GPU を活用した分析で、ハイスループットかつ精度の高い DNA および RNA シーケンシングを体験してください。
GPU で高速化する唯一の計算ゲノミクス ツールキット、NVIDIA Clara™ Parabricks® で、より高速で正確なゲノム解析を実現します。シーケンシング センター、臨床チーム、ゲノミクス研究者、次世代シーケンシング機器開発者に高速かつ正確な分析を提供します。
クラス最高のツールでアプリケーションを高速化
ゴールドスタンダードの生殖細胞系列、体細胞、RNA 解析に高速ツールを使用します。
最大 80 倍の高速なパフォーマンス
CPU のみのソリューションに比べて最大 80 倍の高速化を実現し、コンピューティング コストを最大 50% 削減します。
シーケンシング解析の精度が向上
Clara Parabricks と GPU により、ディープラーニングのパワーをゲノム解析に活用できます。
柔軟なワークフローを活用
ワークフロー記述言語 (WDL) と NextFlow でツールを構成し、ワークフローをカスタマイズして作成します。
Clara Parabricks は、計算生物学者や生物情報学者が毎日使用するツールの GPU 対応版を提供します。実行時間の大幅な短縮、ワークフローのスケーラビリティ、計算コストの削減を可能にします。
これにはワークフロー言語とマネージャー (WDL、NextFlow、Cromwell) との完全な互換性が含まれており、GPU や CPU を活用したタスクを簡単に相互接続できます。また、AWS、GCP、Terra、DNAnexus など、簡単なクラウド デプロイをサポートします。
FastQ から Variant Call Format (VCF) まで、Clara Parabricks は NVIDIA A100 Tensor コア GPU を使用して、一連のハードウェア構成でランタイムを高速化します。ゲノム研究者は、アラインメントからソート、バリアント コーリングまで、分析ワークフローのあらゆる段階で高速化を体験できます。使用する GPU が増えた場合、CPU のみのシステムと比較して計算時間がほぼ線形にスケーリングされ、80 倍以上の高速化を実現します。
ヒトのゲノム全体を 30 分未満で 30 倍のカバー率で分析
NVIDIA ランタイムが NVIDIA DGX™ A100 320GB システムで達成されました。すべての解析は HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) で 30 倍のカバレッジでシーケンスされ、GATKv4.1.0 HaplotypeCaller でバリアント コールが行われました。
1 つの NVIDIA DGX™ A100 で実行される Clara Parabricks は、Genomic Analysis Toolkit (GATK) のベスト プラクティスを利用し、年間最大 25,000 本の全ゲノムを解析します (30 倍のカバレッジ)。
クラウドでは、「時は金なり」です。ほんの数分でゲノムを解析できる GPU インスタンスをご用意しています。簡単にデプロイできるよう、複数のクラウド プロバイダーが Clara Parabricks をすぐに使用できるイメージとしてホストしています。
NVIDIA はゲノミクス機器メーカーと協力して、AI 対応のソフトウェア デファインド DNA シーケンサー、空間トランスクリプトーム、その他の -omics デバイスを作成することを可能にし、精度を向上させ、エッジでのリアルタイム分析を可能にします。
Clara Parabricks のハンズオン ラボで NVIDIA エンタープライズ ソリューションにすぐにアクセスし、ゲノム解析を高速化しましょう。
NVIDIA は Broad と協力して GPU 対応 Parabricks を Terra Platform に導入しています。また、AI で高速化するワークフローや大規模言語モデルを最適化し、発見を推進しています。
NBT は NVIDIA DGX A100 と Clara Parabricks を利用し、全ゲノム シーケンシング データ処理を 4 か月短縮し、個別ユーザー処理を 30 時間超からわずか 1 ～ 2 時間に短縮しました。
東京大学の HGC は、NVIDIA Clara Parabricks Pipelines ゲノミクス ソフトウェアを利用し、CPU ベースの環境と比較してゲノム解析を 40 倍高速化する新しいゲノミクス プラットフォームを発表しました。
Regeneron は DeepVariant と Clara Parabricks を利用し、ゲノミクス コミュニティ全体で再生産できるスケーラブルな高品質データを生成しています。
Ultima Genomics は NVIDIA と協力し、AI とアクセラレーテッド コンピューティングで $100 のゲノム シーケンシングを実現しています。
Singular Genomics は NVIDIA と協力し、市場をリードする次世代のシーケンシングおよび解析スピードを実現しています。
Oxford Nanopore は、NVIDIA V100 から A100 テクノロジに、PromethION コンピューティング タワーにアップグレードします。この処理能力の向上により、高精度なベースコールに対応し、超高精度アルゴリズムの能力を大幅に拡張できます。
ある研究者チームが新しい DNA シーケンシング記録 (5 時間 2 分) を達成しました。臨床医は救急治療を受けた患者から採血し、同日中に遺伝子疾患の診断を受けることができるようになります。
スタンフォード大学では、NVIDIA Clara Parabricks と DeepVariant の GPU 対応の実装を統合することで、ランタイムを大幅に削減しています。
Purdue の研究者は、病原体のゲノム バリアントを識別するための GPU アクセラレーテッド コンピューティング フレームワークのパフォーマンスと精度を評価する研究を完了しました。
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