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Analyses accélérées par GPU pour le séquençage du génome

Obtenez un séquençage ADN et ARN à haut rendement et à haute précision grâce à l’analyse accélérée par GPU.

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NVIDIA Clara^™ Parabricks® est le seul kit d’outils de génomique computationnelle accéléré par GPU à fournir des analyses rapides et précises aux centres de séquençage, aux équipes cliniques, aux chercheurs en génomique et aux développeurs d’instruments de séquençage de nouvelle génération.

Voir le document : Fiche produit de Parabricks (PDF ; 304 Ko)

Accélérez vos applications avec des outils de pointe

Utilisez des outils accélérés par GPU pour une analyse de lignée germinale, somatique et ARN standard plus rapide.

Des performances jusqu’à 80 fois plus rapides

Bénéficiez de performances jusqu’à 80 fois plus rapides qu’avec les solutions uniquement basées sur le traitement CPU, et réduisez vos coûts de calcul jusqu’à 50 %.

Améliorez la précision de l’analyse du séquençage

Exploitez la pleine puissance du Deep Learning pour vos analyses génomiques avec Clara Parabricks et les GPU NVIDIA.

Tirez parti de workflows flexibles

Créez des workflows personnalisés en configurant des outils dans Workflow Description Language (WDL) et NextFlow.

Accélérez l’analyse génomique de bout en bout

Utilisez des outils standard

Clara Parabricks fournit des versions accélérées par GPU d’outils utilisés au quotidien par les biologistes computationnels et les bioinformaticiens, ce qui permet de réduire les délais d’exécution et les coûts de calcul, tout en optimisant l’évolutivité.

Vous bénéficiez ainsi d’une compatibilité totale avec les langages et les gestionnaires de workflow (WDL, NextFlow, Cromwell), ce qui facilite l’accès aux tâches accélérées par GPU et CPU, mais aussi le déploiement dans le Cloud (AWS, GCP, Terra et DNAnexus).

Prise en charge des formats FASTQ, VCF et BAM (cartographie d’alignement binaire)

Bénéficiez de performances inégalées

De FastQ à Variant Call Format (VCF), Clara Parabricks réduit les délais d’exécution d’une vaste gamme de configurations matérielles avec les GPU NVIDIA A100 Tensor Core. Les chercheurs en génomique peuvent ainsi profiter d’une accélération significative de leurs workflows d’analyse à chaque étape du processus, de l’alignement initial au tri des séquences jusqu’aux appels de variante. Plus le nombre de GPU est important, plus les délais de calcul sont optimisés de manière quasi linéaire par rapport aux systèmes ayant uniquement recours au calcul sur CPU. Les procédures d’analyse s’avèrent ainsi jusqu’à 80 fois plus rapides.

Analysez l’intégralité du génome humain avec une couverture 30 fois plus importante en moins de 30 minutes

Les délais d’exécution ont été calculés par NVIDIA sur un système NVIDIA DGX™ A100 à 320 Go. Toutes les analyses ont été exécutées avec des séries de données HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) séquencées avec 30 lectures uniques et des appels de variantes réalisés avec GATKv4.1.0 HaplotypeCaller.

Démarrez avec Clara Parabricks

Trouvez la voie qui vous convient.

Recherche

NVIDIA Clara Parabricks est disponible sous la forme d’un ensemble de conteneurs et de modèles pré-entraînés par NVIDIA NGC. Téléchargez NVIDIA Clara Parabricks et consultez la documentation et les workflows pour bien commencer.

Enterprise

Utilisez NVIDIA Clara Parabricks avec le logiciel NVIDIA AI Enterprise afin de bénéficier d’un accès complet aux services d’assistance pour l’entreprise avec des temps de réponse garantis, des notifications de sécurité prioritaires et la disponibilité d’experts en IA de NVIDIA. Pour en savoir plus, contactez notre équipe commerciale.

Déploiement sur site, dans le Cloud ou à l’Edge

Créez sur site

L’exécution de Clara Parabricks sur un unique NVIDIA DGX™ A100 permet d’analyser jusqu’à 25 000 génomes entiers par an (couverture 30x) grâce aux meilleures pratiques du GATK (kit d’outils pour l’analyse génomique), avec un rendement qui évolue de manière linéaire au-delà d’un seul DGX A100.

