor Core, la suite logicielle NVIDIA Clara Parabricks Pipelines offre des performances de calcul sans précédent, ce qui permet de réduire à 23 minutes seulement les délais d’analyse des appels de variante d’ADN à lignée germinale. Grâce à l’accélération GPU, les utilisateurs peuvent également profiter d’une réduction des coûts du Cloud Computing pouvant atteindre 50 % par rapport aux solutions exclusivement basées sur le traitement CPU.

COMPARAISON DES PERFORMANCES

Analyses secondaires de bout en bout de lignée germinale

Pourquoi utiliser Clara Parabricks Pipelines ?

Démarrage simplifié

Démarrage simplifié

Vous pouvez configurer Clara Parabricks Pipelines en une dizaine de minutes. Suivez cette vidéo explicative pour commencer à appliquer des processus d’analyse à haut rendement pour vos projets de séquençage ADN et ARN.

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Diagnostics plus rapides. Traitements plus efficaces.

Diagnostics plus rapides. Traitements plus efficaces.

NVIDIA Clara Parabricks Pipelines fournit des résultats plus rapidement que les solutions non accélérées par GPU. Découvrez comment l’institut TGEN obtient chaque jour des résultats exploitables qui l’aident à étudier la séquence entière du génome humain avec des cellules saines ou malades afin de déterminer la thérapie la plus efficace et la mieux personnalisée pour chaque patient.

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Optimisation des recherches en génomique

Que ce soit sur site ou dans le Cloud, l’environnement NVIDIA Clara Parabricks Pipelines peut aider les chercheurs à appréhender plus rapidement et plus efficacement les pandémies telles que le COVID-19, de l’évolution virale à la réaction humaine en passant par les critères de vulnérabilité. Apprenez comment.

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Adopteurs de Clara Parabricks Pipelines

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Assistance de Clara Parabricks

Les services d’assistance relatifs à NVIDIA Clara Parabricks Pipelines vous fournissent une méthode simple et fiable pour améliorer la productivité et réduire les temps d’arrêt de vos systèmes d’analyse de production. Les services d’assistance de NVIDIA pour Parabricks incluent :

  • Une communication directe avec les spécialistes techniques et les experts de NVIDIA ;
  • Une aide à l’installation et à l’utilisation de Parabricks Pipelines ;
  • Une réponse rapide et une résolution efficace des problèmes (24h/24, 7j/7) ;
  • Un accès à toutes les versions logicielles, mises à jour de maintenance, corrections de bugs et optimisations de sécurité ;
  • Une assistance immédiate avec des solutions de contournement temporaires pour les bugs confirmés.

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Kit d’outils Clara Parabricks

Kit d’outils Clara Parabricks

Le kit d’outils NVIDIA Clara Parabricks, qui regroupe une collection de bibliothèques accélérées par GPU sur l’Edge, d’applications de référence et d’applications open-source, a été conçu pour permettre aux développeurs de mettre en œuvre des workflows optimisés par l’IA pour l’analyse génomique. Ce kit d’outils permet d’améliorer les processus de cartographie, d’alignement et de paramétrage pour l’assemblage génomique de novo et l’optimisation de l'épigénomique unicellulaire.

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Actualités

Nouvelles fonctionnalités. Gains de vitesse.

La version 3.0 de NVIDIA Clara Parabricks Pipelines, qui offre aux utilisateurs un gain de performance d’environ 30 %, permet d’accéder à un nouveau pipeline d’analyse ARN et de lancer la suite logicielle dans le Cloud sur la plateforme DNAnexus.

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Le supercalculateur Artemis étudie la génomique des populations et le COVID-19

Reposant sur les technologies NVIDIA DGX et NVIDIA Clara Parabricks, le supercalculateur Artemis étudie le génome des citoyens d’Abou Dabi de manière à améliorer les services de santé dans les Émirats arabes unis.

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