Analyse de bout en bout du séquençage génomique
NVIDIA Clara™ Parabricks fournit de puissantes capacités d’accélération pour les analyses primaires, secondaires et tertiaires des données génomiques, de l’ADN à l’ARN. Cet environnement logiciel clé en main, qui a été conçu pour les laboratoires à haut rendement sur site ou dans le Cloud, s’appuie sur une pile de solutions technologiques que les développeurs peuvent utiliser pour créer des outils de calcul novateurs dédiés à la génomique.
Basée sur le GATK (kit d’outils pour l’analyse génomique) du Broad Institute de Cambridge, NVIDIA Clara Parabricks Pipelines est une suite logicielle prête à l’utilisation et entièrement accélérée par GPU pour :
L’analyse des appels de variante d’ADN à lignée germinale pour la génomique des populations ; L’analyse des appels de variante d’ADN somatique pour la génomique du cancer et la charge tumorale mutationnelle (TMB) ; Les projets de séquençage ARN pour l’analyse unicellulaire relative au transcriptome total ; L’application DeepVariant de Google pour l’analyse des appels de variante avec un réseau de neurones profonds.
Spécialement optimisée pour la vitesse, la précision et l’évolutivité, la suite logicielle Clara Parabricks Pipelines permet de mettre en œuvre les meilleures pratiques d’utilisation avec la version 4.1 de GATK. Elle est entièrement configurable, ce qui permet aux utilisateurs de choisir
Consulter la fiche produit >
Bénéficier d’un essai gratuit d’un mois ›
Obtenir un devis ›
Exécutée sur des GPU NVIDIA A100 Tensor Core, la suite logicielle NVIDIA Clara Parabricks Pipelines offre des performances de calcul sans précédent, ce qui permet de réduire à 23 minutes seulement les délais d’analyse des appels de variante d’ADN à lignée germinale. Grâce à l’accélération GPU, les utilisateurs peuvent également profiter d’une réduction des coûts du Cloud Computing pouvant atteindre 50 % par rapport aux solutions exclusivement basées sur le traitement CPU.
Analyses secondaires de bout en bout de lignée germinale
Données générées avec des ressources publiquement disponibles pour NA 12878 (degré d’optimisation de la couverture de données : 30x). Pour réduire à 23 minutes les délais d’analyse des appels de variante, un système DGX A100 avec 320 Go de mémoire a été utilisé. Les données GATK 4.1 natives ont été générés avec 32 vCPU [Intel Xeon® Platinum 8175M à 3,1 GHz] et 128 Go de RAM.
Vous pouvez configurer Clara Parabricks Pipelines en une dizaine de minutes. Suivez cette vidéo explicative pour commencer à appliquer des processus d’analyse à haut rendement pour vos projets de séquençage ADN et ARN.
Voir la vidéo ›
Consulter la documentation >
NVIDIA Clara Parabricks Pipelines fournit des résultats plus rapidement que les solutions non accélérées par GPU. Découvrez comment l’institut TGEN obtient chaque jour des résultats exploitables qui l’aident à étudier la séquence entière du génome humain avec des cellules saines ou malades afin de déterminer la thérapie la plus efficace et la mieux personnalisée pour chaque patient.
Lire l’étude de cas >
Que ce soit sur site ou dans le Cloud, l’environnement NVIDIA Clara Parabricks Pipelines peut aider les chercheurs à appréhender plus rapidement et plus efficacement les pandémies telles que le COVID-19, de l’évolution virale à la réaction humaine en passant par les critères de vulnérabilité. Apprenez comment.
Voir le webinaire ›
Les services d’assistance relatifs à NVIDIA Clara Parabricks Pipelines vous fournissent une méthode simple et fiable pour améliorer la productivité et réduire les temps d’arrêt de vos systèmes d’analyse de production. Les services d’assistance de NVIDIA pour Parabricks incluent :
Vous possédez déjà un contrat d’assistance actif ?
Connectez-vous au portail d’assistance.
Vous voulez renouveler votre contrat ?
Contactez votre représentant commercial.
Vous avez d’autres questions ?
Envoyez un message à l’adresse parabricks-support@nvidia.com
Le kit d’outils NVIDIA Clara Parabricks, qui regroupe une collection de bibliothèques accélérées par GPU sur l’Edge, d’applications de référence et d’applications open-source, a été conçu pour permettre aux développeurs de mettre en œuvre des workflows optimisés par l’IA pour l’analyse génomique. Ce kit d’outils permet d’améliorer les processus de cartographie, d’alignement et de paramétrage pour l’assemblage génomique de novo et l’optimisation de l'épigénomique unicellulaire.
En savoir plus
La version 3.0 de NVIDIA Clara Parabricks Pipelines, qui offre aux utilisateurs un gain de performance d’environ 30 %, permet d’accéder à un nouveau pipeline d’analyse ARN et de lancer la suite logicielle dans le Cloud sur la plateforme DNAnexus.
En savoir plus ›
Reposant sur les technologies NVIDIA DGX™ et NVIDIA Clara Parabricks, le supercalculateur Artemis étudie le génome des citoyens d’Abou Dabi de manière à améliorer les services de santé dans les Émirats arabes unis.
Lire le blog ›
Suivez toute l’actualité des solutions NVIDIA pour la Santé