Beschleunigte Genomsequenzierungsanalyse

Erleben Sie mit grafikprozessorbeschleunigten Analysen DNA- sowie RNA-Sequenzierung mit hohem Durchsatz und hoher Genauigkeit.

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Erleben Sie schnellere und genauere Genomanalysen mit NVIDIA Clara™ Parabricks®, dem einzigen GPU-beschleunigten Computational Genomics-Toolkit, das genaue und schnelle Analysen für Sequenzierungszentren, klinische Teams, Genomforscher und Entwickler hochmoderner Sequenzierungsgeräte ermöglicht. 

Dokument anzeigen: Parabricks-Produktblatt (PDF 304 kB)
Wichtigste Anwendungen

Beschleunigen Sie Anwendungen mit erstklassigen Tools.

Nutzen Sie beschleunigte Tools, die dem Goldstandard für schnelle Keimbahn-, somatische und RNA-Analysen entsprechen.

Bis zu 80-mal schneller

Erhalten Sie eine bis zu 80-mal schnellere Leistung.

Erleben Sie bis eine zu 80-fache Beschleunigung gegenüber reinen CPU-Lösungen, wodurch die Rechenkosten um bis zu 50 Prozent gesenkt werden.

Erhöhte Genauigkeit

Verbessern Sie die Genauigkeit bei der Sequenzierungsanalyse.

Nutzen Sie das Potenzial von Deep Learning für Ihre Genomanalyse mit Clara Parabricks und GPUs.

Flexible Workflows

Profitieren Sie von flexiblen Workflows.

Erstellen Sie benutzerdefinierte Workflows, indem Sie Tools in der Workflow Description Language (WDL) und in NextFlow konfigurieren.

Beschleunigen Sie die Genomanalyse von Anfang bis Ende.

Verwenden Sie Goldstandard-Tools.

Clara Parabricks bietet GPU-beschleunigte Versionen von Tools, die täglich von Systembiologen und Bioinformatikern verwendet werden, was deutlich schnellere Laufzeiten, eine bessere Skalierbarkeit der Arbeitsabläufe und geringere Rechenkosten ermöglicht.

Dies beinhaltet eine vollständige Kompatibilität mit Workflow-Sprachen und -Managern (WDL, NextFlow, Cromwell), um GPU- und CPU-gestützte Aufgaben einfach zu verbinden, sowie Unterstützung für eine einfache Cloud-Bereitstellung (AWS, GCP, Terra und DNAnexus).

FASTQ zu Binary Alignment Map (BAM) zu VCF

Erleben Sie unübertroffene Leistung.

Von FastQ bis hin zu Variant Call Format (VCF) beschleunigt Clara Parabricks Laufzeiten über eine Reihe von Hardwarekonfigurationen hinweg mit NVIDIA A100 Tensor-Recheneinheiten. Genomforscher können die Beschleunigung in jedem Schritt ihrer Analyse-Workflows erleben, von der Ausrichtung über die Sortierung bis hin zu Variantenaufrufen. Wenn mehr Grafikprozessoren verwendet werden, wird eine nahezu lineare Skalierung der Rechenzeiten im Vergleich zu reinen CPU-Systemen beobachtet, was eine 80-fache Beschleunigung ermöglicht.

Analyse eines gesamten menschlichen Genoms mit 30-facher Abdeckung in weniger als 30 Minuten

NVIDIA-Laufzeiten wurden auf einem NVIDIA DGX™ A100-System mit 320 GB erreicht. Alle Analysen wurden mit HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) durchgeführt und mit 30-facher Abdeckung sequenziert, mit Variantenaufrufen, die mit dem HaplotypeCaller GATKv4.1.0 durchgeführt wurden.

Nehmen Sie Bereitstellungen vor Ort, in der Cloud und in der Peripherie vor.

NVIDIA DGX A100

Entwickeln Sie vor Ort.

Clara Parabricks läuft auf einer NVIDIA DGX™ A100  und analysiert mit den bewährten Methoden des Genomic Analysis Toolkit (GATK) bis zu 25.000 komplette Genome pro Jahr (30-fache Abdeckung) und skaliert linear über eine einzelne DGX A100 hinaus.

Erfahren Sie mehr über DGX A100
Parabricks-Whitepaper lesen

Bereitstellung in der Cloud.

In der Cloud ist Zeit Geld. Wählen Sie aus einer Reihe von GPU-Instanzen, die Genome in wenigen Minuten analysieren können. Für eine einfache Bereitstellung hosten mehrere Cloud-Anbieter Clara Parabricks als gebrauchsfertiges Image für die sofortige Verwendung.

