Durchgehende Genomsequenzanalyse
Von DNA bis RNA, NVIDIA Clara™ Parabricks bietet leistungsstarke Beschleunigung für primäre, sekundäre und tertiäre Analysen der Genomdaten. Dabei handelt es sich um eine schlüsselfertige Software, die für lokale Systeme oder Cloud-Systeme in Laboren mit hohem Durchsatz entwickelt wurde, und ein Technologie-Stack, mit dem Entwickler leistungsfähige Berechnungstools für die Genomik erstellen können.
NVIDIA Clara Parabricks Pipelines basiert auf dem „Genome Analysis Toolkit (GATK)“ des Broad Institute und ist eine direkt einsetzbare, grafikprozessorbeschleunigte Software-Suite für die Bestimmung von DNA-Keimbahnvarianten in der Bevölkerungsgenomik, die Bestimmung der DNA-somatischen Variante in der Krebsgenomik und RNA-Sequenzierungsprojekte vom ganzen Transkriptom bis zur Einzelzellanalyse.
Die für Geschwindigkeit, Genauigkeit und Skalierbarkeit optimierten Clara Parabricks-Pipelines können die GATK4.1-Best-Practices ausführen und sind vollständig konfigurierbar, sodass die Nutzer auswählen können, welche Schritte, Parametereinstellungen und Versionen der Pipeline ausgeführt werden sollen.
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Clara Parabricks-Pipelines laufen auf NVIDIA A100 Tensor-Recheneinheiten-GPUs, bieten eine bisher unerreichte Leistung und reduzieren die Analysezeiten für die Bestimmung der DNA-Keimbahnvariante auf 20 Minuten. Dank der GPU-Beschleunigung profitieren Nutzer von um bis zu 50 Prozent geringeren Cloud-Computing-Kosten im Vergleich zu reinen CPU-Lösungen.
Die Leistung von Grafikprozessor und reinem Hauptprozessor im Vergleich
Die Leistung von sekundären durchgängigen Keimbahnanalysen
Clara Parabricks-Pipelines lassen sich innerhalb von 10 Minuten einrichten. Sehen Sie sich dieses Schritt-für-Schritt-Anleitungsvideo an und erleben Sie die Analyse mit hohem Durchsatz für DNA- und RNA-Sequenzierungsprojekte.
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Clara Parabricks-Pipelines liefern Ergebnisse schneller als nicht GPU-beschleunigte Lösungen. Erfahren Sie, wie TGEN mithilfe von Ergebnissen am selben Tag die gesamte Genomsequenz gesunder und kranker Zellen untersucht, um die effektivste Therapie zu bestimmen, die für jeden Patienten individualisiert wird.
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Clara Parabricks-Pipelines, die in der Cloud oder lokal ausgeführt werden, können Forschern dabei helfen, virale Pandemien wie COVID-19 schneller zu verstehen – von der Entwicklung des Virus über die menschliche Reaktion bis hin zur menschlichen Anfälligkeit. Erfahren Sie mehr darüber.
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Das NVIDIA Clara Parabricks-Toolkit ist eine Sammlung grafikprozessorbeschleunigter Edge-Bibliotheken, Referenzanwendungen sowie Open-Source-Anwendungen. Es wurde für Entwickler entworfen, die KI-gestützte Workflows für die Genomanalyse erstellen. Mit dem Toolkit können sie die Zuordnung, die Ausrichtung und die Aufbereitung für neue Genomassemblierungen optimieren und die Auflösung einzelliger Epigenomen verbessern.
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Mit der neuesten Version von NVIDIA Clara Parabricks-Pipelines 3.0 können Nutzer von einer Leistungssteigerung von 30 Prozent profitieren, auf eine neue RNA-Analyse-Pipeline zugreifen und die Software-Suite in der Cloud auf der DNAnexus-Plattform starten.
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Der von NVIDIA DGX™ und NVIDIA Clara Parabricks gestützte Supercomputer von Artemis wird eingesetzt, um die Genome der Bürger von Abu Dhabi besser zu verstehen und das Gesundheitswesen des Landes zu verbessern.
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