Analyse de bout en bout du séquençage génomique
Renforcez la vitesse et la précision de vos analyses génomiques avec NVIDIA Clara™ Parabricks. Framework de génomique computationnelle mettant à profit l’accélération GPU, NVIDIA Clara Parabricks fournit une analyse précise et accélérée des données de séquençage de nouvelle génération aux chercheurs et aux équipes cliniques, mais aussi aux centres de séquençage et d’analyse médicale spécialisés dans le traitement des maladies génétiques et du cancer.
Haut rendement
Traitez jusqu’à 60 génomes entiers par jour sur un seul serveur.
Précision accrue
Ne faites plus de compromis entre la précision et les délais d’exécution. Tirez parti d’une suite complète d’appels de variantes somatiques et de lignée germinale.
Pipelines flexibles
Exploitez des pipelines personnalisés et accélérés en configurant plus de 33 outils pour tout besoin spécifique de pipeline ou d’application.
30 à 60 fois plus rapide
Réduisez les coûts informatiques jusqu’à 50 % grâce à une exécution 30 à 60 fois plus rapide qu’avec les solutions uniquement basées sur le traitement CPU.
De formats FASTQ à VCF en passant par BAM (cartographie d’alignement binaire), NVIDIA accélère l’analyse génomique pour les workflows dédiés aux variantes somatiques, germinales et structurelles, tout en contribuant à optimiser la vitesse du séquençage et la précision des appels de base en lecture consensuelle.
L’exécution de NVIDIA Clara Parabricks nécessite de recourir à un minimum de deux GPU. Les licences sur site sont disponibles sous la forme d’abonnements annuels par GPU, qui incluent un accès complet à tous les pipelines de la suite logicielle NVIDIA Clara Parabricks.
L’exécution de Clara Parabricks sur un système NVIDIA DGX™ A100 permet d’analyser jusqu’à 25 000 génomes entiers par an (couverture 30x) avec le GATK (kit d’outils pour l’analyse génomique) du Broad Institute de Cambridge. Le rendement évolue linéairement en ayant recours à plus d’un système DGX A100.
En matière de Cloud Computing, le temps, c’est de l’argent. Faites votre choix parmi une gamme d’instances GPU à même d’analyser des génomes en quelques minutes seulement. Pour un déploiement simplifié sur AWS, le framework Clara Parabricks est disponible à partir d’une image-machine Amazon (AMI) pour une utilisation immédiate.
Apprenez comment Regeneron utilise DeepVariant avec Clara Parabricks pour générer des données évolutives de haute qualité qui peuvent être reproduites par toute la communauté de la recherche génomique.
En s’appuyant sur NVIDIA DGX A100 et Clara Parabricks, le groupe NBT a réduit de 4 mois son délai de traitement des données de séquençage du génome entier et a fait passer de 30 heures moins de 2 heures le délai de traitement pour un utilisateur individuel.
Grâce aux GPU NVIDIA V100 Tensor Core et à NVIDIA Clara Parabricks, TGen a accéléré par six fois ses procédures d’analyse du séquençage génomique afin d’optimiser le développement de traitements personnalisés pour les enfants atteints de troubles neurologiques rares.
L’intégration de nouvelles étapes basées sur le calcul sur GPU avec NVIDIA Clara Parabricks a aidé Tychele Turner de la WUSTL à réduire les délais d’exécution de manière significative pour les appels de variante de novo.
Les services d’assistance relatifs à NVIDIA Clara Parabricks Pipelines vous fournissent une méthode simple et fiable pour améliorer votre productivité et réduire les temps d’arrêt de vos systèmes d’analyse de production. Les services d’assistance de NVIDIA pour Parabricks incluent :
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Dans le cadre de notre essai gratuit de 90 jours, vous pouvez configurer Clara Parabricks en 10 minutes seulement. Regardez une courte vidéo pour prendre connaissance d’un didacticiel détaillé, ou apprenez-en plus sur la suite logicielle et ses outils dans la documentation technique de Parabricks.
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Documentation technique de NVIDIA Parabricks >
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