Die NVIDIA-Software-Suite Clara™ für Genomik bietet beispiellose Geschwindigkeit und Genauigkeit in der Präzisionsgenomik.
Verkürzen Sie die Zeit bis zur Entdeckung und Identifizierung von Behandlungen mit optimierten Workflows erheblich.
Verwandeln Sie den Zeitaufwand für aufwändige Analysen von Tagen auf Minuten und revolutionieren Sie die Geschwindigkeit, Genauigkeit und den Durchsatz von Genomik-Workflows.
Optimieren Sie das Alignment, die Verarbeitung und das Varianten-Calling ganzer Genome und Exome sowohl für Keimbahn- als auch somatische Workflows.
Der Genomikmarkt umfasst verschiedene Methoden, die ein breites Anwendungsspektrum in der Medikamentenentwicklung, Präzisionsmedizin, Bevölkerungsgesundheitsstudien und der klinischen Diagnostik abdecken. Die Genomiklandschaft ist vielfältig und umfasst Forschungseinrichtungen, Gesundheitseinrichtungen, Sequenzierungs-Diagnosezentren, nationale Programme, Pharmazeutika und Techbios, die alle eine wesentliche Rolle bei der Entdeckung der Genomik spielen. Schnellere Analysen führen zu schnelleren Diagnosen, personalisierten Behandlungen und einer optimierten Medikamentenentwicklung, was Zeit und Ressourcen spart, gleichzeitig die Patientenversorgung verbessert und datengestützte Entscheidungen in Echtzeit ermöglicht.
Die Short-Read-Sequenzierung generiert kurze DNA-Sequenzen und wird für ihre Geschwindigkeit und Erschwinglichkeit geschätzt. NVIDIA® Parabricks® beschleunigt erstklassige sekundäre Analysetools, vom Alignment bis hin zum Varianten-Calling, und ermöglicht so eine schnelle Analyse von Short-Read-Sequenzdaten. Diese Tools können mit Daten von Element-, Illumina-, MGI-, Singular-, Thermo Fisher- und Ultima-Sequenzern verwendet werden.
Long-Read-Sequenzierung ist entscheidend für die Identifizierung struktureller Varianten und kann verwendet werden, um Genome aus mehreren Proben zusammenzusetzen, was die Erforschung der genetischen Vielfalt in Populationen vorantreiben kann. NVIDIA Parabricks beschleunigt erstklassige sekundäre Analysetools für Basecalling, Alignment und Variant Calling und ermöglicht so eine schnelle Analyse von Long-Read-Sequenzdaten. Diese Tools können mit Daten von Oxford Nanopore- und PacBio-Long-Read-Sequenzern verwendet werden.
NVIDIA RAPIDS™ beschleunigt Single-Cell-Workflows für die Datenverarbeitung und Visualisierung mit einem ähnlichen Usability-Modell wie die Python-Bibliotheken von scverse. cunnData stellt eine minimierte, schlanke Version des AnnData-Objekts für die Grafikkarte bereit, die eine schnelle Datenmanipulation und -verarbeitung ermöglicht, die RAPIDS cuGraph und cuML-Bibliotheken dann nachgelagert analysieren können.
NVIDIA Parabricks bietet grafikkartenbeschleunigte Versionen von Tools, die täglich von Systembiologen und Bioinformatikern verwendet werden, was deutlich schnellere Laufzeiten, eine bessere Skalierbarkeit der Arbeitsabläufe und geringere Rechenkosten ermöglicht.
RAPIDS ist eine Suite von Open-Source-Bibliotheken, die durch Grafikkartenbeschleunigung End-to-End-Workflows für die Datenwissenschaft beschleunigen können. RAPIDS ermöglicht die Durchführung interaktiver Datenanalysen großer Datensätze mithilfe von Python-APIs.
NVIDIA Parabricks ist als Set von Containern und vortrainierten Modellen auf NVIDIA NGC™ und DGX™ Cloud erhältlich. Mit dem Kauf von NVIDIA AI Enterprise erhalten Sie vollen Zugang zum Unternehmenssupport, einschließlich garantierter Reaktionszeiten, vorrangiger Sicherheitsbenachrichtigungen und Zugang zu Parabricks-Experten.
NVIDIA arbeitet mit Broad zusammen, um grafikkartenbeschleunigte Parabricks auf die Terra-Plattform zu bringen und zusätzlich KI-beschleunigte Workflows und große Sprachmodelle zu optimieren, um Entdeckungen voranzutreiben.
Die NBT reduzierte mit NVIDIA DGX A100 und NVIDIA Parabricks die gesamte Verarbeitung von Genomsequenzdaten um vier Monate und die individuelle Nutzerverarbeitungszeit von über 30 Stunden auf nur 1 bis 2 Stunden.
Das HGC an der University of Tokyo kündigte eine neue Genomikplattform an, um die Genomanalyse im Vergleich zu einer CPU-basierten Umgebung mit der Genomik-Software NVIDIA Parabricks Pipelines um das 40-Fache zu beschleunigen.
Regeneron verwendet DeepVariant mit NVIDIA Parabricks, um skalierbare, qualitativ hochwertige Daten zu generieren, die in der gesamten Genomik-Community reproduziert werden können.
Ultima Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um Genomsequenzierung mit KI und beschleunigtem Computing für 100 $ anzubieten.
Singular Genomics arbeitet mit NVIDIA zusammen, um marktführende Sequenzierungs- und Analysegeschwindigkeiten der nächsten Generation zu liefern.
Oxford Nanopore rüstet seinen PromethION-Rechenturm auf – vonNVIDIA V100 Tensor Core-Grafikkarten auf A100 Tensor Core-Grafikkarten. Diese Steigerung der Verarbeitungsleistung ermöglicht es dem Unternehmen, mit dem hochpräzisen Basecalling Schritt zu halten und die Kapazität für supergenaue Algorithmen erheblich zu erweitern.
Bild: Steve Fisch, mit freundlicher Genehmigung der Stanford University.
Ein Forscherteam hat einen neuen Rekord bei der DNA-Sequenzierung aufgestellt: Es dauerte nur fünf Stunden und zwei Minuten. In dieser Zeit können Ärzte Intensivpatienten Blut entnehmen und noch am selben Tag die Diagnose einer genetischen Störung stellen.
Stanford hat durch die Integration der grafikkartenbeschleunigten Implementierung von DeepVariant, die mit NVIDIA Parabricks verfügbar ist, eine beträchtliche Laufzeitverkürzung erreicht.
Forscher bei Purdue haben eine Studie durchgeführt, die die Leistung und Genauigkeit eines grafikkartenbeschleunigten Computing-Frameworks für die Identifizierung von genomischen Varianten von Pathogenen bewertet.
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