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Beschleunigte Genomsequenzierungsanalyse

Erleben Sie mit grafikprozessorbeschleunigten Analysen DNA- sowie RNA-Sequenzierung mit hohem Durchsatz und hoher Genauigkeit.

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Erleben Sie schnellere und genauere Genomanalysen mit NVIDIA Clara^™ Parabricks®, dem einzigen GPU-beschleunigten Computational Genomics-Toolkit, das genaue und schnelle Analysen für Sequenzierungszentren, klinische Teams, Genomforscher und Entwickler hochmoderner Sequenzierungsgeräte ermöglicht.

Dokument anzeigen: Parabricks-Produktblatt (PDF 304 kB)

Beschleunigen Sie Anwendungen mit erstklassigen Tools.

Nutzen Sie beschleunigte Tools, die dem Goldstandard für schnelle Keimbahn-, somatische und RNA-Analysen entsprechen.

Erhalten Sie eine bis zu 80-mal schnellere Leistung.

Erleben Sie bis eine zu 80-fache Beschleunigung gegenüber reinen CPU-Lösungen, wodurch die Rechenkosten um bis zu 50 Prozent gesenkt werden.

Verbessern Sie die Genauigkeit bei der Sequenzierungsanalyse.

Nutzen Sie das Potenzial von Deep Learning für Ihre Genomanalyse mit Clara Parabricks und GPUs.

Profitieren Sie von flexiblen Workflows.

Erstellen Sie benutzerdefinierte Workflows, indem Sie Tools in der Workflow Description Language (WDL) und in NextFlow konfigurieren.

Beschleunigen Sie die Genomanalyse von Anfang bis Ende.

Verwenden Sie Goldstandard-Tools

Clara Parabricks bietet GPU-beschleunigte Versionen von Tools, die täglich von Systembiologen und Bioinformatikern verwendet werden, was deutlich schnellere Laufzeiten, eine bessere Skalierbarkeit der Arbeitsabläufe und geringere Rechenkosten ermöglicht.

Das Toolkit beinhaltet eine vollständige Kompatibilität mit Workflow-Sprachen und -Managern (WDL, NextFlow, Cromwell), um GPU- und CPU-gestützte Aufgaben einfach zu verbinden, sowie Unterstützung für eine einfache Cloud-Bereitstellung (AWS, GCP, Terra und DNAnexus).

FASTQ zu Binary Alignment Map (BAM) zu VCF

Erleben Sie unübertroffene Leistung

Von FastQ bis hin zu Variant Call Format (VCF) beschleunigt Clara Parabricks Laufzeiten über eine Reihe von Hardwarekonfigurationen hinweg mit NVIDIA A100 Tensor-Recheneinheiten. Genomforscher können die Beschleunigung in jedem Schritt ihrer Analyse-Workflows erleben, von der Ausrichtung über die Sortierung bis hin zu Variantenaufrufen. Wenn mehr Grafikprozessoren verwendet werden, wird eine nahezu lineare Skalierung der Rechenzeiten im Vergleich zu reinen CPU-Systemen beobachtet, was eine 80-fache Beschleunigung ermöglicht.

Analyse eines gesamten menschlichen Genoms mit 30-facher Abdeckung in weniger als 30 Minuten

NVIDIA-Laufzeiten wurden auf einem NVIDIA DGX™ A100-System mit 320 GB erreicht. Alle Analysen wurden mit HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) durchgeführt und mit 30-facher Abdeckung sequenziert, mit Variantenaufrufen, die mit dem HaplotypeCaller GATKv4.1.0 durchgeführt wurden.

Erste Schritte mit NVIDIA Clara Parabricks.

Finden Sie den richtigen Weg für sich.

Forschung

NVIDIA Clara Parabricks ist als Set von Containern und vortrainierten Modellen von NVIDIA NGC erhältlich. Laden Sie NVIDIA Clara Parabricks herunter und sehen Sie sich Dokumentationen und Workflows für die ersten Schritte an.

Enterprise

Nutzen Sie NVIDIA Clara Parabricks mit NVIDIA AI Enterprise-Software, um umfassenden Zugang zu Unternehmenssupport zu erhalten, der garantierte Reaktionszeiten, vorrangige Sicherheitsbenachrichtigungen und KI-Experten von NVIDIA bietet. Weitere Informationen erhalten Sie beim Vertrieb.

Weitere Informationen

Nehmen Sie Bereitstellungen vor Ort, in der Cloud und in der Peripherie vor

Entwickeln Sie vor Ort

Clara Parabricks läuft auf einer NVIDIA DGX™ A100 und analysiert mit den bewährten Methoden des Genomic Analysis Toolkit (GATK) bis zu 25.000 komplette Genome pro Jahr (30-fache Abdeckung) und skaliert linear über eine einzelne DGX A100 hinaus.

