Bénéficiez d’une vitesse et d’une précision sans précédent pour la génomique de précision grâce à la suite logicielle NVIDIA Clara™ pour la génomique.
Réduisez les délais de découverte et d’identification des traitements avec des workflows optimisés.
Réduisez les délais des procédures d’analyse chronophage à quelques minutes seulement et renforcez la vitesse, la précision et le rendement des workflows de génomique.
Optimisez l’alignement, le traitement et les appels de génomes et d’exomes entiers pour les workflows dédiés aux variantes somatiques et germinales.
Le secteur de la génomique englobe différentes méthodes pour des applications variées allant de la recherche pharmaceutique à la médecine de précision en passant par les études sur la santé des populations ou les diagnostics cliniques. Ce milieu regroupe de nombreux acteurs tels que des instituts de recherche, des établissements de santé, des centres de diagnostic et de séquençage, des programmes nationaux, des laboratoires pharmaceutiques et des sociétés de la bio-industrie jouant tous un rôle essentiel dans les découvertes en génomique. L’accélération des analyses permet d’améliorer les diagnostics, de personnaliser les traitements et de rationaliser la recherche pharmaceutique, ce qui aide les professionnels à économiser du temps et des ressources tout en améliorant la prise en charge des patients et en permettant des décisions en temps réel reposant sur les données.
Le séquençage court, qui contribue à générer de courtes séquences d’ADN, est apprécié pour sa vitesse attractive et son prix abordable. NVIDIA® Parabricks® accélère les outils d’analyse secondaire de référence, de l’alignement aux appels de variante, en permettant une analyse rapide des données de séquençage court. Ces outils peuvent être utilisés avec les données liées à des séquenceurs comme Element, Illumina, MGI, Singular, Thermo Fisher et Ultima.
Le séquençage long, qui permet l'identification de variantes structurelles, peut être utilisé pour assembler des génomes à partir d’échantillons multiples, contribuant ainsi à améliorer l’étude de la diversité génétique au sein des populations. NVIDIA Parabricks accélère les outils d’analyse secondaire de référence pour les appels de base, l’alignement et les appels de variante, permettant ainsi une analyse plus rapide des données de séquençage long. Ces outils peuvent être utilisés avec les données liées à des séquenceurs comme Oxford Nanopore et PacBio.
NVIDIA RAPIDS™ accélère les workflows mono-cellule pour le traitement et la visualisation de données, avec un modèle d’utilisation similaire à des bibliothèques Python scverse. cunnData fournit une version allégée et réduite de l’objet AnnData pour le GPU, permettant ainsi une manipulation et un traitement rapides des données, que les bibliothèques RAPIDS cuGraph et cuML peuvent ensuite analyser en aval.
NVIDIA Parabricks fournit des versions accélérées par GPU d’outils utilisés au quotidien par les biologistes computationnels et les bioinformaticiens, ce qui permet de réduire les délais d’exécution et les coûts de calcul, tout en optimisant l’évolutivité.
RAPIDS est une suite de bibliothèques open-source qui permet d'accélérer les workflows de Data Science de bout en bout grâce à la puissance incomparable de l’accélération GPU. RAPIDS peut réaliser des analyses de données à haut degré d’interactivité avec des jeux de données complexes grâce aux API Python.
NVIDIA Parabricks est disponible sous la forme d’un ensemble de conteneurs et de modèles pré-entraînés sur NVIDIA NGC™ et DGX™ Cloud. L'achat de NVIDIA AI Enterprise vous donne par ailleurs un accès complet aux services d’assistance pour les entreprises avec des délais de réponse garantis, des notifications de sécurité prioritaires et la disponibilité des experts de Parabricks.
NVIDIA collabore avec Broad pour intégrer des solutions Parabricks accélérées par GPU à la plateforme Terra, en plus d’optimiser des workflows accélérés par l’IA et des modèles de langage complexes pour faire avancer la recherche.
En s'appuyant sur NVIDIA DGX A100 et NVIDIA Parabricks, le groupe NBT a réduit de 4 mois son délai de traitement des données de séquençage du génome entier et a fait passer de 30 heures à moins de 2 heures le délai de traitement pour un utilisateur individuel.
Le Human Genome Center de l’Université de Tokyo a dévoilé une nouvelle plateforme de génomique qui permet d’accélérer jusqu’à 40 fois l’analyse génomique par rapport à un environnement basé sur CPU, en utilisant le logiciel de génomique NVIDIA Parabricks Pipelines.
Regeneron utilise DeepVariant avec NVIDIA Parabricks pour générer des données évolutives de haute qualité qui peuvent être reproduites par toute la communauté de la recherche génomique.
Ultima Genomics collabore avec NVIDIA pour mettre en œuvre un séquençage génomique à 100 $ grâce à l’IA et au calcul accéléré.
Singular Genomics collabore avec NVIDIA pour accélérer les workflows d’analyse et de séquençage de nouvelle génération à la pointe de l’industrie.
Oxford Nanopore a mis à niveau sa tour de calcul PromethION, qui passe de GPU NVIDIA V100 Tensor Core à des GPU A100. Ce gain de puissance de traitement lui permettra de suivre les techniques d’appel de base à haute précision et d’augmenter considérablement la capacité d’algorithmes à ultra haute précision.
Crédits : Steve Fisch, avec l’aimable autorisation de l’Université de Stanford.
Une équipe de chercheurs a établi un nouveau record de séquençage d’ADN (en cinq heures et deux minutes), qui permettra aux cliniciens de prélever du sang sur un patient en soins intensifs et d’établir le même jour le diagnostic des troubles génétiques.
Stanford a réduit ses délais d’exécution de manière significative en intégrant l’implémentation accélérée par GPU de DeepVariant avec NVIDIA Parabricks.
Des chercheurs de Purdue ont mené une étude qui évalue les performances et la précision d’un framework de calcul accéléré par GPU visant à identifier les variantes génomiques des agents pathogènes.
Déclaration de confidentialité de NVIDIA