Beschleunigte Analyse der Sequenzierung des gesamten Genoms

Erleben Sie mit NVIDIA Clara Parabricks DNA- sowie RNA-Sequenzierung mit hohem Durchsatz und hoher Genauigkeit.

Schnellere und genauere Genomanalysen mit NVIDIA Clara™ Parabricks®. Als grafikprozessorbeschleunigte Anwendung für computergestützte Genomik liefert es präzise und beschleunigte Analysen von Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) von Daten für Forscher, klinische Teams, medizinische Zentren und Sequenzierungszentren für Krebssequenzierungsprojekte, Bevölkerungsstudien, RNA-Seq und viele weitere Anwendungen.

Dokument anzeigen: Parabricks-Produktblatt (PDF 304 kB)
Hoher Durchsatz

Hoher Durchsatz

Verarbeiten Sie bis zu 60 kopmlette Genome pro Tag auf einem einzigen Server.

Erhöhte Genauigkeit

Erhöhte Genauigkeit

Sie müssen nicht auf Genauigkeit verzichten, um die Durchlaufzeit zu verkürzen. Eine Reihe von Keimbahn- und somatischen Detektoren ist verfügbar.

Flexible Pipelines

Flexible Pipelines

Erstellen Sie benutzerdefinierte, beschleunigte Pipelines, indem Sie über 50 Tools für jede spezifische Pipeline oder Anwendungsanforderung konfigurieren.

30- bis 60-mal schneller

30- bis 60-mal schneller

Senken Sie die Rechenkosten um bis zu 50 Prozent, indem Sie 30- bis 60-mal schneller arbeiten als mit reinen CPU-Lösungen.

Beschleunigte Anwendungen für die Genomik

Von FASTQ über Binary Alignment Map (CLARA) bis hin zu Variant Call Format (VCF) beschleunigt Clara Parabricks die Genomanalyse für Workflows in den Bereichen Somatik, Keimbahn und Strukturvarianten. Mit einer Suite von über 50 Tools verbessert es außerdem die Geschwindigkeit von Sequenzern und die Genauigkeit von Konsenslesebasisaufrufen.

Krebssequenzierung

Beschleunigen Sie Workflows für die Krebssequenzierung um das bis zu 40-Fache mit fünf somatischen Detektoren, Unterstützung für Gen-Panels und verbesserte Genauigkeit bei der Verwendung molekularer Strichcodes oder einzigartiger molekularer Indizes.

Sequenzierung des gesamten Genoms

Beschleunigen Sie die Analyse des gesamten Genoms um das bis zu 60-Fache mit einer Breite von Tools für optimierte End-to-End-Workflows, einschließlich einzelner Nukleotid-Polymorphismen (SNPs), Einfügungen und Entfernungen (Indels) sowie Aufruf struktureller Varianten.

Exome-Sequenzierung

Analysieren Sie Exome in weniger als fünf Minuten mit hochpräzisanten Variantenaufrufen und einer vollständigen Suite von Keimbahn- und somatischen Detektoren.

RNA-Sequenzierung

Greifen Sie auf eine Reihe von Tools zur Beschleunigung der RNA-Sequenzierung zu, von der spleißbewussten Ausrichtung über die Fusionserkennung bis zur Quantifizierung von Genexpression.

FASTQ to Binary Alignment Map (BAM) to VCF

Unübertroffene Leistung und Genauigkeit

Beschleunigte Keimbahnvariantenanalyse

Von FastQ bis VCF beschleunigt Clara Parabricks Laufzeiten über eine Reihe von Hardwarekonfigurationen hinweg mit NVIDIA A100 Tensor-Recheneinheiten. Genomforscher können die Beschleunigung in jedem Schritt ihrer Analyse-Workflows erleben, von der Ausrichtung über die Sortierung bis hin zu Variantenaufrufen. Wenn mehr Grafikprozessoren verwendet werden, wird eine nahezu lineare Skalierung der Rechenzeiten im Vergleich zu reinen CPU-Systemen beobachtet, was eine 80-fache Beschleunigung ermöglicht.

