Beschleunigtes Computing für die Genomanalyse
Schnelle, genaue und skalierbare Lösungen für bioinformatische Workflows
NVIDIA Parabricks
Beschleunigung der Genomik-Analyse
NVIDIA® Parabricks® ist eine skalierbare Genomik-Softwaresuite für die Sekundäranalyse, die GPU-beschleunigte Versionen von vertrauenswürdigen Open-Source-Tools bietet.
Parabricks ist kompatibel mit führenden Sequenzierungsinstrumenten und kann von Forschern, Bioinformatikern und Datenwissenschaftlern in verschiedenen Bioinformatik-Workflows genutzt werden.
Parabricks erhöht die Geschwindigkeit mit schnelleren Laufzeiten und reduziert die Kosten – bei gleichzeitiger Verbesserung der Genauigkeit und Gewährleistung der Transparenz. Dadurch können Forscher biologische Erkenntnisse und neue Forschungsergebnisse schneller erzielen.
NVIDIA KI-Blueprints
Einfache Bereitstellung von Genomik- und Einzelzelllösungen
NVIDIA AI Blueprints sind leichtgewichtige, einfach bereitstellbare Blueprints für die Genomik- und Einzelzellanalyse.
AI Blueprints wurden für Bioinformatiker und Anbieter von Genomikplattformen entwickelt und ermöglichen es Benutzern, NVIDIA Parabricks und NVIDIA RAPIDS™ – einschließlich RAPIDS-single-cell, das von scverse entwickelt wurde – einfach bereitzustellen und zu testen, ohne dass GPUs oder Bereitstellungen in der Cloud erforderlich sind.
Durch die einfache Evaluierung und Erweiterung der Zugänglichkeit von Bibliotheken für beschleunigte Genomik können Wissenschaftler und Forscher das genomische Verständnis durch eine schnellere Inbetriebnahme vorantreiben.
NVIDIA NIM-Microservices
Optimierung des Abgleichs und des Variantenaufrufs
NVIDIA NIM™ Microservices sind produktionsreife, optimierte und zusammensetzbare Microservices mit FQ2BAM für den Abgleich und DeepVariant für den universellen Variantenaufruf.
Datenwissenschaftler und Entwickler können mit branchenüblichen APIs, die die Erstellung und Bereitstellung von Cloud-nativen Anwendungen erleichtern, auf die neuesten Fortschritte in der generativen KI zugreifen.
Reduzieren Sie zeitaufwendige Analysen. Der produktionsbereite, branchenübliche Abgleich erfolgt in Minuten statt in Stunden. Optimieren Sie außerdem die Leistung des Variantenaufrufs aus verschiedenen Sequenzierungsplattformen.
Zusätzliche Technologien
Erste Schritte
Plattform-Updates
Erhalten Sie Benachrichtigungen über neue Versionen, Fehlerbehebungen, kritische Sicherheitsupdates und mehr für Genomik.
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FAQs
NVIDIA Parabricks ist eine GPU-beschleunigte Software-Suite für die sekundäre Genomanalyse. Parabricks ist mit allen führenden Sequenzierungsinstrumenten kompatibel und unterstützt verschiedene bioinformatische Workflows.
Parabricks erhöht die Geschwindigkeit, senkt die Kosten und verbessert die Genauigkeit für die sekundäre Genomanalyse.
- Erhöhte Geschwindigkeit: Erleben Sie eine 135-mal schnellere Analyse der Ganzgenomsequenzierung (WGS) im Vergleich zu reinen CPU-Lösungen.
- Kostensenkung: Senkung der Rechenkosten für WGS um bis zu 50 % im Vergleich zu reinen CPU-Lösungen.
- Verbessete Genauigkeit: Bereitstellen von hochpräzisem Deep Learning für alle wichtigen Sequenzer.
- Transparenz gewährleisten: Reproduzieren Sie Ergebnisse aus vertrauenswürdigen Open-Source-Tools.
Parabricks ist als öffentlicher Container in NVIDIA NGC™ für die Verwendung vor Ort oder in der Cloud beliebiger Plattformen oder Anbieter verfügbar.
Für Kunden, die Unterstützung für Parabricks benötigen, z. B. in klinischen Arbeitsabläufen, großen Sequenzierungsprojekten, Plattformen mit hohem Durchsatz oder anderen Workflows, die sofortige Hilfe erfordern, bietet NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks kann auf öffentlichen Cloud-Anbietern, Plattformen und Partnern sowie vor Ort ausgeführt werden.
- Öffentliche Cloud-Anbieter: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud und Alibaba Cloud
- Plattformen und Partner: DNAnexus, Seqera, AWS HealthOmics, Terra, Velsera, FormBio und Lifebit
- Vor Ort: NVIDIA DGX™-Systeme, NVIDIA-zertifizierte Server, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos und Supermicro
Parabricks entspricht in seiner Genauigkeit den Open-Source-Tools, sodass Sie von Open-Source-Tools zu Parabricks wechseln und die gleichen Ergebnisse erzielen können. Parabricks beschleunigt jedoch auch diese Tools, sodass Sie Analysen noch schneller ausführen können. Die neuesten Geschwindigkeits-Benchmarks finden Sie in der folgenden Tabelle.
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
Die neuesten Benchmarks für die beliebtesten NVIDIA-GPUs für neueste Unterstützung, höchste Geschwindigkeit und niedrigste Kosten pro Stichprobe.
Ausführungszeit in Minuten.
Parabricks ist als Docker-Image verfügbar und kann vor Ort oder in jeder Cloud-Umgebung ausgeführt werden, in der NVIDIA-GPUs verfügbar sind. Parabricks liefert Ergebnisse, die gängigen Open-Source-Tools entsprechen, sodass es als direkter Ersatz verwendet werden kann, um wichtige Teile bestehender Workflows zu beschleunigen. Es ist zudem vollständig konfigurierbar, sodass Benutzer auswählen können, welche Schritte und Parametereinstellungen ausgeführt werden sollen. Außerdem ist es mit führenden Workflow-Managern wie NextFlow und Cromwell kompatibel.
Bitte kontaktieren Sie uns mit Ihrer Frage und sehen Sie sich im Entwicklerforum die neuesten Beiträge zu Parabricks an.