Erkunden Sie den AWS Marketplace
Entdecken Sie die Google Cloud Platform (GCP)
Entdecken Sie Terra
Bereitstellung in der Cloud.
Bringen Sie KI an den Edge.

Bringen Sie KI an den Edge.

Wir arbeiten mit Herstellern von Genomikinstrumenten zusammen, um KI-fähige, softwaredefinierte DNA-Sequenzer, räumliche Transkriptomik- und andere Geräte zu entwickeln, die die Genauigkeit verbessern und Echtzeit-Analysen vor Ort ermöglichen.

Wenden Sie sich an das NVIDIA-Genomik-Team, um mehr zu erfahren

Beschleunigen Sie Ihre KI-Reise mit NVIDIA LaunchPad.

Erhalten Sie sofortigen Zugriff auf NVIDIA-Unternehmenslösungen mit kostenlosen Praxis-Kursen zu Clara Parabricks für beschleunigte Genomanalysen.

Jetzt starten

Auswirkungen in der realen Welt erzielen.

  • Analyse in großem Maßstab
  • In Sequenzern und Geräten
  • Für modernste Forschung
DeepVariant mit Clara Parabricks

Das Broad Institute

NVIDIA arbeitet mit Broad zusammen, um GPU-beschleunigte Parabricks auf die Terra-Plattform zu bringen und zusätzlich KI-beschleunigte Workflows und große Sprachmodelle zu optimieren, um die Entdeckungen voranzutreiben.

Ankündigung lesen
Die National Biobank of Thailand beschleunigt Entdeckungen im Bereich Genomik

Nationale Biobank von Thailand (NBT)

Die NBT reduzierte mit NVIDIA DGX A100 und Clara Parabricks die gesamte Genomsequenzdatenverarbeitung um vier Monate und die individuelle Nutzerverarbeitungszeit von über 30 Stunden auf nur 1 bis 2 Stunden.

Zum Artikel
Translational Genomics Research Institute (TGen)

Das Human Genome Center (HGC)

Das HGC an der University of Tokyo kündigte eine neue Genomikplattform an, um die Genomanalyse im Vergleich zu einer CPU-basierten Umgebung mit der Genomik-Software NVIDIA Clara Parabricks Pipelines um das 40-Fache zu beschleunigen. 

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Translational Genomics Research Institute (TGen)

Regeneron Genetics Center

Regeneron verwendet DeepVariant mit Clara Parabricks, um skalierbare, qualitativ hochwertige Daten zu generieren, die in der gesamten Genomik-Community reproduziert werden können.

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Zusammenarbeit von Ultima Genomics und NVIDIA

Ultima

Ultima Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um Genomsequenzierung mit KI und beschleunigtem Computing für 100 $ anzubieten.

Ankündigung lesen
Zusammenarbeit von Singular Genomics und NVIDIA

Singular

Singular Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um marktführende Sequenzierungs- und Analysegeschwindigkeiten der nächsten Generation zu liefern.

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MinIT-Gerät mit NVIDIA AGX

Oxford Nanopore

Oxford Nanopore rüstet seinen PromethION-Rechenturm auf – von der NVIDIA V100- auf die A100-Technologie. Diese Steigerung der Verarbeitungsleistung ermöglicht es dem Unternehmen, mit dem hochpräzisen Basecalling Schritt zu halten und die Kapazität für supergenaue Algorithmen erheblich zu erweitern.

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Guinness-Weltrekord für schnellste DNA-Sequenzierung verliehen
Bild: Steve Fisch, mit freundlicher Genehmigung der Stanford University.

Guinness-Weltrekord

Ein Forscherteam hat einen neuen Rekord bei der DNA-Sequenzierung aufgestellt: Es dauerte nur fünf Stunden und zwei Minuten. In dieser Zeit können Ärzte Intensivpatienten Blut entnehmen und noch am selben Tag die Diagnose einer genetischen Störung stellen.

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Superschnelle Nanopore-Genomsequenzierung in der Intensivmedizin

Stanford University, Google und Oxford Nanopore

Stanford hat durch die Integration der GPU-beschleunigten Implementierung von DeepVariant, die mit NVIDIA Clara Parabricks verfügbar ist, eine beträchtliche Laufzeitverkürzung erreicht.

Zum Artikel
Paper lesen
GPU-beschleunigtes Compute-Frameworks für genomische Varianten von Pathogenen

Purdue University

Forscher bei Purdue haben eine Studie durchgeführt, die die Leistung und Genauigkeit eines GPU-beschleunigten Computing-Frameworks für die Identifizierung von genomischen Varianten von Pathogenen bewertet.

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Erste Schritte mit Clara Parabricks.

Verwenden Sie NVIDIA Clara Parabricks noch heute kostenlos.

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Dokumentation
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Workflows
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