NVIDIA Clara Parabricks

エンドツーエンドのゲノム配列解析

DNA から RNA まで、NVIDIA Clara™ Parabricks は、ゲノム データの 1 次解析、2 次解析、3 次解析をパワフルに加速します。これを行うのがオンプレミスとクラウドのハイスループット ラボのために設計されたすぐに使えるソフトウェアと、開発者がゲノミクスのためのパワフルな計算ツールを開発することを可能にするテクノロジ スタックです。

ゲノム解析を加速する

  • ハイスループット ラボ向け
  • 開発者向け
Clara Parabricks Pipelines

Clara Parabricks Pipelines

ブロード研究所のゲノム解析ツールキット (GATK) をベースした NVIDIA Clara Parabricks Pipelines は、すぐに実行できる GPU 活用ソフトウェア スイートです。以下の用途に対応しています。:

集団ゲノム解析における 生殖細胞系 DNA バリアント コーリング
がんゲノム解析と腫瘍遺伝子変異量 (TMB) のための 体細胞 DNA バリアント コーリング
完全長トランスクリプトームや単一細胞解析などの RNA シーケンシング プロジェクト
ディープ ニューラル ネットワークを用いたバリアント コーリングを実現する Google の DeepVariant

Clara Parabricks Pipelines は速度、精度、拡張性に最適化されており、GATK4.1 のベスト プラクティスを実行可能です。また設定の自由度が高く、ユーザーはパイプラインで実行するステップ、パラメーター設定、バージョンを選択することができます。

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二次解析の圧倒的なパフォーマンスとスループット

NVIDIA A100 Tensor コア GPU で実行される Clara Parabricks Pipelines はかつてないパフォーマンスを実現し、生殖細胞系 DNA バリアント コーリングの場合、解析時間が 23 分にまで短縮されます。また、GPU アクセラレーションにより、CPU のみのソリューションと比較して、クラウド コンピューティングのコストを最大 50% 削減できます。

パフォーマンスの比較

生殖細胞系のエンドツーエンド二次解析のパフォーマンス

Clara Parabricks Pipelines を使用する理由

導入が簡単

Clara Parabricks Pipelines のセットアップは 10 分で完了します。こちらのビデオでは手順を段階ごとに説明しています。DNA や RNA のシーケンシング プロジェクトでハイスループットの解析を体験してください。

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診断時間を短縮。治療結果を改善。

Clara Parabricks Pipelines では、GPU アクセラレーションを使用しないソリューションよりも短時間で結果を得られます。TGEN では、同じ日の結果を利用して健康な細胞と病気の細胞のゲノム配列をすべて調査し、患者の 1 人 1 人に合わせた、最も効果的な治療法を効率的に決定しています。その方法をご覧ください。

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ゲノム解析情報の質の改善

クラウドまたはオンプレミスで運用される Clara Parabricks Pipelines は、COVID-19 のようなウイルスの世界的流行について、ウイルスの進化から人間の反応や感染のし易さまで、短期間で分析できます。その方法をご覧ください。

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Clara Parabricks Pipelines 導入事例

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thailand-population-genome-program
personalis
tgen
institute-of-medical-science-university-of-tokyo
national-taiwan-university-hospital

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Clara Parabricks サポート

Parabricks Pipelines サポート サービスは、本稼働解析システムの生産性を高めシステム ダウンタイムを短縮する、簡単で信頼できる方法を提供しています。NVIDIA Parabricks サポート サービスの内容:

  • NVIDIA のテクニカル エキスパートや各分野のエキスパートと直接コミュニケーション
  • Parabricks Pipelines のインストールと使用に関するヘルプ
  • 迅速な応答と問題解決 (24 時間 365 日のリモート サポート対応)
  • すべてのソフトウェア アップグレード、メンテナンス リリース、バグ修正、セキュリティ パッチの利用権限
  • 確認されたバグの一時的回避方法に関するヘルプ

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parabricks-support@nvidia.com にお問い合わせください

Clara Parabricks ツールキット

Clara Parabricks ツールキット

GPU 高速化エッジ ライブラリ、リファレンス アプリケーション、オープンソース アプリケーションの集合である NVIDIA Clara Parabricks ツールキットは、ゲノム解析のために AI 支援ワークフローを構築する開発者向けに設計されています。このツールキットを利用すると、開発者は de novo ゲノム アセンブリのマッピング、調整、精度向上の最適化や、単一細胞エピゲノミクスの分解能が高まります。

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