En savoir plus sur DGX A100

Consulter le livre blanc Parabricks DGX

Déployez vos applications dans le Cloud

En matière de Cloud Computing, le temps, c’est de l’argent. Faites votre choix parmi une gamme d’instances GPU à même d’analyser des génomes en quelques minutes seulement. Pour faciliter leur déploiement, plusieurs fournisseurs de services Cloud hébergent Clara Parabricks en tant qu’image prête à l’emploi pour une utilisation immédiate.

Accéder au Marché AWS

Découvrir la plateforme Google Cloud

Découvrir Terra

Développez l’IA à l’Edge

Nous collaborons avec des fabricants d’instruments génomiques pour favoriser la création de séquenceurs ADN, d’appareils de transcriptomique spatiale et d’autres disciplines optimisés par l’IA et définis par logiciel, afin d’améliorer la précision et de mettre en œuvre une analyse en temps réel à l’Edge.

Contacter l’équipe de génomique de NVIDIA pour en savoir plus

Accélérez votre projet d’IA avec NVIDIA LaunchPad

Accédez immédiatement aux solutions d’entreprise de NVIDIA grâce à une formation gratuite sur Clara Parabricks pour l’analyse génomique accélérée par GPU.

Commencer

Un impact concret

Analyse à l’échelle
Dans les séquenceurs et appareils
Pour la recherche de pointe

Broad Institute

NVIDIA collabore avec Broad pour intégrer des solutions Parabricks accélérées par GPU à la plateforme Terra, en plus d’optimiser des workflows accélérés par l’IA et des modèles de langage complexes pour faire avancer la recherche.

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Accélération des découvertes génomiques avec NBT

National Biobank of Thailand (NBT)

En s’appuyant sur NVIDIA DGX A100 et Clara Parabricks, le groupe NBT a réduit de 4 mois son délai de traitement des données de séquençage du génome entier et a fait passer de 30 heures moins de 2 heures le délai de traitement pour un utilisateur individuel.

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Institut de recherche en génomique appliquée (TGen)

Human Genome Center (HGC)

Le Human Genome Center de l’Université de Tokyo a dévoilé une nouvelle plateforme de génomique qui permet d’accélérer jusqu’à 40 fois l’analyse génomique par rapport à un environnement basé sur CPU, en utilisant le logiciel de génomique NVIDIA Clara Parabricks Pipelines.

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Démonstration de la puissance des GPU dans l’espace de la génomique

Centre de génétique Regeneron

Regeneron utilise DeepVariant avec Clara Parabricks pour générer des données évolutives de haute qualité qui peuvent être reproduites par toute la communauté de la recherche génomique.

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Ultima

Ultima Genomics collabore avec NVIDIA pour mettre en œuvre un séquençage génomique à 100 $ grâce à l’IA et au calcul accéléré.

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Singular

Singular Genomics collabore avec NVIDIA pour accélérer les workflows d’analyse et de séquençage de nouvelle génération à la pointe de l’industrie.

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Oxford Nanopore

Oxford Nanopore a mis à niveau sa tour de calcul PromethION, qui passe de GPU NVIDIA V100 Tensor Core à des GPU A100. Ce gain de puissance de traitement lui permettra de suivre les techniques d’appel de base à haute précision et d’augmenter considérablement la capacité d’algorithmes à haute précision.

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Crédits : Steve Fisch, avec l’aimable autorisation de l’Université de Stanford.

Record du monde Guinness

Une équipe de chercheurs a établi un nouveau record de séquençage d’ADN (en cinq heures et deux minutes), qui permettra aux cliniciens de prélever du sang sur un patient en soins intensifs et d’établir le même jour le diagnostic des troubles génétiques.

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Accélération du séquençage génomique en soins intensifs

Université de Stanford, Google et Oxford Nanopore

Stanford a réduit ses délais d’exécution de manière significative en intégrant l’implémentation accélérée par GPU de DeepVariant avec NVIDIA Clara Parabricks.

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Framework de calcul accéléré par GPU pour les variantes génomiques d’agents pathogènes

Université de Purdue

Des chercheurs de Purdue ont mené une étude qui évalue les performances et la précision d’un framework de calcul accéléré par GPU visant à identifier les variantes génomiques des agents pathogènes.

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