NVIDIA Clara Parabricks

エンドツーエンドのゲノム配列解析

DNA から RNA まで、NVIDIA Clara™ Parabricks は、ゲノム データの 1 次解析、2 次解析、3 次解析をパワフルに加速します。これを行うのがオンプレミスとクラウドのハイスループット ラボのために設計されたすぐに使えるソフトウェアと、開発者がゲノミクスのためのパワフルな計算ツールを開発することを可能にするテクノロジ スタックです。

ゲノム解析を加速する

  • ハイスループット ラボ向け
  • 開発者向け
Clara Parabricks Pipelines

Clara Parabricks Pipelines

Broad Institute の Genome Analysis Toolkit (GATK) に基づき、NVIDIA Clara Parabricks Pipelines は、GPU による高速化に対応した、すぐに実行できるソフトウェア スイートです。集団ゲノム解析のための DNA 生殖細胞バリアント コーリング、癌ゲノム解析のための DNA 体細胞バリアント コーリング、全体トランスクリプトームから単一細胞解析までの RNA シーケンシング プロジェクトに利用できます。

Clara Parabricks Pipelines は速度、精度、スケーラビリティに最適化されており、GATK4.1 のベストプラクティスを実行可能です。また設定の自由度が高く、ユーザーはパイプラインで実行するステップ、パラメーター設定、バージョンを選択することができます。

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2 次解析の圧倒的なパフォーマンスとスループット

NVIDIA A100 Tensor コア GPU で実行される Clara Parabricks Pipelines は前例のないパフォーマンスを実現し、DNA 生殖細胞バリアント コーリングの場合、解析時間が 20 分まで短縮されます。また、GPU による高速化で、CPU のみのソリューションと比較して、クラウドの計算処理コストを最大 50% 削減できます。

GPU vs. CPU-Only Performance

Clara Parabricks Pipelines を使用する理由

導入が簡単

Clara Parabricks Pipelines のセットアップは 10 分で完了します。こちらのビデオでは手順を段階ごとに説明しています。DNA や RNA のシーケンシング プロジェクトでハイスループットの解析を体験してください。

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診断時間を短縮。治療結果を改善。

Clara Parabricks Pipelines では、GPU アクセラレーションを使用しないソリューションよりも短時間で結果を得られます。TGEN では、同じ日の結果を利用して健康な細胞と病気の細胞のゲノム配列をすべて調査し、患者の 1 人 1 人に合わせた、最も効果的な治療法を効率的に決定しています。その方法をご覧ください。

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ゲノム解析情報の質の改善

クラウドまたはオンプレミスで運用される Clara Parabricks Pipelines は、COVID-19 のようなウイルスの世界的流行について、ウイルスの進化から人間の反応や感染のし易さまで、短期間で分析できます。その方法をご覧ください。

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Clara Parabricks Pipelines 導入事例

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thailand-population-genome-program
personalis
tgen
institute-of-medical-science-university-of-tokyo
national-taiwan-university-hospital

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Clara Parabricks ツールキット

Clara Parabricks ツールキット

GPU 高速化エッジ ライブラリ、リファレンス アプリケーション、オープンソース アプリケーションの集合である NVIDIA Clara Parabricks ツールキットは、ゲノム解析のために AI 支援ワークフローを構築する開発者向けに設計されています。このツールキットを利用すると、開発者は de novo ゲノム アセンブリのマッピング、調整、精度向上の最適化や、単一細胞エピゲノミクスの分解能が高まります。

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ニュース

新しい機能。高速化。

NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 3.0 の最新版がリリースされ、パフォーマンスが 30% 向上したほか、新しい RNA 解析パイプラインへのアクセス、クラウドの DNAnexus プラットフォームでソフトウェア スイートを起動できます。

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Artemis Supercomputer が集団ゲノム解析と COVID-19 に挑む

NVIDIA DGX™ と NVIDIA Clara Parabricks を利用する Artemis Supercomputer は、アブダビ居住者のゲノムをより深く分析し、国内のヘルスケアを改善するために活用されています。

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