Analyse eines gesamten menschlichen Genoms mit 30-facher Abdeckung in weniger als 30 Minuten

NVIDIA-Laufzeiten wurden auf einem NVIDIA DGX™ A100-System mit 320 GB erreicht. Alle Analysen wurden mit HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) durchgeführt und mit 30-facher Abdeckung sequenziert, mit Variantenaufrufen, die mit dem HaplotypeCaller GATKv4.1.0 durchgeführt wurden.

Maximale Genauigkeit beim Aufrufen von Keimbahnlinien

Mit Clara Parabricks können mehrere Keimbahndetektoren gleichzeitig ausgeführt werden, um die Genauigkeit zu verbessern und falsch-positive und/oder falsch-negative Aufrufe zu minimieren. Wie in diesem umgekehrten Diagramm gezeigt, konnte DeepVariant bei der Ausführung von DeepVariant und HaplotypeCaller etwa 5.000 Varianten melden, die durch HaplotypeCaller nicht verfügbar waren.

Maximale Genauigkeit beim Aufrufen von Keimbahnlinien

Am häufigsten verwendete Referenz zur Keimbahnerkennung HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST), mit 30-facher Abdeckung sequenziert. Die Daten wurden auf AWS mit g4dn.12-fach großen Grafikprozessoren analysiert.

Beschleunigte somatische Mutationsanalyse

Clara Parabricks beschleunigt die Laufzeit für vier somatische Detektoren und beschleunigt die Analyse im Vergleich zur CPU um das bis zu 66-Fache. Mit Mutect2 und Muse kann die Analyse des gesamten menschlichen Genoms von mehr als 30 Stunden auf weniger als eine Stunde reduziert werden. Insgesamt fünf somatische Detektoren sind Teil der Parabricks-Softwaresuite.

Beschleunigung der Krebssequenzierung um das bis zu 66-Fache

Leistungslaufzeiten wurden für die CPU-Baseline mit 32vcpu mit einem Knoten mit 128 GB erreicht, während die Parabricks-Instanzen 8 NVIDIA V100 Tensor Core-GPUs mit einem Knoten mit 488 GB verwendeten. Die verwendeten Daten waren 50-fach SEQC-II, während die Messwerte für LoFreq einen 30-fachen Datensatz verwendeten.

Verbesserung der Sichtbarkeit und Genauigkeit somatischer Aufrufe

Mit Clara Parabricks können Sie die Stärken mehrerer Detektoren gleichzeitig nutzen, um die Genauigkeit zu verbessern und mehr Erkenntnisse aus Ihren Daten zu gewinnen. Eine Suite von fünf somatischen Detektoren – MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 und Somatic Sniper – kann zur umfassenden Mutationserkennung verwendet werden. Führen Sie sie einzeln oder in Kombination aus, um mehr Varianten mit schnelleren Geschwindigkeiten und zuverlässigen Ergebnissen zu entdecken.

Verbesserung der Sichtbarkeit und Genauigkeit somatischer Aufrufe

Hochsicherheitsregion der SEQC-II-Daten (Sequenzierungsqualitätsregelungsphase), die die somatischen Varianten für fünf verschiedene Detektoren zeigen. Die Daten wurden auf AWS mit g4dn.12-fach großen Grafikprozessoren analysiert.

Sequenzierung der nächsten Generation vor Ort oder in der Cloud

Zum Ausführen von NVIDIA Clara Parabricks sind mindestens zwei GPUs erforderlich. Lokale Lizenzen sind Jahresabonnements auf GPU-Basis, die vollen Zugriff auf alle Pipelines in der NVIDIA Clara Parabricks-Software-Suite beinhalten.

