Schnellere Genomik-Entdeckungen für Präzisionsmedizin

Die Nutzung von DNA-Sequenzierungsdaten für die Diagnose und die Medikamentenentwicklung verspricht eine revolutionäre Veränderung in der modernen Medizin. Die Dauer der Analysen kann jedoch ein großes Hindernis sein. Das menschliche Genom generiert im Durchschnitt 100 GB an komprimierten Sequenzierungsdaten. Deren Verarbeitung nimmt fast 1.000 CPU-Stunden in Anspruch, damit Schlussfolgerungen mit biologischer Signifikanz für Genetiker, Bioinformatiker und andere Mediziner gezogen werden können.

Schnellere Analysen ermöglichen schnellere Entdeckungen, Kostensenkungen und die Einbeziehung der Genomanalyse in das herkömmliche Gesundheitswesen. In diesem Whitepaper von Parabricks wird untersucht, wie rechenintensiv die Genomanalyse ist, und es wird der beschleunigte Arbeitsablauf für die Ausrichtung, die Vorverarbeitung und die Benennung von Varianten vorgestellt. Außerdem wird gezeigt, wie Grafikprozessoren parallelisierbare Sequenzierungsaufgaben bei der Genomverarbeitung in verschiedenen Phasen beschleunigen können, um die Gesamtdauer der Analyse zu verkürzen, sodass die Anforderungen im Hinblick auf die Verarbeitungsdauer bei der Genomsequenzierung erfüllt werden können.

Accelerated Genomics Discoveries for Precision Medicine

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