Erfahren Sie mehr über DGX A100

Parabricks-Whitepaper lesen

Bereitstellung in der Cloud

In der Cloud ist Zeit Geld. Wählen Sie aus einer Reihe von GPU-Instanzen, die Genome in wenigen Minuten analysieren können. Für eine einfache Bereitstellung hosten mehrere Cloud-Anbieter Clara Parabricks als gebrauchsfertiges Image für die sofortige Verwendung.

Erkunden Sie den AWS Marketplace

Entdecken Sie die Google Cloud Platform (GCP)

Entdecken Sie Terra

Bringen Sie KI an den Edge

Wir arbeiten mit Herstellern von Genomikinstrumenten zusammen, um KI-fähige, softwaredefinierte DNA-Sequenzer, räumliche Transkriptomik- und andere Geräte zu entwickeln, die die Genauigkeit verbessern und Echtzeit-Analysen vor Ort ermöglichen.

Wenden Sie sich an das NVIDIA-Genomik-Team, um mehr zu erfahren

Beschleunigen Sie Ihre KI-Entwicklung mit NVIDIA LaunchPad

Erhalten Sie sofortigen Zugriff auf NVIDIA-Unternehmenslösungen mit kostenlosen Praxis-Kursen zu Clara Parabricks für beschleunigte Genomanalysen.

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Auswirkungen in der realen Welt erzielen

Analyse in großem Maßstab
In Sequenzern und Geräten
Für modernste Forschung

NVIDIA arbeitet mit Forschern des Broad Institute zusammen

Das Broad Institute

NVIDIA arbeitet mit Broad zusammen, um GPU-beschleunigte Parabricks auf die Terra-Plattform zu bringen und zusätzlich KI-beschleunigte Workflows und große Sprachmodelle zu optimieren, um die Entdeckungen voranzutreiben.

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Die National Biobank of Thailand beschleunigt Entdeckungen im Bereich Genomik

Nationale Biobank von Thailand (NBT)

Die NBT reduzierte mit NVIDIA DGX A100 und Clara Parabricks die gesamte Genomsequenzdatenverarbeitung um vier Monate und die individuelle Nutzerverarbeitungszeit von über 30 Stunden auf nur 1 bis 2 Stunden.

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Translational Genomics Research Institute (TGen)

Das Human Genome Center (HGC)

Das HGC an der University of Tokyo kündigte eine neue Genomikplattform an, um die Genomanalyse im Vergleich zu einer CPU-basierten Umgebung mit der Genomik-Software NVIDIA Clara Parabricks Pipelines um das 40-Fache zu beschleunigen.

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Nachweis der Leistung von GPUs im Bereich der Genomik

Regeneron Genetics Center

Regeneron verwendet DeepVariant mit Clara Parabricks, um skalierbare, qualitativ hochwertige Daten zu generieren, die in der gesamten Genomik-Community reproduziert werden können.

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Ultima

Ultima Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um Genomsequenzierung mit KI und beschleunigtem Computing für 100 $ anzubieten.

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Singular

Singular Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um marktführende Sequenzierungs- und Analysegeschwindigkeiten der nächsten Generation zu liefern.

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Oxford Nanopore

Oxford Nanopore rüstet seinen PromethION-Rechenturm auf – von NVIDIA V100 Tensor Core-GPUs auf A100-GPUs. Diese Steigerung der Verarbeitungsleistung ermöglicht es dem Unternehmen, mit dem hochpräzisen Basecalling Schritt zu halten und die Kapazität für supergenaue Algorithmen erheblich zu erweitern.

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Bild: Steve Fisch, mit freundlicher Genehmigung der Stanford University.

Guinness-Weltrekord

Ein Forscherteam hat einen neuen Rekord bei der DNA-Sequenzierung aufgestellt: Es dauerte nur fünf Stunden und zwei Minuten. In dieser Zeit können Ärzte Intensivpatienten Blut entnehmen und noch am selben Tag die Diagnose einer genetischen Störung stellen.

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Superschnelle Nanopore-Genomsequenzierung in der Intensivmedizin

Stanford University, Google und Oxford Nanopore

Stanford hat durch die Integration der GPU-beschleunigten Implementierung von DeepVariant, die mit NVIDIA Clara Parabricks verfügbar ist, eine beträchtliche Laufzeitverkürzung erreicht.

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Paper lesen

GPU-beschleunigtes Compute-Framework für genomische Varianten von Pathogenen

Purdue University

Forscher bei Purdue haben eine Studie durchgeführt, die die Leistung und Genauigkeit eines GPU-beschleunigten Computing-Frameworks für die Identifizierung von genomischen Varianten von Pathogenen bewertet.

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