NVIDIA DGX A100

Lokale Lösungen für genomische Analysen

Clara Parabricks läuft auf einer NVIDIA DGX™ A100 und analysiert mit dem Genomic Analysis Toolkit (GATK) des Broad Institute bis zu 25.000 komplette Genome pro Jahr (30-fache Abdeckung). Der Durchsatz skaliert linear über eine einzelne DGX A100 hinaus.

Erfahren Sie mehr über DGX A100

Genomanalyse in der Cloud

In der Cloud ist Zeit Geld. Wählen Sie aus einer Reihe von GPU-Instanzen, die Genome in wenigen Minuten analysieren können. Für eine einfache Bereitstellung auf AWS stehen Clara Parabricks in einem Amazon Machine Image (AMI) zur sofortigen Verwendung zur Verfügung.

Erkunden Sie den AWS Marketplace
AWS Marketplace: NVIDIA Clara Parabricks-Pipelines

Wie Clara Parabicks einen realen Einfluss hat

DeepVariant mit Clara Parabricks

Regeneron Genetics Center

Erfahren Sie, wie Regeneron DeepVariant mit Clara Parabricks verwendet, um skalierbare, qualitativ hochwertige Daten zu generieren, die in der gesamten Genomik-Community reproduziert werden können.

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NVIDIA DGX A100 und Clara Parabricks

Nationale Biobank von Thailand (NBT)

Die NBT reduzierte mit NVIDIA DGX A100 und Clara Parabricks die gesamte Genomsequenzdatenverarbeitung um vier Monate und die individuelle Nutzerverarbeitungszeit von über 30 Stunden auf nur 1 bis 2 Stunden.

Artikel lesen
NVIDIA V100 Tensor-Recheneinheiten-GPU

Translational Genomics Research Institute (TGen)

Mit NVIDIA Clara Parabricks und NVIDIA V100 Tensor-Recheneinheiten-GPUs beschleunigte TGen die genomische Sequenzierungsanalyse um das 6-fache, um personalisierte Behandlungen für Kinder mit seltenen neurologischen Erkrankungen zu bestimmen.

Erfolgsgeschichte lesen
NVIDIA Clara Parabricks

Washington University in Saint Louis (WUSTL)

Die Integration von GPU-basierten Schritten mit NVIDIA Clara Parabricks ermöglichte es Tychele Turner von WUSTL, die Laufzeit für De Novo-Variantenaufrufe drastisch zu reduzieren.

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Ressourcen

  • Unternehmenssupport
  • Dokumentation

Parabricks Pipelines Support Services bietet Ihnen einen einfachen und zuverlässigen Weg, Ihre Produktivität zu steigern und die Ausfallzeiten von Produktionsanalysesystemen zu reduzieren. NVIDIA-Supportdienste für Parabricks umfassen:

  • Direkte Kommunikation mit Technik- und Domänenexperten von NVIDIA
  • Hilfe bei der Installation und Verwendung von Parabricks Pipelines
  • Schnelle Reaktion und rechtzeitige Problemlösung (Fälle werden beim Remote-Support rund um die Uhr akzeptiert)
  • Zugriff auf alle Software-Upgrades, Wartungsreleases, Fehlerbehebungen und Sicherheits-Patches
  • Hilfe bei temporären Problemumgehungen für bestätigte Fehler

Legen Sie los

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Noch Fragen?

Kontaktieren Sie parabricks-eval-support@nvidia.com

Erste Schritte

Clara Parabricks kann in nur 10 Minuten mit einer 90-tägigen kostenlosen Testversion eingerichtet werden. Sehen Sie sich ein kurzes Video für eine Schritt-für-Schritt-Anleitung an oder erfahren Sie mehr über die Software-Suite und die Tools, die in der technischen Dokumentation von Parabricks verfügbar sind.

Starten Sie noch heute eine kostenlose 90-Tage-Testversion von NVIDIA Clara Parabricks oder kontaktieren Sie unser Vertriebsteam, um ein Angebot zu erhalten.

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