透過 NVIDIA Clara Parabricks，體驗高輸送量、高精準度的 DNA 與 RNA 定序技術。
使用 NVIDIA Clara™ Parabricks® 支援更快速、更精準的基因體分析。此 GPU 加速的運算基因體應用程式框架，為研究人員、臨床團隊、醫療中心與定序中心提供準確且加速的新一代定序 (NGS) 資料分析，以應用於癌症定序專案、人口研究、RNA 定序及其他許多領域。
高輸送量
每天在單一伺服器上處理多達 60 個完整基因體。
提高準確度
無需犧牲準確度即可縮短返回時間。提供一系列生殖細胞與體細胞識別器。
靈活的流程
設定超過 50 種適用於特定流程或解決應用需求的工具，以建立自訂的加速流程。
速度提升 30 至 60 倍
與僅使用 CPU 的解決方案相比，執行速度提升 30–60 倍，因此運算成本最多可減少 50%。
Clara Parabricks 可以為 FASTQ、二進位對照圖 (BAM)、基因變異儲存格式 (VCF) 等各種應用加速體細胞、生殖細胞與結構變異工作流程的基因體分析。此外，也可利用 50 多種工具，改善定序工具速度和共識讀數鹼基偵測的準確度。
癌症定序
五種體細胞識別器、支援基因檢測套組，以及加強使用分子條碼和獨有分子索引的準確度，讓癌症定序工作流程的速度加快達 40 倍。
全基因體定序
各式各樣的工具將有助於加速全基因體分析的速度高達 60 倍，同時簡化端對端工作流程，包含單核苷酸多態性 (SNP)、插入與缺失 (Indel) 以及結構變異偵測。
外顯子定序
高精準度變異偵測和一整套的生殖細胞與體細胞識別器，讓使用者在 5 分鐘內就能進行外顯子分析。
RNA 定序
提供一系列工具，可加速剪切對照、融合偵測、基因表現量化等各種應用的 RNA 定序。
Clara Parabricks 可加速 FastQ、VCF 等一系列由 NVIDIA A100 Tensor 核心 GPU 硬體配置支援的執行階段。基因體研究人員在執行對照、排序、變異偵測等各個分析工作流程步驟時將可親身體驗加速效能。若使用更多 GPU，將可觀察到其運算時間與只使用 CPU 的系統相比，有近乎線性的成長，速度可提高達 80 倍以上。
30 分鐘內就能分析多達 30 倍以上的完整人類基因體
我們使用 NVIDIA DGX™ A100 320GB 系統進行 NVIDIA 執行階段。所有分析都是以 HG002 瓶中基因體 (GIAB NIST) 執行，定序範圍提升 30 倍，並使用 GATKv4.1.0 HaplotypeCaller 完成變異偵測。
Clara Parabricks 可以同時執行多個生殖細胞識別器以提升精準度，並將偽陽性和/或偽陰性識別的情況降到最低。如同此集合圖 (upset plot) 所示，若同時執行 DeepVariant 與 HaplotypeCaller，DeepVariant 可回報將近 5,000 個 HaplotypeCaller 漏掉的變異。
最常用於參照定序至 30 倍範圍的生殖細胞偵測 HG002 瓶中基因體 (GIAB NIST)。在 AWS 上以 g4dn.12x 大型 GPU 執行資料。
與 CPU 相比，Clara Parabricks 可加速 4 個體細胞識別器的執行階段，將分析速度加速 66 倍。有了 Mutect2 與 Muse，全人類基因體分析所需時間可從 30 小時縮減到 1 小時。Parabricks 軟體套件總共包含 5 個體細胞識別器。
癌症定序加速 66 倍
效能執行階段是以 32vcpu 與 128GB 節點的 CPU 基準執行，Parabricks 執行個體則使用 8 個 NVIDIA V100 Tensor 核心 GPU 與 488GB 節點執行。使用的資料為 50X SEQC-II，LoFreq 指標則使用 30X 資料集。
Clara Parabricks 可以讓您同時享有多種識別器的優點，以改善精準度，並從資料中獲得更多見解。套件共含 5 個體細胞識別器 (MuSE、Mutect2、LoFreq、Strelka2 與 Somatic Sniper)，可用於完整變異偵測。無論是個別執行或同時執行這些識別器，都能找出更多變異，而且速度更快，結果更可靠。
定序品質控制階段 (SEQC-II) 的高信賴區間資料顯示 5 種不同識別器的體細胞變異。在 AWS 上以 g4dn.12x 大型 GPU 執行資料。
執行 NVIDIA Clara Parabricks 最少需要兩個 GPU。本機授權為按 GPU 計價的年度訂閱，可完整運用 NVIDIA Clara Parabricks 軟體套裝中的所有流程。
在一個 NVIDIA DGX™ A100 上執行時，Clara Parabricks 可運用 Broad Institute 的基因體分析工具組 (GATK)，每年分析多達 25,000 個完整基因體 (30 倍涵蓋範圍)。輸送量可線性擴充超過單一 DGX A100 的效能。
在雲端中，時間就是金錢。只需幾分鐘時間，就能從眾多 GPU 執行個體內選出能夠分析基因體的工具。為了方便於 AWS 部署，Clara Parabricks 化身為 Amazon Machine Image (AMI)，以供立即使用。
瞭解 Regeneron 如何使用搭載 Clara Parabricks 的 DeepVariant，產生能夠在整個基因體社群中重現的可擴充、高品質資料。
NBT 使用 NVIDIA DGX A100 與 Clara Parabricks，將完整基因體定序資料處理所需耗費的時間縮短 4 個月，且個別使用者處理時間從 30 小時減少至 1 至 2 小時。
憑藉 NVIDIA Clara Parabricks 與 NVIDIA V100 Tensor 核心 GPU，TGen 將基因體定序分析的速度提高了 6 倍，協助為罹患罕見神經疾病的兒童制定個人治療方案。
聖路易華盛頓大學 (WUSTL) 的 Tychele Turner 將 GPU 步驟與 NVIDIA Clara Parabricks 加以整合，大幅縮短從頭辨識變異所需的時間。
Parabricks 流程支援服務可以讓您輕鬆穩定地提高生產力，並縮短生產環境分析系統的系統停機時間。NVIDIA 為 Parabricks 提供的支援服務包含：
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Clara Parabricks 可於 10 分鐘內完成設定並提供 90 天免費試用。觀看一段簡短介紹影片，或參閱 Parabricks 技術文件，深入瞭解可用的軟體套裝和工具。
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