NVIDIA Clara Parabricks

Analyse de bout en bout du séquençage génomique

Renforcez la vitesse et la précision de vos analyses génomiques avec NVIDIA Clara™ Parabricks. Framework de génomique computationnelle mettant à profit l’accélération GPU, NVIDIA Clara Parabricks fournit une analyse précise et accélérée des données de séquençage de nouvelle génération aux chercheurs et aux équipes cliniques, mais aussi aux centres de séquençage et d’analyse médicale spécialisés dans le traitement des maladies génétiques et du cancer.

Haut rendement

Haut rendement

Traitez jusqu’à 60 génomes entiers par jour sur un seul serveur.

Précision accrue

Précision accrue

Ne faites plus de compromis entre la précision et les délais d’exécution. Tirez parti d’une suite complète d’appels de variantes somatiques et de lignée germinale.

Pipelines flexibles

Pipelines flexibles

Exploitez des pipelines personnalisés et accélérés en configurant plus de 33 outils pour tout besoin spécifique de pipeline ou d’application.

30 à 60 fois plus rapide

30 à 60 fois plus rapide

Réduisez les coûts informatiques jusqu’à 50 % grâce à une exécution 30 à 60 fois plus rapide qu’avec les solutions uniquement basées sur le traitement CPU.

Applications accélérées pour l’analyse génomique

De formats FASTQ à VCF en passant par BAM (cartographie d’alignement binaire), NVIDIA accélère l’analyse génomique pour les workflows dédiés aux variantes somatiques, germinales et structurelles, tout en contribuant à optimiser la vitesse du séquençage et la précision des appels de base en lecture consensuelle.

Prise en charge des formats FASTQ, VCF et BAM (cartographie d’alignement binaire)

Séquençage de nouvelle génération sur site ou dans le Cloud

L’exécution de NVIDIA Clara Parabricks nécessite de recourir à un minimum de deux GPU. Les licences sur site sont disponibles sous la forme d’abonnements annuels par GPU, qui incluent un accès complet à tous les pipelines de la suite logicielle NVIDIA Clara Parabricks.

NVIDIA DGX A100

Solutions sur site

L’exécution de Clara Parabricks sur un système NVIDIA DGX™ A100 permet d’analyser jusqu’à 25 000 génomes entiers par an (couverture 30x) avec le GATK (kit d’outils pour l’analyse génomique) du Broad Institute de Cambridge. Le rendement évolue linéairement en ayant recours à plus d’un système DGX A100.

Dans le Cloud

En matière de Cloud Computing, le temps, c’est de l’argent. Faites votre choix parmi une gamme d’instances GPU à même d’analyser des génomes en quelques minutes seulement. Pour un déploiement simplifié sur AWS, le framework Clara Parabricks est disponible à partir d’une image-machine Amazon (AMI) pour une utilisation immédiate.

NVIDIA Clara Parabricks Pipelines sur le Marché AWS

Découvrez les applications concrètes de Clara Parabicks

DeepVariant avec Clara Parabricks

Centre de génétique Regeneron

Apprenez comment Regeneron utilise DeepVariant avec Clara Parabricks pour générer des données évolutives de haute qualité qui peuvent être reproduites par toute la communauté de la recherche génomique.

NVIDIA DGX A100 et Clara Parabricks

National Biobank of Thailand (NBT)

En s’appuyant sur NVIDIA DGX A100 et Clara Parabricks, le groupe NBT a réduit de 4 mois son délai de traitement des données de séquençage du génome entier et a fait passer de 30 heures moins de 2 heures le délai de traitement pour un utilisateur individuel.

GPU NVIDIA V100 Tensor Core

Institut de recherche en génomique appliquée (TGen)

Grâce aux GPU NVIDIA V100 Tensor Core et à NVIDIA Clara Parabricks, TGen a accéléré par six fois ses procédures d’analyse du séquençage génomique afin d’optimiser le développement de traitements personnalisés pour les enfants atteints de troubles neurologiques rares.

NVIDIA Clara Parabricks

Université Washington à Saint-Louis (WUSTL)

L’intégration de nouvelles étapes basées sur le calcul sur GPU avec NVIDIA Clara Parabricks a aidé Tychele Turner de la WUSTL à réduire les délais d’exécution de manière significative pour les appels de variante de novo.

Ressources

  • Assistance d’entreprise
  • Documentation

Les services d’assistance relatifs à NVIDIA Clara Parabricks Pipelines vous fournissent une méthode simple et fiable pour améliorer votre productivité et réduire les temps d’arrêt de vos systèmes d’analyse de production. Les services d’assistance de NVIDIA pour Parabricks incluent :

  • Une communication directe avec les spécialistes techniques et les experts de NVIDIA ;
  • Une aide à l’installation et à l’utilisation de Parabricks Pipelines ;
  • Une réponse rapide et une résolution efficace des problèmes (24h/24, 7j/7) ;
  • Un accès à toutes les versions logicielles, mises à jour de maintenance, corrections de bugs et optimisations de sécurité ;
  • Une assistance immédiate avec des solutions de contournement temporaires pour les bugs confirmés.

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Dans le cadre de notre essai gratuit de 90 jours, vous pouvez configurer Clara Parabricks en 10 minutes seulement. Regardez une courte vidéo pour prendre connaissance d’un didacticiel détaillé, ou apprenez-en plus sur la suite logicielle et ses outils dans la documentation technique de Parabricks.

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